Dopo l'appuntamento della sera prima, Dan si reca al Palace per parlare con Serena, ma la ragazza è andata a trovare Blair per chiederle spiegazioni sul comportamento freddo che tiene nei suoi confronti, scoprendo così che l'amica sa della notte passata con Nate prima della misteriosa fuga in collegio. Serena vorrebbe così evitare di andare al brunch annuale organizzato da Bart Bass, ma viene costretta dalla madre e porta con sé anche Dan. Tra il ragazzo e Chuck, però, scoppia una lite per il pugno ricevuto quando ha cercato di violentare Jenny; Nate chiede a Serena di parlare e si danno appuntamento nella camera di Chuck, quest'ultimo da le chiavi della sua camera da letto a Blair per poter far sesso con Nate. Blair e Nate entrano nella suite ma trovano Serena. Blair, meditando vendetta, rivela a Dan l'accaduto tra Serena e Nate, portando i due a litigare.

Gli studenti della Constance Billard e della St. Jude si preparano per i colloqui con i rappresentanti dei college più prestigiosi del Paese. Blair e Chuck scoprono che Serena frequenta regolarmente il centro Ostroff per tossicodipendenti e socialmente disturbati, e decidono di sfruttare il segreto per vendicarsi di lei. Durante il party organizzato per i rappresentanti dei college, Blair dice a tutti che Serena frequenta il centro, mentre in realtà è il fratello di questa, Eric, a esservi ricoverato. Dan vorrebbe frequentare la Dartmouth ed essere scelto per intrattenere il rappresentante dell'Università al party, ma scopre che è stato preso Nate, nonostante non nutra il minimo interesse per la scuola e stia assecondando solo le pressioni di suo padre, che vorrebbe vederlo laurearsi in legge. Alla fine, però, Nate lascia la festa, permettendo a Dan di fare buona impressione sul rappresentante della Dartmouth. Mentre alla festa Jenny fa amicizia con Eric, che le confida del suo tentato suicidio, Serena e Blair fanno pace quando quest'ultima scopre che è Eric ad essere ricoverato al centro.

Vanessa Abrams, la migliore amica di Dan, torna in città dopo essere stata un anno nel Vermont, avendo ottenuto dai genitori il permesso di vivere a casa della sorella e finire il liceo a New York. Durante la sua assenza Vanessa si è resa conto di essere innamorata di Dan, che le aveva detto di amarla prima che partisse, e decide di confessargli i suoi sentimenti, ma lei e Dan decidono di rimanere solo amici quando Vanessa scopre che il ragazzo esce con Serena. Intanto, Blair organizza un ballo in maschera, durante il quale Nate, seguendo gli indizi, dovrà trovarla prima della mezzanotte. Il ragazzo, però, distratto dai suoi sentimenti per Serena, con la quale si è confidato riguardo alla recente scoperta che il padre Howard fa uso di cocaina, non s'impegna. Jenny, delusa per non essere stata invitata al ballo nonostante abbia aiutato moltissimo Blair nei preparativi, s'intrufola alla festa e scambia la sua maschera con quella di Serena: Nate bacia così Jenny credendo che sia Serena, dicendole che non l'ha mai dimenticata. La ragazza fugge via sconvolta, mentre Nate si rende conto di aver fatto un errore quando incontra la vera Serena. Nel frattempo, Lily chiede a Rufus di farle da accompagnatore alla festa a tema marocchino di Eleanor. Quando Rufus scopre che la donna l'ha invitato per far ingelosire Bart Bass, con cui Lily esce segretamente, decide di darle una mano e la bacia davanti all'uomo.

Chuck chiede al padre Bart d'investire in un nuovo locale di burlesque da lui scoperto, il Victrola, ma l'uomo è molto scettico e Chuck, deluso, si ubriaca, dicendo poco dopo a Lily di aver visto Bart con un'altra donna. Quest'ultima si rivela essere, in realtà, una giornalista, che spinge Bart a valutare meglio il progetto di Chuck. Nel frattempo, mentre Nate affronta suo padre, chiedendogli di smettere con la droga, Blair perdona Jenny per essersi intrufolata alla festa, confidandole che Nate ha intenzione di darle l'anello di fidanzamento di famiglia: Jenny le confessa così che il ragazzo l'ha baciata al ballo in maschera credendo che fosse Serena. Quella sera, durante una cena tra gli Archibald e i Waldorf, Nate fa arrestare il padre perché l'ha visto comprare altra droga, mentre Blair lo lascia e va a trovare Chuck al Victrola: dopo essersi esibita nel burlesque sul palco, durante il ritorno verso casa perde la verginità con Chuck sulla limousine del padre di lui. Parallelamente, Nate scopre che il padre è stato trattenuto dalla polizia perché è stato trovato colpevole di frode e appropriazione indebita, mentre Dan e Serena fanno l'amore insieme per la prima volta.

È la vigilia di Natale e Harold Waldorf torna a casa per Natale portando con sé il fidanzato francese Roman, suscitando il disappunto di Blair che sperava di far restare definitivamente suo padre a New York. La ragazza escogita quindi un piano per liberarsi di Roman, invitando alla festa di Natale organizzata da sua madre il modello Freddy, ex amore di Roman. Harold capisce così che la figlia è infelice e, dopo essersi chiariti, Blair accetta l'amante del padre, ma è anche preoccupata che Chuck, raggiunto a Monaco da Nate, possa spifferare a quest'ultimo quello che è successo tra di loro. Intanto, Serena e Dan decidono di farsi un regalo di Natale che costi al massimo cinquanta dollari. Dan chiede l'aiuto di Jenny per portare al Palace un albero di Natale, che i van der Woodsen non possono fare perché va contro le regole dell'albergo, mentre Serena quello di Vanessa, che l'aiuta ad allestire nella galleria d'arte di Rufus una nevicata, che Dan desiderava tanto. Serena e Dan fanno l'amore per la prima volta. Nel frattempo, la comparsa a New York di Alex, il vicino di casa con il quale Alison ha avuto una relazione, fa capire a lei e Rufus che il loro matrimonio è finito, e la donna decide di tornare a Hudson. Rufus, invece, lascia un messaggio a Lily, nel quale le confessa di sentire la sua mancanza, mentre la donna riceve una proposta di matrimonio da Bart Bass, al quale si è riavvicinata.

