A Gubbio si stanno per svolgere le elezioni comunali e il partito favorito è una lista civica ambientalista che propone come candidato sindaco un giovane giornalista, figlio di un cittadino eugubino di religione ebraica. Il ragazzo, che non ha mai avuto un buon rapporto con il padre, riceve da tempo delle lettere minatorie che lo esortano a rinunciare alla candidatura.

Nel frattempo, il capitano Anceschi naviga su internet con il nickname "Barone rosso", e conosce in chat una donna che si fa chiamare "Cenerentola": tra i due nasce un legame molto intenso, anche se virtuale.

Natalina e Pippo stanno tornando in canonica dopo avere fatto la spesa, e si accorgono che sul ciglio della strada c'è una macchina. Il sagrestano si avvicina e vede il cadavere del giornalista che avrebbe potuto vincere le elezioni. I Carabinieri iniziano le indagini partendo dalle continue minacce che il giovane subiva: in una delle varie lettere minatorie si faceva anche riferimento al fatto che Gubbio non doveva avere un Sindaco ebreo. Don Matteo, che conosce il padre della vittima, parlando con lui afferma che non ha nessun senso discriminare gli Ebrei, sia per il fatto che l'ebraismo è stato un indispensabile presupposto per la nascita del cristianesimo e sia perché tutti gli esseri umani sono eguali davanti a Dio, a prescindere dalla razza e dalla fede. Il maresciallo Cecchini sa che la vittima aveva l'obiettivo di far diventare parco nazionale una zona agricola di Gubbio, e, se ci fosse riuscito, avrebbe causato un considerevole danno economico ai proprietari terrieri di quella zona. I sospettati, quindi, sono molti. La lista civica ecologista decide di presentare un nuovo candidato alla carica di Sindaco: si tratta della dottoressa Laura Respighi, una convinta ambientalista e animalista che vive da alcuni anni all'estero per lavoro. Laura accetta l'incarico e viene in treno nella città umbra. I Carabinieri hanno il compito di proteggere Laura, visto che il suo compagno di partito è stato ucciso, ma lei è convinta che la scorta non le serva a nulla. Il migliore amico della vittima, uno dei componenti di quel partito, va a salutare Laura, la quale riceve anch'essa una lettera minatoria. Tra la Respighi e Anceschi c'è subito una forte antipatia, o almeno così sembra: Laura è figlia di un colonnello dei Carabinieri, e ritiene che gli uomini che portano una divisa siano tutti insopportabili; Flavio, però, ogni tanto guarda Laura con un'espressione che non è affatto antipatica. Le indagini proseguono, e viene arrestato un pericoloso delinquente italiano, che sembra essere coinvolto in grave fatto avvenuto qualche tempo prima: un container era esploso causando la morte di dodici immigrati clandestini.

È tarda sera, e un professore si trova nella biblioteca di una basilica di Città del Vaticano. Il custode gli fa notare che è orario di chiusura, ma lui vuole rimanere ancora qualche minuto. Il custode si allontana, e qualcuno spinge violentemente il professore giù dal piano della biblioteca, uccidendolo.

Il cardinale del luogo ricorda che, quando si trovava in missione in Amazzonia, il suo amico don Matteo aveva un innato talento investigativo. Per questo motivo fa venire a Roma il parroco di Gubbio e gli chiede, in nome della loro antica amicizia, di risolvere questo scottante caso. Il prete accetta ma chiede che ad aiutarlo ci siano il capitano Anceschi e il maresciallo Cecchini, che sono i carabinieri con i quali ha risolto molti casi a Gubbio. La presenza di due militari nell'ambiente ecclesiastico non permetterebbe di indagare con discrezione, quindi i due dovranno fingere di essere seminaristi: Anceschi si chiamerà Alvise e Cecchini si chiamerà Serafino.

Intanto, un'assistente sociale porta a Gubbio una bambina di sette anni di nome Camilla, nata in Bolivia da una missionaria laica italiana. La piccola viene affidata temporaneamente al sindaco Laura Respighi, e dichiara di essere la figlia di don Matteo: in realtà la madre di Camilla era in missione umanitaria insieme a don Matteo, che fu padrino di battesimo della bambina. Prima di morire a causa di un grave incidente, la madre ha chiesto, tramite il testamento, che sua figlia fosse affidata a don Matteo; ma ora il sacerdote è in Vaticano.

Nella biblioteca dove è avvenuto il delitto, i nostri scoprono l'esistenza di un passaggio segreto che forse è stato utilizzato proprio dall'assassino per cogliere di sorpresa la sua vittima. Accanto al cadavere sono stati ritrovati dei granelli di un rosario e un registratore rotto. I tecnici della Polizia Scientifica riescono a recuperare l'ultima registrazione: il professore stava leggendo il contenuto di un censimento effettuato ai tempi di Gesù Cristo, poi l'urlo dell'uomo mentre precipitava giù. I nostri scoprono che una giovane restauratrice che conosceva la vittima ha rubato un'importante edizione di un Vangelo; la ragazza viene arrestata perché si ritiene che sia stata sorpresa dal professore mentre rubava e lo abbia voluto eliminare perché era un testimone scomodo.

Vanni Bertolacci, il padre di Nerino, ha quasi scontato la sua pena e sta per uscire di prigione. Era stato arrestato quattro anni prima per una rapina a mano armata. Ora, il capitano Anceschi e un suo superiore vorrebbero che Vanni si infiltrasse nella banda con cui aveva compiuto quella rapina, allo scopo di raccogliere le prove per poter arrestare i componenti. Infatti la banda è diventata una vera e propria organizzazione criminale, dedita non solo a rapine ma anche a stupri e omicidi. Inizialmente, Vanni non ha nessuna intenzione di collaborare con i Carabinieri perché sa che essere un infiltrato significa rischiare la vita. Anceschi, però, gli fa capire che aiutando le forze dell'ordine ad assicurare alla giustizia quei delinquenti assassini gli permetterebbe di riscattarsi definitivamente agli occhi dell'opinione pubblica ma soprattutto di suo figlio Nerino. Vanni, che grazie all'assistente sociale ha già trovato un piccolo appartamento in affitto e un lavoro come guardiano del museo comunale, accetta di infiltrarsi.

