Il capitano Scorpion guida un gruppo di venti raptors che fanno ritorno su Caprica per recuperare i superstiti della resistenza guidati da Samuel Anders. Con l’ausilio della tecnologia cylone ritornano a Caprica in soli dieci salti, ma durante il primo uno dei raptors, comandato da Racetrack, si perde e si ritrova in una nebulosa ed è costretto ad atterrare su un pianeta, che comunque supporta la vita umana e ne informa il comando. Nel frattempo sul Galactica Tom Zarek intravede una possibilità di colonizzazione permanente sul nuovo pianeta scoperto da Racetrack, ma il presidente Roslin sospetta che i cyloni sappiano già di questo pianeta e che stiano aspettando per tendere una trappola alla flotta. Questo si rivelerà un elemento fondamentale per il dibattito politico fornendo a Baltar una solida base su cui condurre la propria campagna.

Nell'hangar del Galactica il capo Tyrol, da giorni in preda ad un incubo ricorrente, viene svegliato da Cally ma, ancora in stato di veglia semicosciente, la aggredisce furiosamente. Ripresosi finalmente la porta dal dott. Cottle e chiede aiuto rivolgendosi ad un sacerdote, l'enigmatico Fratello Cavil che, con incredibile perspicacia, intuisce la causa dei suoi dolori e lo esorta a riprendere il suo lavoro in quella che è la sua famiglia. La puntata si chiude con l'incontro tra la squadra di recupero ed i sopravvissuti, sorpresi però da un attacco massiccio dei cyloni.

La terza serie ha inizio con dei flash di grande impatto che illustrano quanto sia dura la condizione di prigionieri, in diverse forme, di Scorpion e Tigh oltre al comportamento, come al solito ambivalente, di Ellen, la moglie del colonnello.

Dopo 132 giorni dallo sbarco dei cyloni, i coloniali sopravvivono su New Caprica come possono, sotto il giogo degli invasori. Tigh (cieco ad un occhio cavatogli sotto tortura), Tyrol ed Anders sono i leader dei ribelli con l'ausilio di un appoggio anonimo dall'ufficio della presidenza (che si rivelerà essere il tenente Gaeta) mentre altri umani sono divenuti dei collaborazionisti, membri della cosiddetta "polizia provvisoria". Scorpion è tenuta prigioniera da una copia di Numero Due che vorrebbe farla diventare sua compagna devota ed innamorata.

Intanto nello spazio, l'ammiraglio Adamo ed il resto del suo equipaggio discutono sui tempi ed i modi del ritorno su New Caprica. Apollo, visibilmente sovrappeso, riceve grosse critiche dal padre che lo accusa di essersi eccessivamente "rilassato" durante l'ultimo anno e mezzo di forzata inattività. Sul pianeta, i resistenti inviano un ex combattente in missione suicida per uccidere quanti più collaborazionisti possibile oltre al presidente Baltar, ma questi, per un imprevisto legato alla propria pigrizia ed incompetenza, riesce a scampare.

Il presidente Baltar va dalla Roslin, adesso in isolamento, le intima di dissociarsi dagli attacchi suicidi e la fa rilasciare. L'ex presidente non concede nulla all'interlocutore, ma faccia a faccia con Tigh, lo critica duramente senza però sortire l'effetto sperato: gli attacchi continueranno. Sul Galactica, l'ammiraglio Adamo progetta un'azione disperata per salvare i coloni su New Caprica imperniata sull'impegno attivo sul campo di Sharon. Apollo si dichiara immediatamente contrario; la sua priorità è quella di salvare i superstiti a bordo delle navi coloniali. Scorpion, imprigionata dal giorno di sbarco dei cyloni, apprende l'esistenza di Kacey, la figlia nata da un suo ovulo sottrattole durante la sua permanenza nella "Fattoria" fecondato da Numero Due che non intende lasciar nulla di intentato per "conquistare" la sua amata. Scorpion, sconvolta dalla notizia di una figlia segreta, lascia la bambina da sola nella stanza-prigione dove vive da mesi, salvo poi accorgersi, dopo un incidente domestico capitato alla bambina, di essere già legata alla piccola.

