2 - L'ULTIMO VOLO
Megan Donner riprende il suo lavoro all`unità CSI in tempo per potersi occupare della caduta di un aeroplano nelle Everglades. Mentre si stanno cercando eventuali superstiti viene rinvenuto il cadavere di una donna a nove miglia dal luogo dell`impatto. L`unico sopravvissuto alla sciagura aerea dichiara che la donna ha aperto il portello dell`aereo perché intenzionata a suicidarsi. Horatio non è convinto della dichiarazione e si prepara con la sua squadra a ricreare quanto successo dentro l`aereo precipitato nelle paludi.

3 - LA MORTE IN FACCIA
Un serial bomber ha preso di mira alcuni colombiani di Miami. Un importatore di merci viene bloccato su di una poltrona con indosso un collare esplosivo. Un amico di Caine prova a disattivare la bomba ma muore, con l`importatore, nell`esplosione del mortale ordigno. Quest`ultimo sembra essere stato costruito da un professionista che ha utilizzato addirittura una fotocellula. Una compratrice di antichità colombiane potrebbe divenire la seconda vittima ma Caine si convince che il folle non ha preso di mira i colombiani, bensì gli artificieri, come se avesse con questi una sorta di conto in sospeso. Le indagini rivelano inoltre che il colpevole indossava una parrucca per sviare le indagini ed ha costruito i suoi ordigni in prossimità di un particolare insetticida.

4 - LA TEMPESTA
Uno squalo bloccato in prossimità della costa è il contenitore di un braccio maschile e di un parziale torace ferito da un proiettile calibro 45. Da un tatuaggio trovato sul "corpo" la squadra CSI capisce che molto probabilmente si tratta di un rifugiato cubano. Un`altra pallottola viene rinvenuta nello scafo di un`imbarcazione abbandonata, poco lontano da alcune macchie di sangue femminile: quindi potrebbe esserci un`altra vittima. Il cadavere di una donna viene trovato poco dopo: si tratta di Elena De Soto; a quanto sembra la vittima stava cercando di fuggire da Cuba per raggiungere gli Stati Uniti. Alcuni indizi puntano il dito contro il fratello della donna, che viene trovato in possesso di una calibro 45.

5 - SOLO UN BACIO
Il cadavere di un uomo con la gola tagliata ed il volto parzialmente ustionato viene trovato sulla spiaggia, insieme ad una giovane ragazza in stato di incoscienza a causa di una brutale aggressione finita con un bagno dentro l`oceano. Le indagini conducono Horatio Caine ad una famiglia molto in vista di Miami, il cui capofamiglia fu coinvolto anni prima in un altro caso misterioso che ossessionò Caine per molto tempo.

6 - OMICIDIO IN SACRESTIA
Il cadavere di un prete viene trovato dentro una canonica. Il sacerdote è stato freddato con un colpo di fucile. Megan, Calleigh e Tim, per risolvere l`indagine, debbono venire a capo di una complicata situazione familiare.
Nel frattempo Horatio ed Eric si occupano del caso di un fuoristrada che è saltato in aria, uscendo dalla carreggiata. Alla guida c`era una donna incinta.

7 - CACCIA AL MOSTRO
L`intera squadra si deve occupare del caso della morte di una bambina avvenuta nei bagni di un parco di divertimenti. Le indagini della squadra vanno a rilento perchè l'assassino, oltre ad aver eluso le telecamere di sicurezza, è riuscito a cammuffare le proprie impronte digitali.

8 - SENZA RESPIRO
Horatio, Calleigh e Speedle indagano sulla morte di uno spogliarellista trovato morto dopo una festa organizzata da un gruppo di donne il cui scopo è quello di dominare i maschi. La squadra deve districarsi da un`enorme quantità di indizi rinvenuti sulla scena del crimine, allo scopo di trovare ciò che ha causato il decesso del giovane e quindi l`eventuale assassino.
Intanto Eric e Megan si occupano del caso della morte di un sub, specializzato in apnea, che è deceduto misteriosamente dopo essere salito sopra un`imbarcazione.