L'operazione deve però rimanere segreta, e il capitano Anceschi riceve l'ordine di non parlarne con nessuno dei membri della caserma di Gubbio, nemmeno con il maresciallo Cecchini, che rivelerebbe subito la cosa a don Matteo. Cecchini, però, essendo preoccupato per Nerino, vorrebbe controllare Vanni, e quindi Anceschi è costretto a rinfacciare al suo maresciallo il fatto che pur avendo quasi mezzo secolo non ha ancora ottenuto quella famosa promozione. Cecchini si sente offeso da quelle parole e crede che Anceschi non si fidi più di lui.

Vanni si è infiltrato, e riceve dal capobanda l'incarico di compiere una rapina all'armeria insieme con altri delinquenti. Nella rapina, questi ultimi riescono a rubare molte armi, ma Bertolacci viene lievemente ferito al braccio da un colpo di pistola sparato dal titolare del negozio. Nerino nota sia la ferita al braccio e sia il fatto che suo padre è sempre nervoso e preoccupato e frequenta cattive compagnie: il ragazzo crede che Vanni abbia ricominciato a delinquere.

Il capitano Anceschi e Natalina vanno casualmente a fare la spesa nello stesso supermercato, dove irrompe uno sconosciuto coperto da un passamontagna e armato di pistola, il quale minaccia la cassiera chiedendole tutti i soldi. Il rapinatore, innervosito dalle grida di Natalina, spara ad Anceschi e lo ferisce in maniera gravissima; poi scappa via.

Flavio viene subito portato in ospedale, e il medico dice che per salvargli la vita occorre una trasfusione di sangue. Tuttavia né Don Matteo, né il maresciallo Cecchini, né Natalina, né Laura Respighi né Pippo hanno il sangue dello stesso gruppo del capitano Anceschi. La situazione è disperata, ma una ragazza che non ha mai avuto a che fare con Flavio, ha il sangue del suo stesso gruppo e si rende disponibile a donarlo. In seguito alla trasfusione, Anceschi è completamente fuori pericolo, ma non può tornare a casa da solo, e don Matteo gli propone di trascorrere la convalescenza in canonica. Flavio accetta, e il giorno successivo va a casa della ragazza che gli ha salvato la vita con l'intenzione di ringraziarla, ma la trova morta. Apparentemente si tratta di un suicidio, ma Anceschi non riesce a crederci.

Il Comune di Gubbio organizza una gara di ballo, che vedrà sfidarsi separatamente i dilettanti e i professionisti. Tra i dilettanti, il maresciallo Cecchini, che già in passato ha vinto competizioni amatoriali, parteciperà con sua moglie Caterina, e Natalina insieme a Pippo, nonostante quest'ultimo sia totalmente incapace. Tra i professionisti, il favorito è Loris Guazza, un ballerino di fama regionale, che gareggerà insieme alla fidanzata Evelina De Magistris. Quest'ultima è l'unica figlia di Ettore De Magistris, noto farmacista eugubino, che è assolutamente contrario alla relazione tra sua figlia e il ballerino: una sera, Evelina esce di casa perché Loris la sta aspettando, ma Ettore la afferra con violenza e la costringe a rientrare. Lei si ribella e pretende di essere autonoma, rinfacciando al padre la vicenda di un certo Gabriele. Il padre la colpisce con uno schiaffone in faccia. Evelina, piangendo, urla ad Ettore tutto il suo odio e corre da Loris, che dice di amarla come non ha mai amato nessuna.

Si svolgono le prove: Evelina e Loris ballano per parecchio tempo, fino a quando lui vuole fare una sosta per bere. Dopo aver sorseggiato una bibita, il ballerino si sente male e cade a terra. Alle prove è presente anche Sartori, un medico legale, che subito stabilisce che il giovane è morto.

Laura Respighi va in caserma e chiede al capitano Anceschi di farle da cavaliere alla gara di ballo. Lui rimane piacevolmente sorpreso da questa richiesta e accetta senza dirle che non ha mai ballato in vita sua. Anceschi chiede quindi a Cecchini di insegnargli a ballare il tango per poter fare bella figura con la sindachessa.

Sartori esegue l'autopsia su Guazza, e stabilisce che la vittima è deceduta perché nella bottiglia di plastica contenente la bibita è stato iniettato un farmaco a cui Loris era allergico. Poiché questo farmaco è utilizzato abitualmente da Ettore De Magistris per curarsi da un disturbo nervoso, il farmacista viene subito accusato dell'omicidio e arrestato. L'uomo ha un movente e non cerca di discolparsi: la sua colpevolezza sembra certa, ma Silvana, moglie di Ettore e madre di Evelina, è assolutamente convinta dell'innocenza di suo marito e chiede aiuto a don Matteo.

Una domenica pomeriggio, in canonica si festeggia il compleanno di Natalina. È presente anche il maresciallo Cecchini insieme alla moglie Caterina e alle figlie Patrizia e Assuntina. A un certo punto Cecchini riceve la telefonata di un suo amico medico, il Dott. Corini, che gli chiede aiuto perché in ospedale stanno succedendo delle cose strane. Il carabiniere, non volendo rinunciare a trascorrere la domenica con la sua famiglia e i suoi amici, gli dà appuntamento alla mattina seguente.

Durante la notte, Natalina ha un attacco di tachicardia e viene ricoverata d'urgenza in ospedale. Il mattino seguente, all'alba, il medico amico di Cecchini precipita dal quarto piano. Don Matteo raccoglie le sue ultime parole prima di morire: sembrano frasi senza senso, ma la fidanzata del morto riconosce che Boccioni è il cognome di un infermiere dell'ospedale. Sulle mani del morto vengono trovate tracce di cocaina: il capitano Anceschi crede quindi che la vittima avesse scoperto un traffico di droga all'interno della struttura ospedaliera, e che qualcuno, probabilmente Boccioni, abbia deciso di impedirgli di denunciare. Per risolvere il caso, il maresciallo Cecchini deve infiltrarsi in ospedale fingendo di essere un infermiere.

Nel frattempo, siccome Natalina è ancora in ospedale e don Matteo è impegnato ad aiutare Nino a risolvere il caso, Pippo e Camilla devono cavarsela da soli in canonica.