Alla fine la situazione precipita; un altro attacco suicida provoca una dura rappresaglia cylone. "O si aumenta il controllo o si perde il controllo" sentenzia Fratello Cavil. I rappresentanti Cyloni obbligano Baltar, sotto minaccia delle armi, a firmare un ordine che prevede l'esecuzione sommaria di più di duecento coloni (tra i quali anche Cally, Roslin e Zarek) rapiti nelle loro tende la notte precedente.

Helo viene assegnato allo smistamento dei civili a bordo del Galactica; molti di essi hanno problemi con gli abitanti della colonia Sagittarian noti per l’estremismo religioso ed il rifiuto di molte soluzioni scientifiche tra le quali la medicina. Il problema è che c’è in corso un'epidemia del Morbo di Mellorak curabile solo col farmaco Bittamusin entro 48 ore dall’insorgenza dei sintomi. Intanto, a bordo del Colonial One, il Presidente Roslin comunica la propria intenzione di processare pubblicamente Baltar al vicepresidente Zarek, ma questi, esponendo la propria contrarietà, si congeda spaventato per le conseguenze di questa situazione.

Una serie di morti sospette inizia a manifestarsi nel presidio del Dott. Roberts tra cui quella di un ragazzo sagittariano diciannovenne la cui madre lo aveva portato a curarsi non oltre 12 ore l’insorgenza dei sintomi ed Helo avvia un’indagine sul medico, ma si scontra con il l’ostilità del Colonnello Tigh (a fianco di Roberts nella resistenza su New Caprica) e lo scetticismo dell’Ammiraglio Adama oltre, poi, a quelle della moglie che lo invita a non tirar troppo la corda coi superiori. In cella, da sola, Caprica Six inizia a “vedere” un Baltar immaginario del tutto simile alla Six che “vede” di solito il dottore.

Dualla, originaria di Sagittarian, si rivolge proprio al Dott. Roberts per essere curata con Helo che, ascoltata la madre del ragazzo ed ormai certo della colpevolezza del medico, si introduce nello studio del Dott. Cottle per effettuare dei controlli incrociati, ma viene scoperto e cacciato. Il Capitano non ha più soluzioni; irrompe nel presidio di Roberts con l’intenzione di portar via Dualla ormai in stato semicosciente, ma viene fermato dalle guardie. Solo l’intervento di Tigh e Cottle, accortisi dell’errore, salva la situazione e mette il Dott. Roberts – che confesserà la propria colpevolezza ed il proprio disprezzo per i sagittariani- di fronte a prove incontestabili e lo arrestano, da notare che in questa scena Cottle rimprovera a Roberts di aver infranto il giuramento di ippocrate, un evidente errore nella sceneggiatura dato che ippocrate non era ancora nato. Il Capitano Helo, risolto il caso, saluta la madre del ragazzo ucciso e torna da Athena ed Hera.

Gravi problemi di rifornimento e controllo carburanti (un incidente ad un raptor, per poco, non distruggeva il Colonial One) fanno mandare Capo Tyrol sulla nave raffineria per riorganizzare il lavoro. Condizioni al limite della schiavitù, problemi manutentivi e malcontento dei lavoratori colpiscono il Capo. Tyrol constata che ciò che riporta il libro proibito di Baltar potrebbe essere vero e cioè che esiste una rigida distinzione tra una classe dominante ed un sottoproletariato impiegato nei lavori più umili e duri senza speranza di miglioramento per i poveri o retrocessioni per i dominanti ("... credi davvero che al comando della flotta potrà mai esserci uno che non porta il cognome Adama?" conclude Baltar di fronte ad un quanto mai pensieroso Tyrol).

Dopo l'ennesimo, grave, incidente sul lavoro, Tyrol, memore della propria esperienza di sindacalista su new Caprica, organizza uno sciopero generale. A complicare la situazione, il fatto che Tyrol, Cally ed i tecnici del Galactica vi aderiscano, configura la situazione in ammutinamento. Tyrol viene incarcerato ed, in un duro faccia a faccia, l'Ammiraglio Adama condanna a morte Cally al che il Capo fa rientrare lo sciopero ed Adama si impegna ad organizzare un incontro con la Roslin.