9 - MASSACRO IN FAMIGLIA
Horatio e la sua squadra si occupano del brutale massacro di un`intera famiglia avvenuto in casa. Gli unici sopravvissuti sono una bambina piccola trovata in mezzo al sangue e suo padre, che ora è finito sotto i ferri. La responsabile di quanto è successo sembra essere la madre della piccola, vittima di una acuta depressione post parto, ma le prove indicano una verità diversa.

10 - TRAIETTORIE DI MORTE
Un cecchino è il responsabile di alcune morti avvenute a Miami. Horatio e la sua squadra lottano contro il tempo prima che l`omicida possa colpire ancora.

11 - UNA MENTE ORRIBILE
Horatio, Speedle e Calleigh indagano sulla morte di un professore dalla reputazione non proprio ortodossa. Il cadavere dell`uomo è stato trovato legato ad un albero.
Eric e Megan si occupano del ritrovamento di una macchina ripescata dall`oceano con al suo interno il cadavere di un uomo. Le prove conducono ad una compagnia di assicurazione e ad un collega della vittima. Ma alla fine il tutto si rivela un banalissimo incidente dai risvolti più che drammatici.

12 - IL FUOCO IN BOCCA
Il cadavere di una ragazza viene ritrovato nei pressi di un campo di detenzione femminile.
Nel frattempo, Delko e Speedle si occupano del caso di un uomo che è morto bruciando letteralmente dall`interno del suo corpo. Le indagini rivelano che la vittima sottraeva benzina, la tagliava e poi la spacciava per buona. L`omicida potrebbe essere uno dei clienti, invece la verità si manifesta sotto tutt`altra forma.
Horatio riceve le dimissioni di Megan e la richiesta da parte della donna di non essere più contattata.

13 - IL PROFUMO DELLA MORTE
Horatio e Speedle indagano sulla morte di una prostituta, il cui corpo è stato rinvenuto sotto il letto di un cottage. Al corpo nudo della donna sono state inferte 23 pugnalate. Sulla scena del crimine ci sono poche tracce di sangue in quanto il killer ha fatto il bagno al cadavere dentro la vasca del cottage.
Un turista tedesco è stato ucciso vicino ad una stazione di servizio. Calleigh e Delko indagano su un individuo mascherato e scoprono che la moglie della vittima potrebbe essere coinvolta nell`omicidio.

14 - IL LABORATORIO
La squadra indaga sulla morte di un uomo causata dai fumi tossici di un laboratorio dove si produceva droga.
In seguito si occupa del caso di una anziana donna uccisa in una casa di riposo.

15 - LA LEGGE DEL CONTRAPPASSO
Un uomo nudo viene trovato morto, legato al suo letto, soffocato durante una violenza sessuale. Horatio scopre che si tratta di un rapinatore che violentava le sue vittime.
Il proprietario di un forno crematorio è stato ucciso. La squadra CSI scopre dozzine di cadaveri che non sono mai stati cremati.

16 - IL CADAVERE AMBULANTE
Il cadavere di un uomo è stato trovato sulla strada, con uno zigomo ferito ed alcune banconote. In laboratorio, Alexx nota delle strane bruciature sulla mano destra della vittima che farebbero supporre l`esposizione letale ad alcuni materiali radioattivi. Le indagini conducono gli uomini di Caine ad un`avvocatessa che si sta occupando di alcuni casi relativi proprio all`inquinamento da radiazioni. La donna è stata avvelenata con lo iodio ed ora ha solo sette giorni di vita. Horatio si impegna a risolvere il caso prima del decesso.

17 - TRACCIA INVISIBILE
La squadra indaga sulla morte di un immigrato russo. L`unica testimone del delitto è una spogliarellista che stava facendo uno spettacolo di striptease proprio alla vittima.

