La Battlestar Galactica si ricongiunge alla Battlestar Pegasus dell'ammiraglio Cain, cui spetta di diritto il comando sul comandante Adamo. I rapporti tra i due equipaggi, all'inizio cordiali, si deteriorano con il passare del tempo. L'impostazione e l'etica "impartite" dall'Ammiraglio Cain si rivelano profondamente diverse dal modo più "fondato sul buonsenso" del Comandante. Il capitano Apollo e il tenente Kara Thrace sono trasferiti nella Pegasus a causa del loro comportamento.

Sulla Pegasus è presente una copia di Godfray che è stata violentata e picchiata, stesso trattamento che alcuni uomini della Pegasus vogliono riservare alla Cylone Sharon. Il capo Tyrol ed Helo intervengono e durante una colluttazione un ufficiale della Pegasus rimane ucciso. Sono quindi condannati a morte dall'ammiraglio secondo una stretta osservanza del codice militare sulle situazioni in zone di guerra. Adamo manda dei raptor contro la Pegasus che risponde con la stessa moneta. Kara Thrace intanto effettua una missione non autorizzata con il black bird per riprendere una nave Cylone in modo da dimostrare la superiorità della tattica del Galactica rispetto a quella della Pegasus.

I viper delle due battlestar si fronteggiano, Thrace torna dalla sua missione non autorizzata con le foto della flotta Cylone. L'ammiraglio Cain della Pegasus apprezza il lavoro ed il tenente viene promosso Capitano, capo dei viper della Pegasus. Roslin consiglia ad Adamo di uccidere l'ammiraglio. Intanto Tigh scopre una terribile verità circa la Pegasus: anche lei aveva una flotta civile. Il dottor Baltar scopre che i Cyloni non possono morire perché la loro conoscenza si trasferirebbe in un altro corpo e scopre anche che una nave della flotta Cylone è adibita a questo scopo, la Resurrection. L'ammiraglio Cain decide di avviare una missione congiunta Galactica-Pegasus per distruggere questa nave. Il comandante Adamo affida al capitano Thrace il compito di uccidere l'ammiraglio Cain, lo stesso comando è affidato dall'ammiraglio ai propri uomini.

A bordo della base cylone e del Galactica la situazione è inizialmente diversa. Dai cyloni, la vita di Baltar è appesa a un filo dato che i membri dei sette modelli si stanno consultando poiché incerti se giustiziarlo o no mentre dagli umani a Sharon Agathon viene trovato un adeguato nome di battaglia: Athena. Baltar deve far qualcosa per far cambiare loro idea e si offre di mettere a disposizione le proprie conoscenze per aiutarli nella ricerca della Terra conducendoli ad una “nebulosa dalla testa di leone con occhi rosso e blu”. Qui i cyloni trovano una radio boa abbandonata e molti di loro, poi, la morte, dovuta ad un virus misterioso.

Il grave problema per l’Ammiraglio Adamo è, piuttosto, il comportamento di Scorpion e Tigh che soffrono di una grave forma di stress post traumatico, ma che sfogano la propria rabbia e frustrazione contro “coloro che non hanno combattuto su New Caprica”. Baltar si offre di analizzare la base e scopre la provenienza umana del virus (uno starnuto!!), ma non avverte del fatto i cyloni facendo infuriare Caprica Six e complicando ulteriormente la sua posizione. Successivamente, alla base giunge anche una squadra del Galactica che scopre l’entità del virus (cui sono immuni gli esseri umani ed anche Athena perché ha portato nel suo grembo una bambina umana) portando a bordo alcuni cyloni in gravi condizioni. A bordo del Galactica si assiste ad un vero e proprio caso di coscienza. Da una parte Apollo che vorrebbe approfittare di questa, inaspettata, “arma batteriologica” per spazzare via il nemico tramite il download dei prigionieri infetti ed Helo che reputa questa azione un “crimine contro l’umanità” visto che sterminerebbe totalmente la popolazione cylone. Il Presidente Roslin accoglie la logica di guerra di Apollo ed ordina all’Ammiraglio Adamo di organizzare un piano adeguato, ma nel tempo necessario alla sua realizzazione, Helo uccide i cinque prigionieri senza che avessero la possibilità (causa distanza troppo elevata con la base Resurrection) di effettuare il download.