A rapporto col Presidente, Tyrol riesce ad avere importanti agevolazioni tra cui un impegno concreto per un maggior dinamismo sociale ed a "... far sporcare le mani anche al personale del Coloniale Uno" in lavori di piccole manutenzioni e pulizie nell'ambito della flotta. Seelix, adesso ex meccanica, in virtù del successo nel corso di addestramento, viene promossa ufficiale e guiderà un viper.

A due settimane di distanza, i più provati per la perdita di Scorpion sono naturalmente Sam (che cadendo ubriaco da un Viper su cui era salito si infortuna ad una gamba), Apollo (che ha perso le sue doti di leadership come CAG) e l'Ammiraglio Adamo, che la considerava come una figlia. Viene sorteggiata la giuria che giudicherà Gaius Baltar, composta da 5 comandanti di navi tra cui l'Ammiraglio Adamo. L'avvocato di Baltar viene assassinato, così l'Ammiraglio Adamo decide di rimuovere Apollo dal suo incarico come CAG (assegnando temporaneamente l'incarico ad Helo) e di assegnarlo alla sicurezza del nuovo avvocato di Baltar, un personaggio ambiguo ed ambizioso (vuole difendere Baltar per costruirsi un nome e fama) che in passato aveva lavorato assieme al nonno avvocato di Apollo. Questa decisione dell'Ammiraglio crea un primo contrasto con suo figlio. Un distratto Apollo e l'avvocato di Baltar si salvano fortunosamente da un nuovo attentato: l'Ammiraglio rimprovera duramente Apollo e l'acredine fra i due si accentua. Nel frattempo Apollo, manovrato con abilità dall'avvocato di Baltar, inizia ad appassionarsi alla pratica forense in generale ed al caso di Baltar in particolare. Apollo smaschera con un colpo di fortuna l'attentatore, a questo punto l'ammiraglio vorrebbe restituirgli l'incarico di CAG ma lui rifiuta per restare a collaborare con l'avvocato alla difesa di Baltar. Fra padre e figlio oramai è scontro aperto.

Mentre il Galactica e le altre navi si avvicinano alla Nebulosa indicata dal tempio, Sam sente di continuo una canzone, così come anche il Colonnello Tigh. Inizia il processo a Baltar: Apollo siede in aula di fianco a Baltar. L'avvocato di Baltar si dimostra astuto: la testimonianza del Colonnello Tigh sembra in principio una testimonianza chiave contro Baltar, poiché ne elenca le nefandezze su New Caprica, ma l'avvocato intuisce che c'era qualcosa di torbido nella storia della moglie del Colonnello, lo incalza con numerose domande e Tigh cede, raccontando di avere ucciso lui in prima persona la moglie poiché traditrice. Tigh, tra l'altro brillo in aula, è totalmente screditato: egli stesso per primo si è reso artefice di un gesto tremendo. Lasciando l'aula inoltre, Tigh chiede che venga spenta una certa musica che solo lui riesce a sentire. Molti lo prendono per pazzo. L'ammiraglio Adamo affronta in privato Apollo: lo accusa di aver rivelato lui la triste storia di Tigh all'avvocato e di essere stato per di più codardo per non avere lui personalmente interrogato Tigh. A nulla vale la negazione di Apollo, il padre non gli crede, così Apollo dà le dimissioni da ufficiale restituendo i gradi, il padre le accetta volentieri e butta i suoi gradi in un cassetto. A questo punto tocca al presidente Roslin testimoniare: Apollo (ora Sig. e non più Maggiore) la interroga personalmente, come ovvia sfida al padre. Apollo sa che la Roslin sta nuovamente assumendo l'estratto di Camalla (l'ha vista in sala tattica) e la spinge a confessarlo. Lei confessa, poi guarda Apollo con disapprovazione e confessa davanti a tutti di prendere l'estratto poiché il tumore è ricomparso. Ma anche lei è screditata, un testimone che assume droghe non è attendibile. Apollo viene lasciato anche da Dualla, che lo disprezza per il suo gesto, mentre il Colonnello Tigh chiede all'ammiraglio di ispezionare la nave alla ricerca di un diffusore di musica sicuramente messo dai Cyloni e l'assistente del Presidente Roslin dà evidenti segni di profondo stress e stanchezza.

