Tutto il team di Gibbs scopre la vicenda che ha portato all'uccisione del direttore Shepard e si mettono al lavoro per trovare l'assassino, nel frattempo Toni e Ziva si sentono responsabili. Franks con l'aiuto di Gibbs uccide la responsabile. Il vicedirettore Vance prende il posto di direttore capo dell'NCIS e decide di insabbiare tutto facendo credere alla stampa che Jenny Shepard non è morta per un agguato ma per un'incidente domestico. Inoltre Vance scioglie la squadra: Ziva dovrà tornare in Israele, McGee viene assegnato all'unità crimini informatici, mentre Tony sarà agente di bordo sulla nave Ronald Reagan. A Gibbs viene assegnata una nuova squadra composta da altri tre elementi.
Prima TV Italia 21 dicembre 2008