Ormai il danno è fatto e l’Ammiraglio non vuole alcuna inchiesta. La sua priorità è quella di risolvere la questione con Scorpion e Tigh: li affronta a muso duro intimando loro di riprendersi o mollare. Kara se ne va stizzita (anche se, successivamente, si vedrà con Kacey con cui cercherà di ricostruire il bel rapporto) mentre Tigh è determinato a non voler vedere più nessuno e non uscire più dal suo alloggio.

Gaius, ritornato a bordo dell'astrobase cylone dopo la missione sulla nave infetta, viene torturato dai cyloni perché ritenuto colpevole di averli ingannati e convinti a inviare una loro nave verso il radiofaro infetto rinvenuto nella Nebulosa del Leone. Tale convinzione dei cyloni viene avvalorata dal fatto che Gaius salito a bordo dell'astrobase infetta nasconde deliberatamente al suo ritorno di aver visto il radiofaro. Nel frattempo Apollo insieme ad Athena e ad un gruppo di marines, entrano anch'essi nell'astrobase cylone infetta e riescono a portar via alcuni cyloni gravemente malati prima che l'astrobase resa inutilizzabile dalla diffusione del virus si autodistrugga in una gigantesca esplosione. I cyloni catturati vengono interrogati e indotti a parlare con la promessa di essere curati. È il cylone nº 4 che spiega perché gli altri cyloni li abbiano deliberatamente abbandonati a morte certa. La risposta è che la loro morte avrebbe trasferito le loro entità sulla nave Resurrection insieme al virus, rendendo l'infezione incontrollabile, provocando in tal modo un genocidio tra i cyloni. Apollo propone al presidente e a suo padre Adamo di utilizzare questa situazione a loro vantaggio, uccidendo deliberatamente i cyloni infetti nelle vicinanze di una nave Resurrection. In tal modo i cyloni sarebbero eliminati e il Galactica e gli altri superstiti sarebbero liberi finalmente di raggiungere la terra indisturbati. Helo però esprime il suo dissenso al piano di Apollo, ritenendolo immorale e inumano anche di fronte al genocidio di esseri robotici, ma le sue proteste non vengono ascoltate. Confidatosi con la moglie Sharon (Athena) sul da farsi, nonostante anche questa sia in qualche modo disposta a tollerare lo sterminio della sua stessa razza pur di non tradire la sua scelta di essere "umana", Helo decide che lo sterminio dei cyloni non può e non deve essere attuato per vincere a tutti i costi la guerra. Con questi propositi Helo manomette il sistema di ricambio aria delle celle dei cyloni, provocandone la morte prima che la Resurrection sia a portata di download. La Roslin non ha dubbi su chi possa essere il colpevole di questo "sabotaggio" ma l'ammiraglio Adamo decide di non effettuare nessuna inchiesta.

Un grave imprevisto riduce a pochi giorni le scorte di cibo sulle navi e la sua ricerca su pianeti lontani la massima priorità. Il tenente Sharon "Athena" Agathon grazie alla propria resistenza fisica e, tra mille difficoltà, riesce a trovare un pianeta ricco di alghe di elevate qualità nutritive. Il percorso da attraversare è molto lungo e costantemente attraversato da radiazioni mortali. All’interno della base cylone, Baltar, ormai non più in pericolo di vita, inizia a chiedere a D’Anna i motivi del proprio comportamento, diverso anche da quello di tutti gli altri cyloni.