Un uomo, Laudani, si sta recando preoccupato nella sede di una società finanziaria la cui titolare è Giulia Rebetti: quest'uomo svolge la professore di infermiere e vuole a tutti i costi parlare con il dottor Morandi. Lo ricevono due collaboratori della società, che gli dicono che in questo momento il dottor Morandi non può riceverlo. Ma lui li aveva anche avvertiti per telefono del fatto che sarebbe venuto per una questione urgente, e dice di volere andare a fare una denuncia ai Carabinieri. Uno dei due scagnozzi, allora, lo minaccia e poi lo colpisce con un pugno. L'infermiere cade, sbatte la testa e muore. In quel momento entra la segretaria di Giulia Rebetti, che vede il cadavere e viene minacciata di morte dall'altro scagnozzo.

A Patrizia Cecchini, la prima delle due figlie del maresciallo, accade un fatto terribile: mentre si trova fuori con le sue amiche, le cade della calce in un occhio. Cecchini e sua moglie Caterina portano subito Patrizia all'ospedale, dove un professore spiega loro la situazione. La ragazza rischia di perdere completamente l'uso di un occhio, e l'unica possibile soluzione è quella di farla operare in una clinica privata specializzata che si trova negli Stati Uniti d'America, ma l'intervento è assai costoso. Il medico consiglia al maresciallo di rivolgersi alla società finanziaria di Giulia Rebetti, dove otterrà sicuramente un prestito con interessi inferiori rispetto a quelli che pretenderebbe una banca. Cecchini decide di ascoltare il suggerimento di quel dottore senza prima sentire il parere dei suoi amici più fidati, e cioè di don Matteo e del capitano Anceschi. La Rebetti, intanto, è stata correttamente informata dai suoi scagnozzi dell'omicidio del loro debitore, e ordina alla sua segretaria di non rivelare a nessuno la verità. Cecchini si presenta alla finanziaria da solo e in borghese: la Rebetti capisce subito che non è venuto lì come carabiniere ma come potenziale cliente, lo accoglie con gentilezza e gli fa firmare un contratto.

Intanto, Camilla ha dei problemi a scuola: la maestra ha deciso di fare una recita a cui potranno partecipare anche i genitori degli alunni, e i suoi compagni la insultano e la emarginano perché è orfana. La bambina, quindi, va a trovare il capitano Anceschi, che è un uomo solo come lei. Camilla e Flavio diventano amici, e la piccola a scuola dice a tutti che Anceschi è suo padre: è una bugia, ma molti ci credono e iniziano a spargersi delle voci false.

Il maresciallo Cecchini è sollevato, ma poi, rileggendo con più calma il contratto, si accorge di un comma scritto molto più piccolo rispetto agli altri. È il comma ventitré, che stabilisce che il destinatario del prestito stipula anche un'assicurazione sulla vita dal costo di 50.000 euro all'anno. Per Cecchini e la sua famiglia sembra essere la rovina definitiva.

Una mattina, don Matteo apprende da un manifesto che l'unico centro di accoglienza per i senzatetto presente in città è stato chiuso per via delle pressioni di un piccolo partito politico estremista. Quando sta per rientrare, il sacerdote sente Natalina urlare: un barbone è morto nella chiesa. Arrivano subito il maresciallo Cecchini, il capitano Anceschi, il medico legale e la polizia scientifica. La vittima è morta per avvelenamento da stricnina, alcaloide altamente tossico che causa una morte molto dolorosa. I sospetti si concentrano subito sul leader di quel gruppo estremista che ha fatto chiudere il centro: l'uomo dichiara di disprezzare i senzatetto perché sono degli inutili parassiti, ma che non rischierebbe mai di finire in prigione per uno di loro. Le indagini vanno avanti, e si scopre che la vittima aveva bevuto il vino rubato dalla sacrestia, lo stesso vino che avrebbe dovuto bere don Matteo durante la celebrazione eucaristica. Cecchini e Anceschi corrono subito in parrocchia per avvisare il prete, che rimane sorpreso e sconcertato: qualcuno si è intrufolato in sacrestia e ha messo la stricnina nel vino da messa, con l'obiettivo di uccidere don Matteo; solo per una pura casualità, il senzatetto Giuseppe è entrato in chiesa e, poiché aveva molta sete, ha bevuto dal calice avvelenato. Vengono interrogati anche Natalina e Pippo; la perpetua non ha nulla da nascondere ed è solo preoccupata del fatto che in giro ci sia qualcuno che vuole assassinare don Matteo, ma il sagrestano, anche lui preoccupato, mente al maresciallo Cecchini dicendo di aver chiuso a chiave l'armadietto che conteneva il calice avvelenato. In realtà, quella sera in televisione c'era la partita del Perugia, e Pippo, che non voleva perdere il calcio d'inizio, non aveva riordinato la sacrestia e aveva lasciato l'armadietto aperto.

Una sera, don Matteo sta pregando in chiesa e qualcuno entra e spegne la luce. Il prete capisce che si tratta dell'assassino e afferra una candela, ma poi cerca di dialogare. Questa persona scappa via con la sua macchina. Il principale sospettato adesso è un uomo appena uscito di prigione, che era stato arrestato da Cecchini con l'assistenza spirituale di don Matteo. Il sacerdote lo va a trovare e capisce che è innocente, poi prende la bicicletta per tornare a casa ma qualcuno gli spara. Don Matteo viene ricoverato d'urgenza in ospedale.

Siamo all'inizio di febbraio: Natalina è andata alla parrocchia Santa Rosaria di Pompei e adesso sta tornando a Gubbio in treno. Arrivata alla stazione, la perpetua non vede don Matteo e si ferma al bar, dove poggia la sua valigia. Proprio lì, vicino a lei, c'è Sabrina Giacci, una giovane modella che sta facendo una telefonata. Anche la ragazza ha poggiato a terra la sua valigia, che è identica a quella di Natalina. La ragazza dice al telefono di essere stanca e che quello è stato il suo ultimo viaggio. Nel frattempo arriva don Matteo, e Natalina prende per sbaglio la valigia di Sabrina. Quest'ultima, terminata la telefonata, non si accorge dello scambio e torna nel suo appartamento di Gubbio.

Il capitano Anceschi vorrebbe invitare Laura a cena per il giorno di San Valentino, ma non riesce a trovare le parole giuste. Quando la incontra in piazza, Anceschi si fa coraggio e inizia il suo discorso, ma arriva Ross Wilson, un imprenditore australiano a bordo del suo macchinone insieme alle guardie del corpo. Laura Respighi spiega al capitano che quell'uomo si trova a Gubbio perché ha intenzione di aprire un centro estetico. Wilson, senza fare tanti giri di parole, propone al sindaco di andare insieme a cena la sera del 14 febbraio, e Laura accetta. A questo punto Flavio se ne va senza nemmeno salutare.

