L'associazione nasce perché parlare non viene più considerato sufficiente, bisognava anche, per esempio, erigere un memoriale per le vittime, creare una organizzazione
Nell'agosto del 1987 nasce a Mosca il Gruppo per il recupero della memoria delle vittime delle repressioni sovietiche, sullo sfondo dei dibattiti pubblici fiume finalmente possibili in Unione Sovietica su qualsiasi tema, grazie alle politiche di Mikhail Gorbaciov.
Fra ecologia, diritto, conservazione degli edifici storici, politica, è il recupero della memoria del terrore a creare maggiore interesse di tutti, con 4-500 persone riunite a ogni appuntamento solo a Mosca.
Memorial nasce perché parlare non viene più considerato sufficiente, bisognava anche, per esempio, erigere un memoriale per le vittime, creare una organizzazione. Altri gruppi simili nascono altrove in Unione sovietica. Nel luglio del 1988 viene eletto il Comitato pubblico Memorial, con i voti raccolti per strada, fra i passanti. Il Premio Nobel per la pace Andrei Sakharov, autorizzato da Gorbaciov tornare a Mosca dall'esilio a Gorki nel dicembre del 1986, diventa il primo Presidente del Comitato.
Fra il 28 e il 30 gennaio del 1989 si tiene a Mosca la Conferenza per la fondazione della Società Memorial per la storia e l'istruzione non ufficiale in tutta l'Unione, dopo che pochi mesi prima era stata allestita a Mosca la mostra "Settimana della coscienza" a cui seguirà poi "Amicizia sigillata nel sangue", una mostra sul Patto Molotov-Ribbentrov.
Parte il primo progetto di ricerca sulla repressione contro i sovietici di etnia polacca e i polacchi. E a giugno, la prima azione di protesta organizzata dal Centro per i diritti umani Memorial: un picchetto di fronte all'ambasciata cinese per protestare contro il massacro della Tiananmen.
A ottobre, Memorial organizza una catena umana che circonda la sede del Kgb della Lubianka, a Mosca. Svetlana Gannushkina, una delle fondatrici di Memorial, in questi giorni in prima linea a Mosca nella difesa dei diritti degli ucraini deportati, visita la zona di conflitto nel Nagorno Karabakh, la prima missione "sul campo" in una zona di conflitto.
Nell'aprile del 1990, il settimanale "Nedelya" chiede ai suoi lettori di inviare testimonianze sugli Ostarbeiter (i lavoratori inviati in Germania dall'Europa dell'Est durante il nazismo). In pochi mesi, Meeeeemorial riceve più di 400mila lettere da persone colpite direttamente o dalle loro famiglie. A ottobre, viene aperto a Mosca, sulla Lubianka, il monumento Solovetsky, una pietra proveniente dalle isole, per commemorare le vittime del campo di prigionia di Solovki. Viene aperto il Museo Memorial.
Nel 1991, nasce in un'unica stanza a Mosca la Biblioteca Memorial. Poco dopo la storica e dissidente Lyudmila Alexeyeva dona i documenti del suo archivio personale: nasce l'Archivio della storia del dissenso sovietico. A ottobre, il Parlamento russo vara la legge sulla Riabilitazione delle vittime delle repressioni politiche che Memorial aveva contribuito a scrivere.
Fra il 1993 e il 1994, gli attivisti di Memorial iniziano a lavorare nel Caucaso del Nord, monitorando gli effetti del conflitto fra Inguscezia e Ossezia. E fra il 1994 e il 1996, durante la prima guerra in Cecenia, l'organizzazione segue e documenta le violazioni dei diritti civili nella regione. Coinvolti gli ex dissidenti ed ex prigionieri politici Sergei Kovalyov, Alexander Lavut, Yuli Rybakov.
In particolare, nel 1995 Memorial raccoglie documenti sull'operazione militare a Samashki, in Cecenia, in cui vengono uccisi più di 100 civili. Seguiranno la crisi degli ostaggi di Budionnovsk e Kovalyov opera come mediatore per il rilascio degli ostaggi e si offre volontario, insieme a Oleg Orlov, dopo che i terroristi guidati da Samil Basayev avevano condizionato il rilascio degli ostaggi a uno scambio con civili russi.
Viene aperta la rete sulle migrazioni e il diritto, una rete di uffici per fornire consulenza legale istituita dal Centro per i diritti umani Memorial. Nel 1999 riprende il monitoraggio delle violazioni dei diritti umani nel Caucaso del Nord. Nel 2000 viene portata avanti una inchiesta sull'uccisione di 50 civili nel villaggio ceceno di Novye Aldy. Nel 2004, viene pubblicato un cd con il database sulle vittime del terrore politico in epoca sovietica, con 1.340.000 nomi. Nel 2007 è pronta la versione aggiornata: i nomi sono 2.614.978. Dall'ottobre di quell'anno, vengono organizzati eventi in tutta la Russia in onore delle vittime ("Il ritorno dei nomi").
Il 24 novembre del 2007 Orlov viene aggredito e rapito in Inguscezia. Nel dicembre del 2008 la polizia perquisisce il Centro di ricerca Memorial di San Pietroburgo. Il 15 luglio del 2009 la responsabile di Memorial a Grozny Natalia Estemirova, citata oggi nell'annuncio dell'assegnazione del Premio, viene uccisa. Il 24 maggio del 2014 l'attivista di Memorial Andrei Mironov è ucciso, insieme al fotografo italiano Andrea Rocchelli, vicino a Luhansk. Nel dicembre del 2016 viene arrestato il Presidente di Memorial Karelia, Yuri Dmitriev, lo storico che aveva scoperto le fosse in cui erano stati sepolti più di 6mila vittime del terrore, a Sandarmokh.
Nel gennaio del 2018 viene arrestato il direttore di Memorial Grozny Oyub Titiyev. Pochi giorni dopo viene dato fuoco all'ufficio di Memorial a Nazran in Inguscezia. Dopo l'introduzione della legge sulle organizzazioni 'agente straniero' nel 2012, vengono definite tali le diverse anime di Memorial. Lo scorso anno, viene ordinata la chiusura di Memorial internazionale e del Centro per i diritti umani Memoria. In questi giorni, un tribunale sta discutendo il sequestro dei beni, archivio, biblioteca e museo inclusi, dell'organizzazione a Mosca.