Durante una festa proibita nella piscina della scuola, un ragazzo rischia di annegare. Tramite un cellulare dimenticato, la nuova preside risale ai partecipanti e minaccia di espellere tutti se il colpevole non confessa. I ragazzi decidono di non dire niente e tenere il segreto, ma la faccenda crea tensioni tra Dan e Serena perché il ragazzo ha una borsa di studio parziale e non può permettersi di essere espulso. Serena gli confessa così di essere stata lei ad aprire la piscina perché aveva la chiave e, pur temendo la punizione, confessa per amore di Dan; al contrario di quanto si aspettasse, la preside non la espelle, ma le assegna soltanto delle ore di servizi sociali grazie ai soldi e all'influenza di Bart Bass. Nel frattempo, Blair cerca di evitare Nate, che vuole tornare con lei. Durante una festa a casa Waldorf, la ragazza vede Chuck con la chiave della piscina in mano, che lui ha recuperato da un tavolo la sera del party, e la nasconde in un cassetto di camera sua. Nate, però, vedendo la chiave, crede che la colpa sia di Blair e, per proteggerla, dice alla preside di essere stato lui ad aprire la piscina, ma viene subito smascherato: tuttavia, questo gesto colpisce molto Blair. Intanto, Vanessa filma per sbaglio Chuck e Blair mentre parlano di quello che è successo tra di loro. Per poter pagare l'affitto, la ragazza vende la cassetta a Chuck, ma si scopre che in realtà gliene ha data una vuota: la cassetta vera finisce a Blair, che torna con Nate. Parallelamente, Lily medita di lasciare la città con Rufus e rifiutare la proposta di Bart, ma Serena dice alla madre che Dan è la cosa più importante per lei e che preferirebbe essere la sorellastra di Chuck che quella di Dan. La donna decide quindi di sposare Bart.

Sono passate tre settimane e, finite le vacanze di primavera, è il momento di ricominciare le lezioni: dopo essere stata detronizzata, Blair è terrorizzata all'idea di tornare a scuola, dove tutti parlano male di lei e la snobbano. Trattata in malo modo specialmente dalle sue ex amiche, le Perfide, Blair decide di vendicarsi di Jenny, che ritiene la responsabile della rottura tra lei e Nate. Intanto, Jenny è riuscita a entrare nelle Perfide, ma non riesce a stare al passo con la vita opulenta dell'Upper East Side. Avendo bisogno di denaro per comprare un vestito per il suo quindicesimo compleanno, ruba un Valentino dall'armadio della madre di Hazel, una delle Perfide, e lo rivende a un banco dei pegni. Quando scopre che la domestica della famiglia è stata licenziata per il furto, recupera il vestito, ma, arrivata a casa, viene scoperta dalle Perfide e da Blair, che le ha organizzato una festa di compleanno a sorpresa insieme a Rufus. Inizialmente abbandonata dalle nuove amiche, Jenny viene perdonata quando presenta Nate a Penelope, che ha una cotta per lui. Nel frattempo, la famiglia van der Woodsen si trasferisce a vivere dai Bass e Bart, avendo scelto Chuck come suo testimone di nozze, chiede al figlio di comportarsi bene. Serena inizia a ricevere degli strani regali anonimi (film porno, casse di champagne, cocaina), dei quali incolpa Chuck, che, allontanato da casa, torna a vivere al Palace. Nell'ultimo regalo, però, il mittente si firma G.

Dopo aver confessato a Blair il suo segreto, Serena passa la notte a ubriacarsi in un bar con alcuni ragazzi. Blair, però, riesce a ritrovarla e riportarla a casa, la mattina dopo, sana e salva, ma in pessime condizioni. Dan, preoccupato per la strana reazione avuta da Serena alla vista di Sarah e conscio che la sua ragazza gli sta nascondendo qualcosa, si presenta a casa Waldorf alla ricerca di Serena, trovandovi anche Chuck e Nate, chiamati da Blair. Per non coinvolgere Dan nei suoi problemi, Serena gli dice di averlo tradito, pur non essendo vero, rompendo così con il ragazzo. Poco dopo, rivela a Blair, Nate e Chuck il segreto tra lei e Georgina: il giorno prima della sua partenza un anno prima, dopo essere stata a letto con Nate, lei, Georgina e un ragazzo, Pete, si erano ritrovati in una stanza d'albergo. Qui, lei era stata ripresa, a sua insaputa, mentre passava una dose di cocaina al ragazzo, mandandolo in overdose. Dopo essere scappate dalla camera e aver chiamato l'ambulanza, Serena aveva scoperto che il ragazzo era morto ed era quindi partita per il collegio. Georgina, però, ha recuperato il video e adesso la sta ricattando. Intanto, la domestica di Blair, Dorota, chiama Lily, avvisandola che Serena è tornata quella di un tempo. Frugando nei cassetti della camera della figlia, la donna trova la chiavetta con il video e ne guarda un pezzo. Spinta da Blair, che le dice che Serena sta attraversando un brutto momento e ha bisogno del sostegno della madre, Lily finisce il video, portando poi la figlia dai genitori di Pete, che non accusano Serena della morte del ragazzo. Poco dopo, mentre Serena decide di dire la verità a Dan, Lily va al concerto di Rufus e i due si baciano. Al concerto si trovano anche Georgina e Dan che, saputo da Vanessa, che lo ha appreso da Nate, che la ragazza non si chiama Sarah, le chiede spiegazioni. Georgina gli dice così di aver cambiato nome perché il suo ex fidanzato la tormenta e di essersi innamorata di lui non appena l'ha visto. Dopo aver promesso vendetta a Serena per aver raccontato tutto, Georgina bacia Dan.