I Carabinieri trovano il cadavere di Sabrina Giacci all'interno del suo appartamento: ci sono dei segni di colluttazione, e il medico legale conferma che si tratta di un brutale omicidio. La ragazza aveva una boutique di alta moda a Miami, e per questo motivo viaggiava spesso tra l'Italia e l'America. A Gubbio non aveva una buona reputazione. Il principale sospettato è Vito Annosi, ex-fidanzato della vittima, che qualche tempo prima era stato denunciato dalla giovane per molestie: lui non voleva accettare la fine della loro relazione. Sul luogo del delitto appare subito strano il contenuto della valigia di Sabrina: gli abiti sono tutti fuori moda, inadatti ad una donna di giovane età e di una taglia più piccola rispetto a quella della vittima. È evidente che la ragazza aveva scambiato erroneamente la sua valigia con quella di un'altra persona.

A Gubbio si svolge una fiera enogastronomica a cui partecipa anche una scolaresca del liceo guidata dal professor Ridolfi. Nella classe c'è una nuova allieva, che si chiama Emilia e viene dall'Inghilterra. La ragazza dice a Don Matteo di nutrire una profonda ammirazione per l'insegnante Ridolfi, ma di non trovarsi per niente bene con la nuova classe del liceo.

Qualche minuto dopo, Emilia si trova al piano superiore dell'edificio dove si svolge la fiera: qualcuno la stupra.

Il Sindaco Laura Respighi vuole che Gubbio ospiti i campionati di pattinaggio del 2006: in questo periodo, quindi, il palazzetto dello sport è riservato a due coppie che si devono allenare. Siccome Camilla vuole pattinare, don Matteo riesce ad ottenere il permesso per assistere agli allenamenti e pattinare dopo i campioni. Chiara Sereni inizia ad allenarsi ma cade e ferendosi finisce all'ospedale. Il capitano Anceschi coordina le indagini: qualcuno ha sabotato l'impianto di riscaldamento, facendo in modo che il ghiaccio diventasse troppo fragile. Il direttore del palasport mostra agli inquirenti una lettera minatoria ricevuta da Gianni Spera, ex-custode licenziato qualche tempo prima. Gianni Spera adesso lavora come scultore, e ammette di aver minacciato il suo ex-datore di lavoro, ma nega qualsiasi responsabilità dell'incidente avvenuto a Chiara Sereni.

Don Matteo conduce il programma Dite la vostra su Radio On The Road, un'emittente radiofonica privata di Gubbio. Al suo fianco c'è Paco, un giovane DJ che professa l'importanza della ribellione e dell'anticonformismo. Paco ha scoperto e lanciato i Crysis, un gruppo musicale molto apprezzato dagli adolescenti soprattutto per la canzone Voglio adesso. Anche Camilla e Patrizia sono fan dei Crysis e vogliono andare al concerto che si terrà in una discoteca. Il maresciallo Cecchini non vuole permettere a sua figlia di andarci, ma don Matteo gli fa notare che Patrizia ha sedici anni, ed è quindi giusto che vada a sentire la sua band preferita.

Quella sera, il prete si trova in canonica e ascolta Radio On The Road: Paco sta conducendo il suo programma, ma si sente un colpo di pistola. È un delitto in diretta. Gli ascoltatori di Radio On The Road chiamano subito i Carabinieri, e, mentre loro arrivano, il direttore dell'emittente scappa via con la sua auto e butta una pistola dal finestrino. Il colpo che ha ucciso Paco è di una pistola calibro 38.

Dopo cinque anni di lavoro ininterrotto, il capitano Anceschi ha deciso di prendersi una settimana di ferie. Va quindi dal barbiere e lì incontra don Matteo, che nota una cosa strana: il nuovo assistente del barbiere ripone in un fazzoletto i capelli di Anceschi. Quest'ultimo, appena uscito dal negozio, vorrebbe subito andare con la sua automobile all'agriturismo in cui ha prenotato una stanza, ma c'è una Alfa Romeo blu 156 parcheggiata dietro la sua Mazda Tribut, che ostruisce il passaggio. Flavio suona il clacson sperando che il proprietario venga a spostare l'auto, ma non si fa vivo nessuno e quella macchina non è chiusa. Anceschi decide quindi di spostarla lui stesso.

Poco dopo, Simeoni, un collaboratore di giustizia, esce dal carcere perché ha ottenuto la semilibertà: due malavitosi lo uccidono investendolo con la stessa Alfa Romeo blu che impediva ad Anceschi di partire. Il capitano, arrivato all'agriturismo, sente che qualcuno sta ascoltando della musica dance ad alto volume: un po' scocciato, va a protestare, e a rispondergli è proprio il sindaco di Gubbio Laura Respighi, che ha affittato una stanza in quello stesso agriturismo. Sembra quasi un segno del destino. Anceschi è timido e impacciato, Laura lo invita a cena e i due si scambiano il loro primo bacio. È evidente che Laura ricambia il sentimento di amore che Flavio prova per lei.

I Carabinieri intanto avviano le indagini sulla morte di Simeoni, ed escludono subito che possa trattarsi di un incidente, perché l'auto che lo ha investito è stata ritrovata a poca distanza dal luogo del delitto. Il reparto delle investigazioni scientifiche ha il compito di analizzare le impronte e i capelli trovati nell'Alfa Romeo blu. Il maresciallo Cecchini trova addosso a Simeoni il numero di cellulare del capitano Anceschi. Per spiegare che legame c'è tra un ufficiale dei Carabinieri e un delinquente che aveva da poco iniziato a collaborare con la giustizia, bisogna ricordare ciò che avvenne nel 1993. Emanuele Anceschi, il papà di Flavio, era un commerciante onesto, ma una banda di criminali gli aveva imposto di pagare il pizzo: lui si era rifiutato, e aveva un appuntamento con Simeoni, un membro di quella banda. Simeoni lo aveva ucciso senza esitazione sparandogli da distanza ravvicinata. Il colonnello De Andreis, appena saputo del delitto Simeoni e delle strana coincidenza della vacanza di Anceschi, arriva subito a Gubbio e chiede al maresciallo Cecchini di svolgere un'indagine impeccabile ma soprattutto riservata, perché gli assassini di Simeoni hanno evidentemente architettato un piano per mandare in prigione il capitano Anceschi, che di recente aveva avuto un colloquio in carcere con Simeoni.