I piloti della flotta, a bordo dei robusti raptor, fungeranno da guida per le navi durante i salti iperluce dato che il tempo di resistenza alle radiazioni per le navi coloniali è estremamente limitato. A complicare la situazione, una vecchia conoscenza di Kat, il suo “fornitore” per l’esattezza. Katerine non è il suo vero nome e la sua passata occupazione era quella di trafficante di droga e clandestini.

Durante l’ultimo salto, Kat confermerà le sue doti recuperando una nave dispersa, a costo della vita. In punto di morte l’Ammiraglio Adamo non vorrà ascoltare la storia del suo passato, dichiarandosi fiero di lei ed assegnandole (anche se solo per un giorno) il grado di CAG (capo-piloti). Nel finale Baltar scoprirà la verità sui suicidi di D’Anna e l’aiuterà nel proprio percorso di ricerca dei misteriosi cinque modelli cyloni originari, ricerca che fornirà importanti rivelazioni nel tragitto per la Terra.

L’ammiraglio Adama, nel giorno dell’anniversario del suo matrimonio, rievoca con la mente l’amata Carolanne quasi come fosse una delle “allucinazioni senzienti” di Baltar con Numero Sei. Scopriamo che l’unione di Bill e Carolanne non è stata felice con lei che lo accusava (spesso a ragione) di anteporre il dovere (e la gloria) alla sua famiglia. È trascorso più di un mese dall’ultimo avvistamento nemico e la truppa sta avvertendo un fisiologico calo di tensione. Tyrol e Cally discutono animatamente sul fatto che nell’assegnazione dei propri turni di lavoro Tyrol non tiene conto che, adesso, loro due hanno un figlio. Anzi, il turno attuale li vede entrambi alla riparazione del settore 12 con il figlioletto Nicky ancora una volta all’asilo nido. Adama incontra il presidente Roslin per una riunione con quest’ultima che gli confessa la voglia di approfittarne per una giornata di svago, magari anche per vederlo, ma Carolanne, riapparsa, è impietosa: l’Ammiraglio non potrà fare spazio nel suo cuore poiché troppo impegnato ad assolvere i suoi compiti e ricoprire il proprio ruolo.

Nel settore 12, intanto, la situazione si complica. La causa del guasto è una piccolissima falla nello scafo che attiva la procedura di sicurezza e chiude Tyrol e Cally in trappola. L’aria sta per finire e si rende necessaria una manovra disperata: un raptor guidato da Athena con a bordo Scorpion ed Apollo farà saltare in aria dall’esterno il portello prelevando in pochi istanti i due per metterli in sicurezza nel velivolo. La missione è un successo e, nella camera iperbarica dove sono ricoverati per i secondi di permanenza nello spazio, il Capo promette alla moglie che darà a lei ed a Nicky la priorità che le è dovuta. La giornata volge al termine ed Adama si congeda dalla Roslin e regala al figlio i testi di legge appartenuti a suo padre, grandissimo avvocato, perché li aveva sempre desiderati.

L’ammiraglio poi, da un ultimo sguardo alla foto con la moglie e la mette via, come tutti gli altri anni.

A due settimane di distanza, i più provati per la perdita di Scorpion sono naturalmente Sam (che cadendo ubriaco da un Viper su cui era salito si infortuna ad una gamba), Apollo (che ha perso le sue doti di leadership come CAG) e l'Ammiraglio Adamo, che la considerava come una figlia. Viene sorteggiata la giuria che giudicherà Gaius Baltar, composta da 5 comandanti di navi tra cui l'Ammiraglio Adamo. L'avvocato di Baltar viene assassinato, così l'Ammiraglio Adamo decide di rimuovere Apollo dal suo incarico come CAG (assegnando temporaneamente l'incarico ad Helo) e di assegnarlo alla sicurezza del nuovo avvocato di Baltar, un personaggio ambiguo ed ambizioso (vuole difendere Baltar per costruirsi un nome e fama) che in passato aveva lavorato assieme al nonno avvocato di Apollo. Questa decisione dell'Ammiraglio crea un primo contrasto con suo figlio. Un distratto Apollo e l'avvocato di Baltar si salvano fortunosamente da un nuovo attentato: l'Ammiraglio rimprovera duramente Apollo e l'acredine fra i due si accentua. Nel frattempo Apollo, manovrato con abilità dall'avvocato di Baltar, inizia ad appassionarsi alla pratica forense in generale ed al caso di Baltar in particolare. Apollo smaschera con un colpo di fortuna l'attentatore, a questo punto l'ammiraglio vorrebbe restituirgli l'incarico di CAG ma lui rifiuta per restare a collaborare con l'avvocato alla difesa di Baltar. Fra padre e figlio oramai è scontro aperto.