Serena si reca a casa di Dan per raccontargli tutto, ma qui trova Georgina, che se ne va. Dopo aver confidato il suo segreto anche a Dan, il ragazzo decide di incastrare Georgina con l'aiuto di Blair, dandole appuntamento al parco: qui la ragazza viene portata via dai genitori, contattati da Blair, che decidono di mandarla in un campo di punizione per ragazzi ricchi con problemi di personalità. Intanto, Lily e Rufus passano la notte insieme, ma la donna decide comunque di sposarsi. Il giorno del matrimonio, prima della cerimonia, Chuck vede il padre di Nate parlare con un uomo, che gli consegna una busta in cambio di soldi. Credendo che si tratti di droga, il ragazzo avvisa Nate, che ferma il padre mentre sta per andarsene dalla festa, scoprendo che in realtà ha comprato un passaporto per abbandonare il paese altrimenti finirà in prigione. Dopo aver dato un pugno al padre, Nate fa pace con Chuck. Dopo la cerimonia, Chuck improvvisa un discorso del testimone diverso da quello che si era preparato allo scopo di colpire Blair, parlando di valori quali il perdono e la perseveranza: più tardi, mentre ballano, i due si baciano. Intanto, Dan e Serena si lasciano. La settimana seguente, mentre Rufus parte per un tour con il suo gruppo, Jenny viene ammessa alla Waldorf Design per uno stage estivo. Dan e Vanessa, lasciata da Nate, si preparano a passare l'estate a Brooklyn, mentre Nate e Serena partono per gli Hamptons. Blair e Chuck devono invece decollare per la Toscana per poi andare in Francia dal padre della ragazza. Tuttavia, prima di lasciar partire Chuck, Bart gli fa un discorso sulla fedeltà e le responsabilità di una relazione seria: spaventato, il ragazzo non raggiunge Blair all'aeroporto e lei, stanca di aspettarlo, prende l'elicottero con un ragazzo appena conosciuto.

È arrivata la settimana della moda e Blair procura alle amiche dei biglietti di seconda fila per la sfilata della Waldorf Design. Il suo tentativo di riconquistarle viene però messo in ombra da una foto che ritrae Serena in compagnia della party girl per eccellenza Poppy Lifton. Intanto, Jenny manca dalle lezioni da due settimane e trascorre il suo tempo aiutando Eleanor ad organizzare la sfilata. Per avere dei volti nuovi all'evento, la ragazza le consiglia di mettere in prima fila Serena, che di solito restava dietro le quinte con Blair, Poppy Lifton e altre celebrità. Quando Blair scopre che per colpa di Jenny il planning dei posti che aveva deciso è stato stravolto, decide di fargliela pagare, dicendo a Rufus che Jenny finge di non avere l'obbligo di frequenza scolastico e facendo sparire le modelle, delle quali si occupava Jenny, poco prima che la sfilata cominci. Jenny riesce a cavarsela arruolando al loro posto Serena, Poppy e le loro amiche. Per vendicarsi di Serena, che ha tradito la loro tradizione di restare dietro le quinte, Blair le porta da indossare per il gran finale il vestito del dopo sfilata di Jenny. Tuttavia, contrariamente a quanto aveva previsto, l'abito riscuote un grande successo e, quando Serena scopre che Blair le aveva dato apposta il vestito sbagliato, le dice che da quel momento in poi non rimarrà più in disparte per non farla sfigurare e sarà se stessa. Per modificare lo stile di scrittura troppo monotono, uno scrittore a cui Dan fa leggere i suoi racconti gli consiglia di carpire il segreto di una persona e scrivere di quello. Il ragazzo sceglie Chuck. Una sera, finiti alla polizia per una rissa in un bar, Chuck confessa a Dan il rapporto travagliato che ha con il padre Bart, che lo accusa di aver ucciso la moglie, morta di parto. Quando però il giovane Bass scopre che cosa sta facendo Dan, rettifica quello che ha detto sulla madre, dicendo che in realtà è morta in un incidente aereo quando lui aveva sei anni. Lily scopre che Bart tiene un dossier su di lei, nel quale sono raccolti tutti i segreti del suo passato.

Vanessa vuole salvare un vecchio bar dalla demolizione dandogli lo status di edificio storico e, per farsi aiutare nella raccolta delle firme, ricatta Blair con la foto di Marcus e Catherine. La ragazza, per vendicarsi, si rivolge a Chuck: se il ragazzo riuscirà a sedurre Vanessa e farle credere di voler davvero acquistare il bar, lei andrà a letto con lui. Chuck, però, si interessa davvero al locale e conquista la fiducia di Vanessa e del proprietario. Blair, vedendo ormai Chuck vincente, dice alla ragazza, dopo aver cancellato la foto di Marcus e la duchessa dal suo cellulare, che era tutto una scommessa e che l'hanno solo presa in giro. Arrivato il momento di riscuotere il suo premio, Chuck chiede a Blair di dirgli che lo ama, ma la ragazza rifiuta e lui se ne va. Nel frattempo, mentre Eric comincia a uscire con Jonathan, Lily e Bart impongono nuove regole ai figli, che inizialmente Serena rispetta, ma quando Chuck le dice che sono solo una facciata per permettere a Bart di concludere un affare, la ragazza si ribella e, durante una festa organizzata dalla madre, racconta ai giornalisti di quando Lily lasciava lei e il fratello a casa da soli per seguire l'uomo di turno. Alla fine, però, madre e figlia si chiariscono.