L'episodio si apre con il rito funebre per Cally. Il colonnello Tigh fa visita a Caprica Sei in cella, tutti i giorni. Tory e Saul Tigh visitano il neo vedovo Galen Tyrol e lo rimproverano per il suo strano comportamento, potrebbe rivelare la loro identità di cyloni. Tory chiede a Tyrol perché Cally si sia suicidata (ma è stata Tory stessa ad ucciderla, vedi ep. precedente), Tyrol è convinto che il suicidio sia dovuto al fatto che Cally credesse che lui e Tory avessero una relazione, cosa non vera. Saul consiglia a Tyrol di affrontare il dolore da uomo, forte, mentre Tory gli ricorda che loro sono cyloni per cui devono mettere da parte i sentimenti. Un gruppo di uomini col volto mimetizzato (i figli di Ares) gettando una granata fumogena, irrompono nella comunità dove risiede Gaius Baltar, picchiano le donne e devastano gli arredi alla ricerca di Baltar, ma il raid non porta risultati e gli aggressori dopo soli due minuti fuggono. Intanto il capo Galen Tyrol con la mente oppressa dai recenti accadimenti sbaglia a sostituire un ricambio su un caccia e questo provoca un grave incidente di volo. Gaius dopo l'assalto subito assale a sua volta un gruppo di religiosi in preghiera degli antichi dei (Zeus, Afrodite, Artemide), sfiorata la rissa arrivano due marines della sicurezza che lo arrestano. L'ammiraglio ed il presidente Roslin sono preoccupati per l'escalation di violenza a sfondo religioso, dopo una visita a Baltar in cella il presidentre lo fa rilasciare. L'ammiraglio raggiunge Tyrol al bar e cerca di consolarlo per la perdita di Cally, ma lui reagisce male, tanto che Adama gli revoca l'incarico di capo meccanico e lo assegna ad altro. Il presidente Roslin emana un decreto per impedire le assemblee pubbliche sopra un certo numero di partecipanti, il consiglio non è d'accordo con questa misura restrittiva. Saul Tigh visita caprica Sei nella cella, spegne le telecamere di sicurezza e allontana il personale di guardia, dopo un discorso sul dolore Caprica Sei lo picchia a sangue sul volto chiedendogli "Che cosa provi Saul? Riesci a vedere le cose con chiarezza?". Gaius Baltar viene picchiato da un marine che obbediva all'ordine di restrizione delle assemblee, Gaius voleva solamente entrare nei suoi alloggi e andare a dormire, ma dentro c'erano altre persone il cui numero superava quello prefissato dalla legge. Sopraggiunge Lee Adama con altri marines che annuncia l'annullamento delle restrizioni per le assemblee, il consiglio ha votato per la cancellazione del decreto restrittivo. Adama continua a leggere alla Roslin mentre questa si sottopone alle cure. Gaius ferito e sanguinante attira ancora più a sé le sue seguaci. In cella Caprica Sei ammette lo sbaglio di aver picchiato Saul e capisce che lui ha bisogno d'amore, lo bacia. L'episodio si conclude con Gaius che parlando alla folla di seguaci afferma: "Voi dovete amare voi stessi, come potrete amare gli altri se non amate voi stessi? Voi siete perfetti perché Dio vi ama come siete per cui ognuno di voi è perfetto, voi siete perfetti così come siete.". La folla lo applaude.

I Cylon ribelli cercano un accordo con Adama, Roslin e la flotta coloniale per ottenere il ritorno di D'Anna e quindi i Final Five. Ma anche gli umani hanno bisogno dei Final Five per trovare la rotta per la Terra, almeno stando a quanto detto dall'ibrido a Starbuck...