Camilla frequenta le elementari nell'istituto d'istruzione di Gubbio che è sia scuola elementare sia scuola media. Una settimana prima del suo compleanno, Camilla decide di invitare, oltre ai suoi compagni di classe, anche due ragazzine delle medie: Assuntina Cecchini, figlia di Caterina e del maresciallo, e Lucia, figlia di Elena e Gianni Matteucci, un uomo che ha da poco aperto una sartoria insieme alla moglie Elena. Assuntina è l'unica amica della nuova arrivata Lucia. Natalina si rivolge proprio a Gianni Matteucci per riparare un vestito, ma si accorge che l'uomo è totalmente incapace a svolgere l'attività di sarto. Poco dopo, Elena e Gianni si incontrano nella chiesa San Giovanni con il maresciallo Cecchini e il capitano Anceschi. Dal breve dialogo si capisce che i due coniugi si trovano a Gubbio con delle false identità, che la sartoria serve solo come copertura perché Gianni Matteucci è il super-testimone di un processo contro una pericolosa e spietata organizzazione criminale che si svolgerà tra pochi giorni a Perugia.

La narrazione si sposta ora nella scuola: è lunedì mattina, un'insegnante esce dalla classe per richiamare Lucia e Assuntina che sono andate in bagno, ma non le trova. La professoressa chiede alle bidelle se hanno visto le due bambine, e loro rispondono di no; decide quindi di informare subito la preside, la quale chiama immediatamente i Carabinieri. I genitori di entrambe le piccole sono sconvolti dalla notizia che qualcuno ha rapito le loro figlie; Lucia Metteucci si era sentita male e aveva chiesto di andare in bagno, e Assuntina Cecchini aveva chiesto di accompagnarla. Delle due si sono perse le tracce. L'entrata principale dell'edificio scolastico è stata regolarmente sorvegliata, ed è quindi impossibile che i rapitori siano passati da lì. L'appuntato Linetti scopre che il cancello secondario, che di solito è chiuso, è stato forzato. Non ci sono dubbi, quindi, sul fatto che sia stata quell'organizzazione criminale a rapire le due bambine per costringere Matteucci a non parlare al processo. Il capitano Anceschi interroga le persone presenti sul luogo del rapimento: la preside era nel suo ufficio a parlare con i genitori di un alunno, nessuno dei bidelli sorvegliava il cancello secondario perché era chiuso, ogni insegnante era nella propria classe a fare lezione, e il giardiniere si trovava nel capanno per telefonare al ferramenta. Nessuna testimonianza è quindi utile per capire dove possano essere finite le bambine. Qualche ora dopo, Gianni Matteucci, che non è un pentito ma il fratello di una vittima di questa organizzazione, riceve una telefonata da una cabina telefonica: un malavitoso gli dice che se lui non terrà la bocca chiusa al processo, entrambe le bambine verranno uccise.

Don Matteo, il maresciallo Cecchini, il capitano Anceschi, Natalina, l'appuntato Linetti, Camilla, Pippo e molte altre persone residenti a Gubbio assistono alla celebrazione del trentesimo anniversario della morte del conte Baggini de Garboli, cittadino onorario del comune in provincia di Perugia. Il Sindaco Laura Respighi spiega che il conte era un imprenditore capace e onesto. Prende la parola anche Edoardo, il figlio del conte. Sembra a tutti strano il fatto che Ottavia, sorella di Edoardo, non sia ancora arrivata.

Qualcuno armato di pistola è entrato nella villa della famiglia Baggini de Garboli: Ottavia in quel momento si stava preparando.

La narrazione riprende venti minuti dopo: Glauco, ex-giardiniere dei Baggini de Garboli, chiama i Carabinieri dicendo che la contessa Ottavia è morta. Arrivati sul luogo del delitto, Anceschi nota subito che il ragazzo ha la maglia sporca di sangue. Il medico legale stabilisce che la vittima è morta con un solo colpo di pistola, ma l'arma del delitto non viene ritrovata. Poiché Glauco e Ottavia erano stati fidanzati e lui non accettava il fatto che lei lo aveva lasciato, il giovane viene arrestato con l'accusa di omicidio. Don Matteo va a trovarlo in carcere e capisce che il colpevole non può essere lui.

Edoardo assiste alla lettura del testamento, e viene fuori che ad Ottavia era rimasto pochissimo denaro. Un'altra sospettata è la commercialista della vittima, che aveva libero accesso ai conti bancari. Una foto scattata dalla Polizia Stradale incastra il vero colpevole: è un killer professionista.

Nella canonica di don Matteo si tiene una cena in onore di Giulia Baldeschi, una nota cantante lirica. Partecipano anche Anceschi e Cecchini con la sua famiglia. Patrizia scatta delle foto con il suo nuovo telefonino, e Anceschi, da sempre appassionato di musica lirica, chiede un autografo alla Baldeschi. Terminata la cena, Giulia si mette in viaggio con la sua auto per tornare a Roma, ma ha un incidente molto grave e finisce in coma. Dagli esami risulta che la Baldeschi ha ingerito una dose sproporzionata di sonnifero: qualcuno lo ha messo nella spremuta di arancia che la cantante aveva bevuto in canonica. I sospetti ricadono sulla sua assistente che si era da poco auto-licenziata dopo l'ennesimo litigio con la cantante. L'assistente sta per lasciare Gubbio, ma viene arrestata dai carabinieri. Dichiara di essere assolutamente innocente: Giulia è stata per lei come una seconda madre, e se litigavano spesso non era perché non si volessero bene, ma perché Giulia aveva un carattere snob e un po' arrogante.

Su una rivista scandalistica vengono pubblicate le foto del marito di Giulia che chiacchiera con una ragazza bionda: per gli appassionati di gossip non c'è alcun dubbio: l'uomo ha un'amante, e la frequenta anche ora che sua moglie è in coma. Indagando, i Carabinieri scoprono che il marito del soprano prelevava illegalmente dei soldi dal conto bancario di sua moglie, falsificandone la firma.