Dopo averlo visto con due ragazze diverse, Serena non sa se fidarsi di Aaron e gli dice che non se la sente di uscire con lui quando vede già altre ragazze. Per poter entrare a Yale, Blair decide di fare da baby sitter a Emma, la figlia di un'amica del rettore. La ragazzina si rivela, però, molto esuberante ed è determinata a perdere la verginità mentre è sotto la custodia di Blair, dalla quale scappa. La ragazza, con l'aiuto di Serena e Chuck, riesce a recuperare Emma e farle capire che la prima volta deve essere per amore e non per battere una rivale. La madre di Emma, però, scopre che non sono andate al cinema come le avevano fatto credere, ma in un locale, e Blair vede sfumata la sua possibilità di andare a Yale. Tuttavia, la mattina successiva riceve una telefonata dal rettore, che l'ammette all'università dopo una buona parola di Emma. Nel frattempo, con l'aiuto di Agnes, Jenny progetta di trasformare il galà della società filantropica, durante il quale verrà consegnato un premio a Bart e Lily, nella sua sfilata di moda. Il piano riesce e Jenny ha un grande successo, ricevendo numerose chiamate da investitori presenti al galà, ma Rufus non è contento di quanto ha fatto la figlia e, dopo l'intervento di Lily che impedisce che la ragazza finisca in prigione, Jenny scappa di casa. Durante la festa, Vanessa vede Jenny e Nate che si baciano e Dan, saputo della relazione tra l'amico e la sorella, caccia Nate di casa. Mentre il ragazzo si dirige fuori città e imbuca una lettera per Jenny, Dan finisce il suo racconto su Chuck Bass e lo spedisce allo scrittore Noah Shapiro per cercare di ottenere una lettera di presentazione per Yale, non avendo trovato nessun professore all'università disposto a raccomandarlo.

Mentre Serena esce con Aaron, che le propone un rapporto non esclusivo e senza impegni, e le fa fare da modella per le sue fotografie, Jenny va a stare da Agnes e insieme cercano di aprire la propria società di moda. L'esuberanza di Agnes, però, fa perdere loro tutti i probabili sponsor e Jenny, senza dirglielo, decide di mettersi in proprio. Quando Agnes lo scopre, brucia tutti i vestiti di Jenny e la caccia di casa. Essendo minorenne, per creare il proprio marchio Jenny ha bisogno la firma dei genitori, ma visto che nessuno dei due è disposto a dargliela, la ragazza decide di chiedere l'emancipazione legale. Nel frattempo, si avvicina il diciottesimo compleanno di Blair e la ragazza non vede l'ora di conoscere il nuovo uomo della madre, Cyrus Rose, il padre di Aaron. Tuttavia, l'uomo non è come lei se lo aspettava: è infatti basso, grassottello e pelato, e Blair decide di trovare un modo per farlo separare dalla madre. Cyrus, però, si dimostra all'altezza di Blair, che alla fine lo riconosce come suo pari. Il giorno dopo, Eleanor annuncia alla figlia che Cyrus vivrà con loro. Intanto, Noah Shapiro, rimasto affascinato dal racconto di Dan, gli presenta un suo amico giornalista del New York Magazine. Sapendo che i personaggi del racconto sono ispirati a Chuck e Bart Bass, l'uomo chiede a Dan di scoprire qualcosa su Bart per pubblicarlo in occasione dell'imminente ventesimo anniversario delle industrie Bass. Dan riesce ad avvicinarsi a Bart, ma Chuck, scoperto che sta scrivendo un articolo, lo dice al padre e prega Dan di non pubblicarlo. Dan rinuncia così al suo articolo e, insieme alle sue scuse, invia a Bart il suo racconto, permettendo all'uomo di riavvicinarsi al figlio.

Blair scopre che sua madre e Cyrus si sono fidanzati e che hanno intenzione di dirlo a tutti quella sera in occasione della cena del Ringraziamento. La ragazza, offesa perché la madre non l'ha detto prima a lei, si mette a vagare per Manhattan con la sua domestica Dorota, ma alla fine Eleanor riesce a rintracciarla e, tornata a casa, Blair scopre che è arrivato anche suo padre. Inoltre, Eleanor le dice che il motivo per cui non le ha dato subito la notizia era perché prima voleva che il padre di Blair approvasse Cyrus. Intanto, approfittando dell'assenza di Bart e Lily, Jenny si fa ospitare da Eric e continua a portare avanti la richiesta di emancipazione. Tuttavia, Lily trova i documenti nella borsa di Jenny e avverte Rufus, che dice alla figlia di volerle comunque bene. Jenny decide di rinunciare e torna a casa, facendo pace con la sua famiglia e con Vanessa. Nel frattempo, il padre di Nate è tornato in città e chiede a moglie e figlio di seguirlo in Danimarca. Vanessa viene contattata dall'FBI, che le racconta il vero motivo per cui il capitano Archibald è tornato: rapire Nate e sua madre e chiedere un riscatto alla famiglia della moglie. Con l'aiuto di Chuck, Vanessa dice tutto a Nate, che convince il padre a consegnarsi. Gli Archibald tornano così in possesso dei loro beni e Nate si riconcilia con Chuck, chiedendo a Vanessa di uscire con lui un giorno. Poco dopo, però, mentre festeggia il Ringraziamento dagli Humphrey, la ragazza trova una lettera spedita a Jenny da Nate e la legge, scoprendo che il ragazzo era davvero innamorato di lei. Eric scopre che Bart ha dei dossier su di lui, la madre e Serena. Dopo averli mostrati a Lily, la donna se ne va di casa con i figli e i dossier e festeggia il Ringraziamento dagli Humphrey. Eric, leggendo il dossier della madre, scopre che anche lei, a 19 anni, è stata in un centro di recupero e le dice di volerne parlare quando si sentirà pronta, avendo vissuto entrambi la stessa esperienza. Infine, Aaron dice a Serena di voler uscire solo con lei. La ragazza gli tiene nascosto il proprio passato, ma alla fine consegna ad Aaron il dossier su di lei per fargli sapere tutto. Il ragazzo, però, non lo legge e glielo restituisce.

