Per le esigenze degli ecosistemi acquatici, la qualità dell'acqua deve essere buona e i rischi per l'ambiente e la salute si verificano quando le acque sono inquinate e diventano inadatte all'uso. Tuttavia, l'inquinamento dell'acqua in Ciad è dovuto alle attività umane (rifiuti domestici, industriali e agricoli), ma anche a cause naturali (composizione geologica del suolo, sterco di animali). Questo inquinamento causa gravi problemi a lungo e a breve termine all'ecosistema. I rischi e i sintomi a lungo termine dipendono dalla dose e dalla durata dell'esposizione. Le malattie sviluppate hanno spesso un'origine chimica: avvelenamento da piombo, arsenico, mercurio, cromo, nitrati, tumori legati agli idrocarburi... presenti nell'acqua. I principali rischi per la salute a breve termine associati all'acqua in Ciad sono generalmente di tipo infettivo. Derivano dalla presenza di microrganismi. Gli effetti sono generalmente lievi (disturbi digestivi, micosi) ma possono essere più importanti (epatite, leptospirosi, tifo, colera, legionellosi...). Le varie forme di inquinamento, l'inquinamento industriale, l'inquinamento agricolo, la spazzatura, la materia fecale, i rifiuti biomedici, le attività umane sono la causa di questi problemi, ma non l'inefficacia delle politiche governative.