Una sera, due fuorilegge dell'Est Europa si recano a casa dei coniugi Gemma e Mario Marabini. Mario s'infuria e li minaccia con una pistola, ma uno dei due cerca di sottrargliela e per sbaglio spara un colpo che ferisce gravemente Mario. I due banditi scappano con la loro Mercedes, e vengono notati da un passante. Gemma chiama subito il 118, e Mario le chiede di non rivelare la verità alle forze dell'ordine, dicendo che è stata una rapina finita male. Cecchini e Anceschi capiscono subito che la signora Marabini non sta dicendo la verità. Mario è entrato in coma.

Don Matteo riceve la visita dei coniugi Lucia e Sergio Arnaldi, i quali dicono che Bruno, il loro figlioletto di otto anni, è scomparso: non è la prima volta che il piccolo scappa di casa, ma adesso è assente da troppe ore. Sergio Arnaldi non vuole chiamare i Carabinieri e chiede a don Matteo di aiutarlo a cercare suo figlio. Il prete non nega il suo aiuto, ma nota che i coniugi Arnaldi nascondono qualche cosa.

In questo periodo gli agenti della Polizia municipale di Gubbio stanno facendo molte multe ai carabinieri in servizio. Anceschi vuole risolvere questa situazione e protesta con Laura, la quale gli chiede di scrivere una lettera ufficiale al Comune. Così, al maresciallo Cecchini viene un'idea bizzarra: scrivere delle lettere d'amore a Laura facendole credere che Flavio sia il mittente; decide quindi di copiare quelle che aveva scritto diversi anni prima a Caterina.

Camilla va in piscina e incontra un bambino bisognoso d'aiuto: lo porta in canonica e lo nasconde in camera sua, portandogli del cibo preso dal frigorifero. Don Matteo non è riuscito a trovare Bruno, e convince Lucia Arnaldi a fare una regolare denuncia di scomparsa ai carabinieri. Natalina intanto si accorge che qualcuno ruba da qualche giorno il cibo, e accusa Pippo, il quale dice giustamente di non saperne nulla. Camilla nota che un uomo si apposta di sera davanti alla canonica, ed è decisa a non fare sapere a nessuno della presenza di quel bambino, ma Don Matteo lo viene a sapere e crede che quel bambino sia Bruno. I Carabinieri accompagnano subito i coniugi Arnaldi in canonica, ma quel bambino non è loro figlio.

Don Matteo, il capitano Flavio Anceschi e il sindaco Laura Respighi fanno parte della giuria di una gara tra pasticceri che si svolge in un hotel di Gubbio. Il presidente della giuria è l'industriale Bonanno, organizzatore della gara. La madrina della manifestazione dovrebbe essere Valentina Sasso, ex-fidanzata di Bonanno, ma, all'ultimo momento, l'uomo decide di sostituirla con la sua nuova fiamma, una giovane ragazza spagnola di nome Pilar. Un uomo inizia a gridare che la gara è truccata e che la giuria è stata corrotta per fare vincere Ignazio Cremona, uno dei pasticcieri più bravi d'Italia. Il maresciallo Cecchini fa subito allontanare questa persona dalla sala dove si svolge la gara. Ignazio Cremona, intanto, sta ultimando la torta che dovrà essere assaggiata dai giurati: il suo assistente è molto rispettoso e premuroso, ma lui lo tratta con freddezza. Cremona decide di non assaggiare il dolce come è solito fare; la sua torta è la prima in gara, e tocca al presidente della giuria provarla per primo. Bonanno prende la torta, la mangia ma si sente subito male e cade a terra. Cremona assaggia quel dolce e poi ha un malore anche lui. I Carabinieri sospendono subito la gara e chiamano il 118: per Bonanno non c'è niente da fare, è morto; Cremona invece entra in coma. Il reparto delle investigazioni scientifiche esamina la torta che ha causato la morte di un uomo e il coma di un altro: il dolce è stato avvelenato con un farmaco a base di stricnina. Si scopre che Valentina Sasso aveva spedito una lettera minatoria a Bonanno.

Natalina ha ricevuto in regalo un'auto d'epoca, ma non guida da quindici anni e quindi chiede aiuto a Laura.

Il titolare di una delle dieci aziende vinicole più importanti d'Italia viene assassinato nella sua cantina. Viene subito accusato del delitto un suo amico d'infanzia: il movente sarebbe che la vittima aveva ingiustamente licenziato la madre del sospettato, che lavorava per la sua famiglia come domestica. Sul luogo del delitto, il capitano Anceschi trova un fermaglio che appartiene al sindaco Laura Respighi, la donna di cui è perdutamente innamorato. Anceschi è sconvolto dal sospetto che Laura possa essere complice di un omicidio, ma conduce le indagini con la sua solita rigidità e inflessibilità, senza farsi condizionare dai sentimenti. Laura, che è amica sia della vittima sia del sospettato, dichiara la sua innocenza, ma il sospettato si è dato alla fuga. Anche don Matteo cerca di fare luce sul caso.

Linda è una dottoressa che, insieme al suo fidanzato, dirige "Casa Domani", un'associazione che si occupa dei bambini dislessici. A causa dei debiti, l'associazione rischia di chiudere: il creditore,l'ingegnere Zanca è un costruttore senza scrupoli, che ha rilevato la struttura per avviare un nuovo progetto imprenditoriale. Una mattina, l'uomo si reca da Linda per comunicarle che dovrà sgomberare l'edificio, ma la giovane non ha intenzione di interrompere questo servizio sociale. Quella sera, il costruttore viene ucciso a martellate. L'arma del delitto appartiene al fidanzato di Linda, che si dichiara innocente: si era recato nel cantiere della vittima per chiedergli di non sfrattarli, ma non lo ha ucciso. Le prove indiziarie sono tuttavia contro di lui e c'è anche il movente: così il ragazzo viene arrestato.

Nel frattempo, l'appartamento del capitano Anceschi si è allagato ed è diventato inagibile. Mentre l'idraulico esegue i lavori di riparazione, Flavio vorrebbe stare in albergo, ma nessuna stanza è libera perché a Gubbio si svolge il raduno nazionale degli allevatori di struzzi. Il maresciallo Cecchini propone quindi al suo superiore di venire a stare a casa sua fino a quando i lavori non saranno terminati. Il capitano dapprima teme di disturbare, ma Nino insiste e allora lui accetta.

Don Matteo è convinto che il fidanzato di Linda dice la verità, e cerca di scoprire chi sia il vero assassino. Nel bosco viene ritrovato il cadavere di uomo di cui non si conosce ancora l'identità. È evidente che il morto è stato trascinato lì, e quindi si pensa ad un secondo omicidio, ma il medico legale stabilisce che l'uomo è morto per cause naturali.