Il comitato scolastico organizza l'annuale ballo di beneficenza Snowflake e Blair e Chuck fanno una scommessa: se Blair troverà la dama perfetta per Chuck, lui le darà la sua limousine, mentre se Chuck troverà il cavaliere perfetto per Blair, lei gli darà Dorota. Al ballo, però, il ragazzo e la ragazza scelti da Blair e Chuck s'innamorano e i due, rimasti senza partner, sono costretti a fare coppia. Intanto, Aaron riceve la visita di una sua ex, Lexi. Serena non è felice di trovarsela tra i piedi e l'interessamento di Lexi per Dan, che la invita al ballo, crea delle tensioni tra Dan e Serena. Nel frattempo, da una foto su Gossip Girl, Jenny scopre che Vanessa e Nate sono tornati insieme e, istigata da Penelope, consegna a Vanessa un vestito senza fodera per il ballo. Qui, Vanessa confessa a Nate di aver rubato la lettera che lui aveva spedito a Jenny e che è questo il motivo per cui lei non lo aveva più contattato dopo la sfilata. Intanto Jenny, pentitasi, cerca di impedire che Vanessa venga illuminata da un riflettore, ma non ci riesce e il vestito della ragazza, inondato di luce, diventa trasparente. Umiliata davanti a tutti, Vanessa fugge dal ballo e viene raggiunta da Nate, che le dice che lei è l'unica con cui vuole stare. Telefonando a Bart, in viaggio a Miami, Lily scopre che il marito è ancora in contatto con il detective, contrariamente a quanto le aveva detto, e decide di lasciarlo, raggiungendo Rufus al ballo. Qui, la donna riceve una telefonata che le comunica che Bart, di ritorno in città, ha avuto un incidente.

Chuck si presenta ubriaco al funerale del padre e caccia via Dan, accusando Rufus e Lily della morte di Bart. Dopo la funzione funebre, il ragazzo contatta Andrew Tyler, il detective del padre, per sapere il segreto di Lily scoperto da Bart prima di morire. Lily, però, è intenzionata a mantenere il segreto tale e incarica sua madre Celia di trattare con il detective per impedire che qualcosa trapeli; tuttavia, Celia non fa nulla e Chuck viene a conoscenza del segreto di Lily: a 19 anni era stata ricoverata in un ospedale francese perché era incinta. Intanto Lily si prepara a partire con Rufus, ma sua madre rivela all'uomo il passato della figlia e Rufus cambia idea, decidendo di restare a casa. Cyrus ed Eleanor programmano il loro matrimonio per il giorno dopo il funerale di Bart. Al termine della cerimonia, Blair viene raggiunta da Chuck, al quale quella mattina aveva detto di amarlo, che piange tra le sue braccia; più tardi, però, il ragazzo se ne va, lasciandole un biglietto in cui le dice che lei merita di meglio. Serena accetta l'invito di Aaron a passare le vacanze con lui a Buenos Aires. Dan, ancora innamorato di lei, cerca di persuaderla a non andare, ma la ragazza non cambia idea.

Dopo aver passato una settimana con Serena nel proprio cottage di campagna, Trip comincia ad avere dei dubbi e contatta segretamente Maureen perché vuole evitare uno scandalo. La donna si presenta così da Serena, informandola che lei e il marito non divorzieranno, mantenendo un matrimonio di facciata per salvargli la carriera, e che lei deve accettare questo stato di cose, accontentandosi di essere l'amante, altrimenti mostrerà a Rufus la lettera che la ragazza ha ricevuto dal padre, nel quale si evince che Lily e il padre di Serena hanno passato del tempo assieme in un albergo. Infuriata per le bugie che Trip le ha detto, Serena decide di tornare a New York e Trip si offre di accompagnarla; durante il tragitto, però, hanno un incidente stradale e la ragazza si ferisce gravemente, venendo portata all'ospedale. Nate affronta il cugino, scoprendo che il nonno ha accettato di coprire l'accaduto e che, se il caso dovesse arrivare in tribunale, Maureen testimonierà che il marito è stato tutto il tempo con lei; Maureen, inoltre, consegna la lettera del padre di Serena a Rufus. Dan dice a Vanessa di amarla, ma lei crede che glielo dica perché è sotto stress a causa di quello che è successo a Serena. Nel frattempo, Chuck si rifiuta di recarsi sulla tomba del padre nel giorno della sua morte e si concentra sul lavoro, allontanando emotivamente Blair, che cerca invano di fargli cambiare idea. In seguito all'incidente di Serena, però, il ragazzo ammette di avere paura perché non è stato accanto a Bart quando è morto e va al cimitero: qui incontra una donna misteriosa che ha lasciato sulla tomba di Bart un mazzo di rose gialle, il fiore preferito di Evelyn, la madre di Chuck, e un medaglione con incisa la lettera E.