Scorpion (Kara Thrace) con l'arma in pugno supplica la Roslin di crederle, è convinta di sentire il segnale della Terra, e che questo segnale si stia indebolendo. Pur di essere creduta le consegna la pistola, invitandola a fare fuoco; il presidente Roslin spara un colpo colpendo solo una foto sopra un mobile, nella stanza entrano le guardie di sicurezza con l'ammiraglio che intanto erano giunte all'ingresso ed arrestano Scorpion ormai fuori di senno. Sulla nave base cylone si discute di riprogrammare i caccia, visto che questi si rifiutano di attaccare la flotta degli umani, ma altri cyloni si oppongono a questa lobotomia, dopo una votazione si decide per la riprogrammazione scatenando discordie coi cyloni contrari a queste modifiche. Sul Galactica Lee Adama accetta il posto vacante nel consiglio dei dodici offertigli da Tom Zarek (vicepresidente) e si trasferisce sul Colonial One. I cyloni contrari alla lobotomizzazione dei caccia affrontano una discussione con Numero Uno, il modello cylone che sembra comandare sugli altri. Uno non intende fermare la riprogrammazione, allora due centurioni, ai quali è stato rimosso l'inibitore cefalico, uccidono l'intero consiglio cylone, Numero Uno compreso. L'ammiraglio Adama decide di liberare Scorpion e le affida una nave per permetterle di cercare la Terra seguendo un'altra rotta.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.

Hot Dog si rifiuta di abbattere il Raptor con a bordo il presidente Roslin, che atterra sulla nave Cylone. Qui il presidente convince gli alleati Cyloni a non fuggire ed a schierarsi al centro della flotta per non venire attaccati dal Galactica.

L'ammiraglio ed il colonnello Tigh vengono nuovamente catturati: mentre Tigh viene condotto in cella con gli altri Cyloni, l'ammiraglio viene condotto nei suoi ex alloggi, ora occupati da Gaeta, per subire un rapido processo, che vede Gaeta come PM e Zarek come giudice. L'esito del processo farsa è la condanna a morte tramite fucilazione.

Nel frattempo Zarek fa fucilare tutti membri del consiglio del 12 - meno Lee che non è presente - perché questi si rifiutano di schierarsi con lui, portando così a compimento il colpo di stato.

Lee e Kara liberano i prigionieri Cyloni più Helo, durante la fuga della cella però Sam viene colpito da un proiettile vagante alla testa.

L'ammiraglio viene condotto davanti al plotone d'esecuzione, ma Lee e Tigh lo salvano: con le armi in pugno, si dirigono verso il CIC. Lungo la strada reclutano nuovi marines, soldati e ufficiali che oramai non stanno più dalla parte di Gaeta e Zarek. Il CIC ed il Galactica sono riconquistati, Gaeta e Zarek sono condannati a morte per tradimento e fucilati dal plotone di esecuzione.

Determinante è stato il supporto di Tyrol, che ha disattivato i motori FTL impedendo al Galactica di saltare lasciando le navi della flotta non schierate coi rivoltosi: durante questa operazione, Tyrol nota una crepa di grandi dimensioni nello scafo del Galactica.