Con la scomparsa del presidente e di metà della flotta Viper, l'ammiraglio Adama conduce le ricerche con scelte tali da rendere la flotta vulnerabile. Lee sconsiglia al vicepresidente (furente per l'operare dell'ammiraglio) di subentrare alla Roslin, poiché Adama con le sue forze militari non lo riconoscerebbe. Lee si mette alla ricerca di un possibile candidato ad interim, con l'aiuto del difensore del processo di Baltar. Nel frattempo l'ammiraglio fa arrestare Athena per l'omicidio della Sei. L'ammiraglio apprende poi dal dottore che la Sei imprigionata è incinta del comandante Tigh. Le ricerche dell'ammiraglio scoprono che la nave Resurrection è stata distrutta, ma nessuna traccia della nave scomparsa. Infine, Romo Lampkin riesce a far ragionare Adama facendogli capire che sta mettendo a rischio l'intera flotta perché coinvolto sentimentalmente nella ricerca dei dispersi e in particolare della Roslin. L'Ammiraglio decide dunque di non dividere più la flotta ma aspettare in un raptor sul punto del randezvous il ritorno della nave ribelle..Per questo rasenta le sue dimissioni, lasciando il comando a Tigh, a cui impartisce di liberare Athena come ultimo ordine. Per quanto riguarda la ricerca di un candidato alla presidenza, alla fine la scelta cade su Lee che presta giuramento.

Negli alloggi dell'ammiraglio, Saul Tigh comunica ad Adama che molte navi si rifiutano di far salire a bordo il personale Cylone (che deve procedere all'upgrade dei motori FTL) e che si registra un'ostilità crescente nella flotta verso i nuovi alleati. Adama, tramite Lee, fa sapere al consiglio dei 12 di essere pronto di imprigionare, al pari di Zarek, chiunque si rifiuti di collaborare.

Nel frattempo Felix Gaeta fa fuggire Zarek, e lo fa tornare sul Colonial One, dove Zarek comunica di essere stato liberato da Adama. Lee alla vista di Zarek resta contrariato e decide di rientrare sul Galactica per chiarire col proprio padre il perché di tali ordini contrastanti.

Sul Galactica intanto i rivoltosi alleati di Gaeta, tra cui anche diversi civili, iniziano ad armarsi. Gaeta ha una posizione privilegiata nel CIC per sabotare le comunicazioni e tirare le fila dell'ammutinamento.

Lee al rientro sul Galactica viene aggredito dai rivoltosi, e solo il pronto intervento di Kara, che nel frattempo di è accorta dell'ammutinamento in corso, gli salva la vita.

I rivoltosi imprigionano nella cella che già ospita Caprica 6, Sam, Helo, Athena e la figlia.

Nel CIC anche Adama e Saul vengono fatti prigionieri: Adama prova ad usare la propria autorità per intimorire i rivoltosi ma senza risultato. Prima di lasciare il CIC verso la cella dove dovranno venire rinchiusi in attesa di processo, Adama minaccia Gaeta: la rivolta non avrà successo, e Gaeta sarebbe morto per nulla. Lungo la strada per la cella Adama e Saul sopraffanno i marines e riescono a liberarsi.

Nel frattempo Lee e Kara recuperano il presidente Roslin e la portano nel rifugio di Baltar, dove Galen Tyrol sta organizzando la resistenza. Il presidente finalmente ritorna in sé, ed utilizzando l'impianto wi-fi di Baltar lancia un appassionato messaggio alla flotta, di non appoggiare i rivoltosi guidati da Gaeta.

In una stiva di carico Tyrol riesce a far arrivare un Raptor dalla nave base, di modo di permettere al presidente e a Baltar di lasciare il Galactica: anche Adama e Tyrol riescono a raggiungere la stiva di carico. Adama saluta la Roslin che sale sul Raptor; lui e il colonnello Tigh restano nella stiva di carico assediata dai marines a copertura della partenza del Raptor, mentre Lee, Kara e Tyrol rientrano nel condotto da cui sono venuti per continuare la resistenza.