Pippo, desideroso di trovare la sua anima gemella, si rivolge all'agenzia matrimoniale "Cuori solitari" di proprietà di un certo Galanti. Nel frattempo, i Carabinieri di Gubbio cercando di scoprire l'identità di una ladra professionista soprannominata "primula rossa", che adesca gli uomini soli facendosi invitare a cena a casa loro per poi derubarli. Rossana lavora come cameriera per un uomo da poco separato, e una mattina, quando va da lui per prendere servizio, lo trova morto. La donna chiama subito i carabinieri, che, intervenuti sulla scena del delitto, suppongono si tratti di un tentativo di furto finito male. Su uno specchio dell'appartamento della vittima, infatti, c'è una X fatta con un rossetto, che è sempre stata la firma della primula rossa. Il tavolo era apparecchiato a lume di candela per due persone, e c'erano solo cibi per celiaci: è però certo che la vittima non era intollerante al glutine, quindi per esclusione l'intolleranza è della donna con cui la vittima aveva appuntamento.

Gubbio è colpita da un'epidemia di brucellosi: un cardiopatico padre di tre bambini muore, e altre quattro persone vengono ricoverate in ospedale; tra queste c'è anche il sindaco Laura Respighi. Il capitano Anceschi le dichiara il suo amore mentre lei delira. Il maresciallo Cecchini viene ospitato dal capitano perché la moglie Caterina ha invitato moltissimi parenti dalla Sicilia.

Quinto Belli si reca in caserma per denunciare un furto di bestiame: ritiene che il responsabile del furto sia Saverio Donini, suo arcinemico. Donini è vedovo, e odia Belli perché lo ritiene responsabile della morte di sua moglie; don Matteo va nel negozio di Donini e conosce la figlioletta, una simpatica bambina che ha qualche anno in meno rispetto a Camilla. I Carabinieri devono scoprire l'origine dell'epidemia.

Una donna va a confessarsi da don Matteo, gli dice di essere terrorizzata e gli chiede di custodire una cosa per lei. Il prete vorrebbe capire quale è il suo problema, ma lei scappa via immediatamente. Vicino al confessionale c'è un bellissimo neonato: ecco ciò che don Matteo deve custodire per quella persona.

Nel frattempo in caserma, il professore universitario Amedeo Mirti denuncia la scomparsa di sua moglie Elena: i due erano andati a portare a spasso il cane vicino al lago, poi lui si è allontanato per inseguire l'animale e lei è sparita. Il capitano Anceschi dà subito il via alle ricerche.

In canonica, don Matteo racconta a Natalina, Camilla e Pippo dell'incontro con una donna misteriosa che gli ha chiesto di tenere il piccolo senza dire niente a nessuno: ora dovranno impegnarsi per accudirlo, ma la cosa dovrà rimanere tra loro quattro.

Nel lago viene ritrovato il cadavere di una donna bionda di circa trent'anni: Amedeo Mirti riconosce che il corpo è di sua moglie Elena. I due coniugi erano sposati da dieci anni e non avevano rapporti con i parenti; a causa di alcuni investimenti sbagliati, lui aveva contratto dei debiti molto alti.

Suor Amelia è una religiosa amica di don Matteo, nativa dell'Umbria e missionaria da venti anni in Africa. Ora è tornata a Gubbio per risolvere una questione burocratica legata a un centro di accoglienza per anziani: l'anziano proprietario del terreno è morto, e il figlio pretende di chiudere il centro. Ma suor Amelia è in possesso di un documento in cui il precedente proprietario cede a tempo indeterminato il terreno alle suore. La religiosa va in caserma a sporgere denuncia, ma non ha il documento a portata di mano, e quindi non può dimostrare la verità. Quella sera, Roberta, la figlia del fratello di suor Amelia, trova il documento, e quando sua zia torna a casa, glielo dice sulla soglia della porta. La suora è contenta e vuole subito andare dai Carabinieri, ma qualcuno, con la complicità del buio, le spara tre colpi di pistola. Suor Amelia viene portata in ospedale, dove i medici le salvano la vita.

Un violinista molto famoso è arrivato a Gubbio per un concerto, e Laura sembra mostrargli interesse e apprezzamento. Il capitano Anceschi è geloso ma non riesce a dichiararsi.

La prima sospettata per il tentato omicidio è la signora Cicogna, moglie di un ricco imprenditore di origini siciliane: un testimone l'ha vista vicino a casa di Roberta. Un altro indiziato è un uomo che qualche anno prima era fidanzato con una sua coetanea, che però decise di prendere i voti grazie anche all'incoraggiamento di suor Amelia. Dopo la risoluzione del caso, la stagione si conclude con il fidanzamento di Flavio e Laura, e con don Matteo che strizza l'occhio ai telespettatori.

Una scrittrice arrivata in città per presentare il suo ultimo lavoro viene uccisa nella sua abitazione che ospita giovani letterati. Uno di questi è sospettato dell'omicidio perché si pensa che la donna gli abbia rubato l'idea. Intanto Don Matteo accoglie nella sua canonica il piccolo Tommaso.

Il capitano Anceschi si ingelosisce dopo che una cartomante predice per Laura un nuovo amore all'orizzonte. Quando però la stessa cartomante viene trovata morta in circostanze misteriose, Don Matteo indaga per scoprire che cosa sia successo.

Una donna viene trovata in fin di vita nei camerini del teatro durante un concerto di musica classica. Tutti gli occhi sono puntati su un musicista che in passato aveva avuto una relazione sentimentale con la donna. Intanto Cecchini si esercita per partecipare a un quiz musicale in tv.

Il furto di un quadro impressionista di grande valore fa sospettare una truffa ai danni dell'assicurazione escogitata dal proprietario dell'opera, che versa in gravi condizioni finanziarie. Nel frattempo, Laura e Anceschi sembrano attraversare un periodo di crisi.

Il professor Quistelli,enigmista molto noto in città,viene trovato morto sulla sua carrozzella. L'uomo era malato da tempo e si sospetta che la sua infermiera abbia praticato l'eutanasia. La donna inoltre era stata in passato legata sentimentalmente al capitano Anceschi, che si trova in una difficile situazione.

I Carabinieri sono impegnati nelle indagini sul ritrovamento nel lago di una macchina con targa inglese al cui interno c'è uno scheletro. Don Matteo invece è preso dalle sue personali indagini sulla scomparsa di un giardiniere, mentre Natalina va alla caccia dei ladri della sua auto.