18 - OMICIDI RIPRODOTTI
Horatio deve presentarsi al processo contro il marito di un consigliere cittadino. Nuove prove sembrerebbero indicare l`innocenza dell`uomo sotto processo, ma conducono alla scoperta di una seconda vittima, complicando così l`intero caso ed il procedimento legale.

19 - LA STRADA DELLA DROGA
La squadra CSI viene sospettata dell`omicidio che stanno cercando di risolvere. Un convoglio della Polizia scorta un camion pieno di droga che sta per essere incenerita quando viene attaccato da alcuni misteriosi assalitori. L`autista del bilico viene ucciso e Speedle è salvo per miracolo. La stampa nota alcune somiglianze tra quanto è accaduto ed un fatto successo nel passato, nel quale perse la vita Raymond, il fratello di Horatio Caine. Gli Affari Interni si convincono della complicità di qualcuno all`interno della squadra ed indagano.

20 - COLPO DOPPIO
Horatio si ritrova a dover fronteggiare la concorrenza dei federali e dei Marshal durante un caso di omicidio che coinvolge una donna trovata morta ai bordi della piscina di un hotel. La vittima sembra essere stata freddata con due colpi di pistola alla testa, sparati con tutta probabilità da un killer professionista. L`arma del delitto sembra essere la stessa di un vecchio caso sul quale indagò la cognata di Horatio.
Calleigh deve occuparsi dei problemi di alcolismo che coinvolgono il padre.

21 - GIOCHI PERICOLOSI
Un uomo che Horatio ha contribuito a mettere in prigione, chiede aiuto al capo dell`unità CSI di Miami per ritrovare suo figlio. Dentro la camera del ragazzo vengono rinvenute numerose tracce che fanno pensare ad un addestramento con armi da fuoco e della marijuana. Nuovi indizi portano il team in un vecchio cimitero nel quale viene ritrovato il cadavere di un altro ragazzo.
Speedle indaga sulla morte di un uomo, avvenuta per asfissia, mentre questi era a letto con l`amante. La donna è ora motivo di attrazione per lo stesso Speedle.

22 - VACANZE DI PRIMAVERA
Il team CSI indaga sulla morte di due studenti universitari che si trovavano a Miami per le vacanze di primavera. Il primo caso interessa una ragazza che è stata trovata morta in spiaggia con una profonda ferita sul viso ed alcuni morsi sulle gambe. Il secondo decesso coinvolge un giovane uomo trovato morto sul fondo della piscina di un albergo. Questi pare essere morto prima dell`entrata in acqua.

23 - IL PIROMANE
Speedle e Delko stanno trscorrendo una serata in discoteca quando all'improvviso un terribile incendio devasta il locale. Le indagini portano alla conclusione che l`incendio è stato prodotto ad arte per coprire un omicidio. I principali indiziati sono il proprietario e il DJ....

24 - UOMINI PERSI
L`esplosione all`interno di un capannone per poco non uccide Horatio ed i componenti della squadra. Le indagini divengono "personali" quando Horatio scopre che il principale sospetto conosceva il fratello morto di Caine.
Alexx è sconvolta per la morte della sua migliore amica.

25 - LA CONTA DEI CORPI
Tre prigionieri fuggono dal penitenziario di Miami, spalleggiati dal resto dei carcerati i quali si sono scambiati i braccialetti di riconoscimento. Uno degli evasi viene trovato morto subito dopo. Successivamente la piccola Emma, di sette anni, figlia dell`evaso deceduto durante la fuga, viene rapita. Le indagini rivelano che l`uomo che ha preso la ragazzina è lo stesso incastrato dalla squadra CSI per l`omicidio di una bambina avvenuto qualche mese prima nei bagni pubblici di un parco di divertimenti. L`inchiesta scopre inoltre che la madre della piccola ha dato il suo contributo al folle piano di evasione del marito ed ora deve subire le terribili conseguenze delle sue azioni. L`ultimo evaso invece vuole farla pagare a tutti coloro che hanno contribuito alla sua cattura, incluso il procuratore distrettuale e l`agente che si occupò delle indagini scientifiche: Calleigh Duquesne.