Lola porta il biglietto con la password del blog a Nate, dimostrandogli così che Serena è davvero Gossip Girl come diceva lei. I due decidono di aiutare Chuck a decifrare il codice con il quale è scritta l'agenda di Diana, rubata da Nate, e chiedono l'aiuto anche di Blair, che accetta volentieri per ritrovare la vera se stessa. Lola coinvolge anche Serena dicendole che Diana è alleata con Gossip Girl per distruggerla e le suggerisce di aiutarli con l'agenda per scoprire il segreto con il quale Gossip Girl minaccia la donna; in realtà Serena è in combutta con Diana e le conferma che l'agenda ce l'ha Nate, come la donna già sospettava, e accetta di sottrarla agli amici in cambio del numero di cellulare di Gossip Girl. La ragazza riesce nell'intento, venendo però subito scoperta, e, quando viene a sapere che stanno facendo tutto per aiutare Chuck a capire se Jack è suo padre, si schiera dalla loro parte. Sfogliando l'agenda Blair si accorge che ogni primo sabato del mese Diana ha lo stesso appuntamento e, grazie a Dorota, riesce a trovare la chiave di lettura e decifrare la scritta, che si rivela essere un numero di telefono. Telefonando, il gruppo scopre che quella sera, che è proprio il primo sabato del mese, c'è un evento a casa Vardin nella tenuta Briarcliff e si reca là, ritrovandosi in un sex club. Mentre cercano Jack per la casa, Diana scopre la loro presenza dalle telecamere di sicurezza e inscena una retata della polizia per far allontanare tutti, ma Nate e Lola la trovano, scoprendo che il suo vero nome è India e che gestisce un giro di prostituzione. Serena decide di pubblicare la notizia su Gossip Girl per smascherare Diana e cacciarla dallo Spectator come vuole Nate, ma il suo portatile viene rubato nel corso della serata dalla vera blogger, avvertita da Nate e Lola, che fanno capire a Serena di essere diventata peggiore della vera blogger perché attaccava delle persone innocenti. Mentre tutti tornano a casa, Chuck resta alla villa ormai vuota, dove trova il padre Bart, ancora vivo. Intanto, Dan ha il blocco dello scrittore e, per aiutarlo, la sua agente lo indirizza verso una sua amica, che gli offre di passare l'estate a Roma all'Istituto di arte e letteratura. Temendo che Blair, passando le vacanze da sola, possa tornare con Chuck, il ragazzo rifiuta la proposta.

Bart spiega a Chuck di essersi finto morto perché l'incidente stradale che ebbe tre anni prima fu causato da un suo potente rivale in affari e che ha intenzione di ripartire presto per non mettere la sua famiglia in pericolo. Il ragazzo, deciso a non perdere nuovamente il padre, chiede a Diana l'identità dell'uomo, promettendole che il suo secondo lavoro non verrà allo scoperto e che la lascerà partire. Nate e Lola, però, ignari del motivo per cui Chuck stia lasciando andare la donna pur dopo quello che ha fatto, rivelano il segreto di Diana, facendo così saltare l'accordo sul nascere. Chuck riesce comunque a sapere il nome dell'uomo e, con l'aiuto di Blair, gli tende un'imboscata all'hotel dove incontrerà due prostitute, che sono in realtà Ivy e Lola. Il piano salta per colpa di Andrew Tyler, il detective privato dei Bass, che dice alle due ragazze che sono state scoperte e che devono portarlo da Bart; arrivato alla villa, Tyler confessa di essere stato lui a causare l'incidente perché il rivale di Bart l'aveva minacciato: l'uomo viene arrestato e Bart può così uscire allo scoperto senza timori. Mentre Diana lascia la città con l'aiuto di Nate, Gossip Girl comincia a pubblicare le pagine del diario segreto di Blair. Nel frattempo, Blair convince Dan a rivalutare l'opportunità di partire per Roma e il ragazzo le propone di andare con lui. Blair accetta, ma la coppia deve prima sottoporsi a un colloquio con un ex allievo dell'Istituto d'arte e letteratura. La ragazza, però, si allontana con una scusa prima dell'arrivo dell'uomo per aiutare Chuck a incastrare il rivale di Bart, e Serena, fingendosi lei, sostiene il colloquio al posto suo, passandolo. Quando l'ex allievo se ne va, Dan scopre che Blair non si trova da Eleanor come gli aveva detto Serena e, volendo spiegazioni, la ragazza gli confessa che si trova con Chuck e che Bart è ancora vivo.

Gossip Girl pubblica sul suo blog una pagina del diario di Blair nella quale la ragazza confessa di essere incerta sui suoi sentimenti per Dan; il ragazzo le dice quindi di fare la sua scelta tra lui e Chuck entro quella sera e di comunicargli la sua decisione alla festa di divorzio degli Shepherd. Blair, infuriata con Serena, responsabile di aver fornito le pagine di diario alla blogger, caccia di casa l'amica, che decide di vendicarsi. Quella sera, alla festa, Serena fa credere a Dan che con Blair sia tutto finito e che lei abbia scelto Chuck; i due fanno l'amore, ma poco dopo il ragazzo scopre che Serena si è inventata tutto e l'allontana in malo modo. Nel frattempo, Eleanor trasferisce alla figlia la Waldorf Design e le fa capire che ama ancora Chuck; Blair raggiunge quindi il ragazzo all'Empire per confessargli i suoi sentimenti, ma Chuck la respinge perché il padre lo ha appena estromesso dalle industrie Bass a causa dei gesti avventati che ha fatto per Blair, come pagarle la dote. Una settimana dopo, Chuck parte alla ricerca di Jack per chiedere il suo aiuto contro Bart e Nate offre a Lola di vivere con lui; la ragazza, prima di partire in tournée, trasferisce l'eredità della madre a Ivy facendole promettere di vendicarsi di Lily al posto suo. Serena, allontanata da tutti, ricomincia a drogarsi; Dan parte per la Toscana insieme a Georgina per scrivere un romanzo scandaloso sull'Upper East Side; Nate riceve da Diana un video nel quale si vede Gossip Girl incappucciata che ruba il portatile di Serena; Lily, dovendo annullare uno dei suoi matrimoni, sceglie di stare con Bart; Blair raggiunge Chuck a Montecarlo e gli promette di combattere per il loro amore.

