Nel primo episodio della terza stagione, Olivia cerca la strada di casa; Peter e Walter riprendono la loro vita ordinaria inconsapevoli della presenza dell’Olivia alternativa.
Quando un sequestratore seriale dell’altra realtà colpisce di nuovo, il caso risulta familiare al Colonnello Broyles che invia Olivia ad indagare sui rapimenti.
L’intensità della vita nell’altra dimensione accelera e Olivia corre pericoli mortali.
La squadra dà la caccia a un serial killer che colpisce persone che vivono vicine alla ferrovia.
Joan indaga, per la prima volta da sola, sulla scomparsa di una donna che ha lasciato al marito un doloroso video in cui lo abbandonava e menzionava un omicidio su una banchina della metro.