Appena decollato, Gaeta vede il Raptor sul dradis ed ordina di abbatterlo.

L'inizio dell'episodio ci porta su Caprica qualche anno prima dell'attacco Cylone: William Adama sta discutendo con qualcuno, sembra aver ricevuto un incarico che non gli piace; Gaius Baltar, in compagnia di Caprica 6 che sembra aver appena conosciuto, si reca a soccorrere il padre infermo che ha assalito la propria badante. Gaius non sa come gestire la situazione e sarà Caprica 6 a trovare una sistemazione adeguata al padre di Gaius, questo è probabilmente il primo gesto che fa invaghire Gaius di Caprica 6. Lee incontra per la prima volta Kara a casa di quest'ultima, dove viene invitato a cena dal fratello Zak, fidanzato di Kara. Quando Lee vede Kara, ne resta folgorato. Rientrato a casa ubriaco, Lee trova un piccione in casa, e lo scaccia con la scopa. Laura Roslin ha da poco festeggiato il compleanno di una delle due sorelle, incinta, quando riceve dalla polizia una tremenda notizia: in un incidente d'auto, provocato da un ubriaco, entrambe le sorelle ed il padre di Laura perdono la vita. Un foto sul comodino li raffigura tutti e 4 assieme, evidentemente la madre è già morta da qualche tempo. Sconvolta, Laura entra in un parco e si immerge sotto il getto d'acqua di una fontana, sotto gli sguardi allibiti dei passanti. Qualche tempo dopo, un conoscente al telefono le offre di partecipare alla nuova campagna presidenziale. Sam, star dello sport, intervistato da una giornalista rivela di non essere attratto dalla fama né dalle vittorie, quanto dalla ricerca della creazione del gesto perfetto.

Nel covo dei Cyloni, nonostante le proteste di Boomer Cavil decide di fare esaminare e sezionare Hera, per scoprire come riuscire a far riprodurre i Cyloni.

Sul Galactica in via di smantellamento Gaius chiede a Lee di poter entrare nel governo, ma questi rifiuta. Il Capo Tyrol è in galera per aver fatto fuggire Boomer, ed in un faccia a faccia con Helo rivela di essere oramai convinto che tutti i Cyloni da lui creati altri non siano che sole macchine. L'ammiraglio passando nel corridoio dove sono affisse le foto di tutti i caduti vede la foto di Hera: dopo un tentennamento iniziale l'afferra, e si reca da Sam. Dopo aver detto a Kara che non gli importa quello che lei sia, per lui è come una figlia, fa "riattivare" Sam, il quale rivela dove sia il covo dei Cyloni, in cui è nascosta Hera. L'Ammiraglio decide di effettuare un'ultima missione di salvataggio, ordina la liberazione di alcuni detenuti dopo l'ammutinamento e traccia una riga rossa sul ponte: chiunque si voglia unire volontario, deve varcare questa linea. Lee, Caprica 6, Hellen, Tigh, Tory, il Capo Tyrol, Helo, addirittura il presidente Roslin che a fatica riesce oramai a stare in piedi per la malattia e tanti altri varcano la soglia, ma non Baltar che, seppur tentato - soprattutto dalla presenza di Caprica 6 - non trova il coraggio. L'ammiraglio impedisce al Dottor Cottol di unirsi ai volontari, affermando che alla gente che resterà serve un dottore.

Racetrack e Skulls fanno una ricognizione e scoprono il covo dei Cyloni: trovandosi in prossimità di un buco nero, esiste un solo punto d'accesso, chiaramente ben difeso. Apollo, che ha re-indossato (finalmente) la divisa mostra sulla mappa come si tratti probabilmente di una missione senza ritorno ma ciò nonostante l'Ammiraglio ordina l'attacco conclusivo di una guerra.

La morente Galactica e il suo eroico equipaggio partono alla volta delle Colonia Cylon per tentare di salvare la piccola Hera Agathon. All'ultimo momento, anche Gaius Baltar decide di rimanere con i volontari a proteggere la nave, mentre la presidente Laura Roslin curerà i feriti in infermeria insieme a Ishay.