Mentre Nate ha passato l'estate a New York costruendo un articolo per smascherare Gossip Girl e Dan è stato in Toscana a scrivere il suo romanzo insieme a Georgina, Blair e Chuck, dopo essersi promessi di stare insieme una volta raggiunti i propri obiettivi, hanno trascorso le vacanze una a Parigi, l'altro a Dubai a indagare su un affare che Bart stava conducendo prima di fingere di morire. Il gruppo fa però ritorno nell'Upper East Side quando, tramite Lily, si scopre che Serena non si vede da quattro mesi e nessuno ha notizie di lei. Nate, certo che Gossip Girl non abbia perso di vista Serena nonostante non abbia parlato di lei da primavera, scambia il video che mostra la blogger rubare il computer di Serena in cambio d'informazioni: i cinque arrivano così a una villa nei boschi, dove trovano Serena a una festa in compagnia di Steven Spence, sua nuova fiamma. Temendo che la ragazza, che si fa chiamare da tutti Sabrina, stia per sposarsi, Blair e Georgina bloccano la festa rivelando la sua vera identità. In realtà, Serena si è rifatta una vita con Steven e dice a Blair di voler proseguire senza di lei; gli amici tornano quindi a New York senza essere riusciti a convincerla a tornare. Serena arriva comunque in città poco dopo con Steven, al quale racconta tutta la verità. Intanto, Bart dà ad Amira, sua collaboratrice a Dubai, dieci milioni di dollari affinché non parli a Chuck dei suoi affari negli Emirati Arabi; Rufus, invece, viene sedotto da Ivy, ospite a casa sua dall'inizio dell'estate.

Nate e Serena vedono Steven e Sage, la nuova fiamma di Nate, insieme in un bar e credono che tra di loro ci sia qualcosa. Mentre Nate lascia subito Sage per telefono, Serena decide di aspettare quella sera, dopo il galà del comitato per Central Park di cui è la madrina, prima di fare una scenata. Al galà, però, Nate e Serena scoprono che Sage in realtà è la figlia di Steven e che non studia giornalismo alla Columbia, come aveva detto a Nate, ma ha diciassette anni e frequenta la Constance Billard. Nel frattempo, Blair deve comparire in un articolo di Women's Wear Daily per presentare la nuova collezione della Waldorf Design, ma scopre che la giornalista incaricata dell'articolo è Nelly Yuki e che Poppy Lifton, che presenterà i suoi abiti nello stesso servizio, ha scelto i suoi stessi tessuti. Blair chiede quindi aiuto alle sue tirapiedi per sabotare Poppy, rubandole i vestiti, e, alla fine, decide di creare una nuova collezione per la sfilata che si terrà nel giro di dieci giorni. Parallelamente, Chuck scopre che Amira e suo padre hanno avuto una breve relazione e la donna, prima di andarsene, gli fa avere una foto del weekend che aveva passato con Bart nella quale si vede un uomo sconosciuto. Dan e Georgina, invece, cercano qualcuno che pubblichi il seguito di Inside, ma, quando nessuno accetta di acquistare la storia con i nomi originali dei personaggi, Dan accetta di venderlo a Nate.

Blair e Chuck indagano su Lady Alexander, arrivando a scoprire che si tratta di un cavallo che Bart ha acquistato quattro anni prima per un milione di dollari dallo sceicco Hassan. La coppia si reca quindi al concorso ippico che si tiene a Stone Orchard per incontrare lo sceicco e sapere qualcosa di più: tramite Iman, la figlia, vengono a sapere che l'uomo era un grande amico di Bart e possedeva dei pozzi di petrolio in Sudan, la sua patria. Chuck e Blair deducono, quindi, che Bart ha finto la sua morte non per proteggere il figlio e Lily dal suo rivale in affari, ma perché ha violato l'embargo acquistando del petrolio dal Sudan. Nel frattempo, a causa della pubblicazione di un nuovo capitolo del libro di Dan, Serena e Steven decidono di parlare dei propri ex in modo che non ci siano brutte sorprese quando verrà pubblicato il racconto con protagonista Serena. Al concorso ippico, quest'ultima scopre che Steven in passato è stato a letto con Lily. Intanto, Nate cerca di rissollevare lo Spectator dai gravi problemi economici in cui si trova, mentre Georgina organizza a Dan alcuni appuntamenti con ragazze belle, ricche e intelligenti per sceglierne una con cui farsi vedere in giro per favorire la propria immagine. Il ragazzo, alla fine, abbandona il piano di Georgina e chiede ospitalità a Blair.

Serena trova un anello di fidanzamento e si convince che Steven voglia farle la proposta di matrimonio al ballo delle debuttanti di Sage. Quest'ultima, però, chiede l'aiuto di Blair per rovinare tutto: in cambio, indosserà al ballo un vestito della Waldorf Design. Avendo solo un mese per trovare dei compratori, Blair accetta e instilla in Lily il dubbio che Serena non sia pronta per un passo del genere in modo che la donna dissuada Steven dal suo proposito. Intanto, Dan cerca di riconquistare Blair, ma Georgina lo minaccia di rendere pubblico il video che Serena ha girato di nascosto l'anno prima, in cui lui e la ragazza fanno l'amore, se non le consegnerà in fretta il capitolo del libro su Blair. Sage, non convinta che il piano di Blair possa avere successo, ruba il cellulare di Georgina e proietta il video nel corso del ballo: questo porta Steven a lasciare Serena, Nate a separarsi da Sage e Blair a cacciare di casa Dan. A fine serata, Blair apprende da Dorota che, nonostante il vestito di Sage sia piaciuto e ci siano dei compratori interessati, Eleanor sta arrivando a New York. Nel frattempo, Chuck cerca di convincere Lily ad aiutarlo contro Bart, ma la donna vorrebbe invece che facessero pace. Il ragazzo si fa quindi aiutare da Ivy: quest'ultima, ancora intenta a cercare di rovinare Lily e lasciarla sola, s'intrufola a casa della donna per disseminare le prove di una visita di Chuck e far credere a Bart che il figlio e la moglie stiano tramando alle sue spalle. Quando il piano di Chuck viene scoperto, Lily si allontana da lui, ma Ivy gli dice di aver visto una misteriosa busta in mano a Bart.