Il proprietario di una gioielleria uccide un pregiudicato durante un tentativo di rapina al suo negozio. I Carabinieri sono costretti ad arrestare l'uomo, ma i colleghi commercianti protestano contro questa decisione. Sul caso farà luce Don Matteo.

Cecchini è in ferie e vuol decidere dove andare in vacanza. Una mattina investe, per errore, un bambino che viene quindi ricoverato in ospedale. Il Maresciallo per rimediare si trova a fare il "medico del sorriso" in corsia. Proprio all'ospedale una dottoressa viene spinta giù da un ballatoio: Don Matteo indaga sul caso.

Durante una battuta di caccia, un avvocato viene trovato senza vita nel bosco. I principali sospetti si concentrano sulla segretaria, che si pensa possa aver avuto una relazione segreta con l'uomo. Intanto Laura decide di sospendere l'attività di caccia, ma i cacciatori sono pronti a protestare.

Una domenica come tante, il capitano Anceschi si trova in una sala scommesse, camuffato per non farsi riconoscere. A un certo punto arriva Natalina, che lo riconosce, lui nega, ma qualcun altro di nascosto ha capito che vuole nascondersi; quindi all'uscita li rapisce. Poco dopo viene ritrovata la Mazda 6 blu di Anceschi bruciata, il che fa pensare che qualcuno ce l'abbia con lui. Don Matteo, Cecchini, Laura e gli altri sono preoccupatissimi, ma alla fine riusciranno a far luce sul caso e a liberare gli amici.

Un vecchio amico di Don Matteo, un ragazzo di strada, è da poco arrivato a Gubbio per andare a lavorare in una fabbrica che è gestita da ex-detenuti. Pochi giorni dopo, tuttavia, il direttore della fabbrica viene trovato ucciso. Don Matteo cerca di far chiarezza sulla situazione.

L'Amministratore Delegato di un'azienda produttrice di ceramiche viene ucciso. Si pensa che il colpevole sia il socio in affari, visto che poco prima i due sono stati protagonisti di un violento litigio. Intanto, Anceschi e Laura devono affrontare le rispettive suocere.

Durante i preparativi del ballo delle debuttanti di Gubbio, una sarta viene uccisa. I Carabinieri pensano sia stata la madre di una delle ragazze partecipanti, che era stata sorpresa mentre rubava. Nel frattempo in caserma tutti cercano di imparare a ballare grazie al maestro Cecchini.

Cecchini decide di mettersi a dieta per riuscire a entrare nell'alta uniforme del matrimonio, in occasione del 25º anniversario di matrimonio. Tuttavia, proprio in questa circostanza, il Maresciallo è vittima di un terrorista che contamina con l'arsenico le bottiglie di acqua naturale Basia dei supermercati. Qualche giorno dopo il commendator Basia, proprietario dell'omonima acqua, viene ritrovato morto avvelenato da una bottiglia contaminata con dell'arsenico. Si scoprirà, però, che l'avvelenatore del commendator Basia, non è lo stesso che avvelena le bottiglie dei supermercati.

Don Matteo ritrova una neonata abbandonata e in fin di vita. Dopo essere riuscito a salvarle la vita, il parroco cerca di scoprire chi abbia abbandonato la propria figlia e sospetta si tratti di una donna rumena che non aveva le possibilità di mantenerla.

Cristina Tabacci, proprietaria di un'impresa edile viene trovata in fin di vita in uno dei suoi cantieri. Trovare il colpevole non è facile, visto che la donna aveva truffato molte persone in città. Nel frattempo Natalina decide di regalarsi un soggiorno in una beauty farm.

Anceschi viene trovato in fin di vita sulla riva di un fiume accanto al cadavere di un imprenditore che lavorava in un oleificio della zona. In seguito al trauma subito, il Capitano ha anche cambiato personalità. Don Matteo è impegnato nel difficile compito di risolvere il caso e aiutare l'amico a ritrovare se stesso.

Due giovani futuri sposi sono costretti a rivedere i loro piani, quando la zia della sposa viene trovata morta nella sua lavanderia, proprio la mattina in cui sono state fissate le nozze. Inoltre, la parrocchia è in fermento per via di tre frati ospiti e per Natalina che ha perso i suoi risparmi. Uno dei tre frati nasconde un pericoloso segreto.

Una giovane ballerina dal futuro promettente viene investita da un'automobile mentre si trova alla guida del suo motorino. I sospetti si concentrano su una sua amica che era invidiosa del suo successo. Intanto, Laura è costretta a tornare a ballare e prende lezioni da Natalina.

Il proprietario di un maneggio viene ucciso all'interno di una stalla. L'omicidio sembra essere collegato anche al furto di un cavallo e, per questo motivo, viene sospettato un fantino che più volte aveva rivendicato la proprietà dell'animale.

L'insegnante del liceo artistico di Gubbio viene ucciso in una galleria d'arte. Si cerca di trovare il colpevole e il principale sospettato è il padre di un'alunna della vittima che aveva accusato il professore di plagiare proprio la figlia.

È in corso la campagna elettorale. Una giornalista viene trovata senza vita e le accuse ricadono su Giovanni Fiorentini, collaboratore di Laura, il sindaco in carica. Anceschi deve indagare sul caso ma rischia di danneggiare la sua compagna, proprio quando si era deciso a chiederle la mano.

Un metronotte viene ferito durante una rapina all'ufficio postale e versa in gravi condizioni. Le indagini dei Carabinieri cercano di scoprire chi abbia aiutato i criminali ad eludere i sistemi di sicurezza. Nel frattempo, Laura e Anceschi sono alle prese coi preparativi delle nozze. Alla fine il sindaco e il capitano si sposano.

Don Matteo si trova sul treno che lo sta portando lontano da Gubbio quando scopre che un barbone è stato pugnalato nel bagno. Dopo questo fattaccio Don Matteo scende e risolve il caso prima di partire. Il primo sospettato è un ultras, che aveva minacciato il barbone per via di una bella macchina fotografica che portava al collo. Intanto, Natalina rincontra un amico di gioventù. La serie si conclude con: la risoluzione del caso, la partenza di Laura e Flavio in viaggio di nozze a Venezia e la partenza di Don Matteo per una missione in Amazzonia, che durerà tre anni.