Ivy rivela di essere in possesso dei microfilm che possono incriminare Bart e lancia una sfida a quest'ultimo e a Chuck: solo chi riuscirà a lasciare Lily senza niente e nessuno potrà averli. Si scopre, inoltre, che Ivy si sta facendo aiutare nel suo piano da William van der Woodsen, il suo amante, e che non ama veramente Rufus: quest'ultimo la vede baciare un altro uomo, senza capire che si tratta di William, e la caccia di casa. Poco dopo, Chuck illustra ad Ivy il suo piano per rovinare Lily: farà in modo che gli agenti federali le trovino addosso i microfilm, accusandola di complicità e mandandola in galera. In realtà, però, Chuck non intende davvero fare del male a Lily, ma le sue vere intenzioni vengono svelate a Bart da Nate, che ha scoperto che il padre del suo migliore amico ha finanziato lo Spectator e ora lo ricatta, minacciando di denunciarlo per aver falsificato i bilanci del giornale. Con le informazioni avute da Nate, Bart avverte Ivy dell'inganno di Chuck e la ragazza accetta di dare all'uomo i microfilm, ma scopre che Rufus glieli ha presi dalla borsa mentre lei radunava le sue cose per andarsene di casa. Rufus consegna i microfilm a Lily, che li brucia nonostante le preghiere di Chuck. Intanto, Dan e Serena decidono di chiedere ammenda alle persone che hanno ferito prima di rivelare a tutti la loro nuova relazione. Blair accetta le scuse della sua migliore amica e chiede il suo aiuto per fare in modo che delle liceali in vista partecipino all'evento in cui presenterà la sua nuova collezione. Le due ragazze decidono di far credere a Sage che il padre e Serena siano tornati insieme in modo che si rivolga a Blair per farli separare. In cambio dell'aiuto domandato da Sage, Blair le chiede di farle incontrare le regine delle altre quattro scuole private di Manhattan per invitarle all'evento. La collezione di Blair ha così un grande successo e il nome della Waldorf Design è risollevato, ma Chuck le dice che non potranno mai stare insieme perché lui non ha più modo di vendicarsi del padre dopo che i microfilm sono andati distrutti.

Approfittando dell'assenza di Bart e Lily, Dan e Serena organizzano il pranzo del Ringraziamento a casa van der Woodsen invitando Blair, Nate e Chuck. Alla festa si presentano anche Steven e Sage, incontrati da Serena al supermercato, Lily e Bart, il cui volo è stato cancellato, e Georgina, imbucatasi per convincere Dan a mostrarle il capitolo su Serena che lui ha inviato a Vanity Fair senza farglielo leggere. Nel corso dei festeggiamenti, il racconto di Dan viene pubblicato, rivelando che tra lui e Serena c'è una relazione falsa: ferita e umiliata, la ragazza gli chiede spiegazioni, apprendendo che Dan ha scelto di diventare egoista e di farsi odiare dai suoi amici per poter far parte dell'Upper East Side. Così quando Dan se ne sta per andare da casa di Serena, Nate si alza dalla sedia e gli dà un pugno. Intanto, mentre Chuck si è ormai convinto di non poter far nulla per contrastare il padre, Blair e Nate scoprono che il direttore commerciale delle industrie Bass, uno dei pochi a conoscere le attività illecite di Bart, è annegato cadendo da uno yacht dei Bass. Decidono, quindi, di trovare le prove che Bart abbia ucciso Caplan e lo sceicco Hassan affinché Lily aiuti Chuck a compiere la sua vendetta: indagando, riescono a scoprire che la macchina su cui lo sceicco è morto era stata fornita dai Bass. Senza far sospettare nulla al marito, della cui colpevolezza si è ormai convinta, Lily chiama Chuck di nascosto chiedendogli scusa e mettendolo in guardia contro Bart.

Bart sta per essere premiato come uomo dell'anno del mercato immobiliare e Blair, Serena, Chuck e Nate decidono di richiamare in città Ivy per far credere all'uomo che la ragazza possa aver fatto delle copie dei microfilm che lo incastrano per i suoi traffici illeciti. Bart, però, intuisce che Nate sta aiutando Chuck e lo fa arrestare per frode fiscale: l'unico modo che Chuck ha per liberare l'amico è partire per Mosca e non tornare mai più a New York. Inizialmente restio, il ragazzo è costretto ad accettare quando il padre minaccia di far del male a Blair. Durante la premiazione di Bart, Blair apprende al telegiornale che l'aereo con a bordo Chuck si è schiantato, ma il ragazzo in realtà è ancora vivo e si presenta alla festa, accusando pubblicamente Bart di aver cercato di ucciderlo. Portato dalla sicurezza sulla terrazza dell'edificio, Chuck ha un'accesa discussione con il padre, durante la quale Bart precipita e muore. Chuck e Blair, sopraggiunta pochi minuti prima, scappano, mentre Serena si reca all'aeroporto per trasferirsi per sempre a Los Angeles.