Don Matteo ed il vescovo si ritrovano all'Aero Club di Gubbio per un lancio con il paracadute in ricordo dei “vecchi tempi”. Dopo il salto dall'elicottero, però, qualcosa va storto e Monsignor Benelli sparisce nel vuoto e ancora vivo. Il capitano Tommasi incontra alla stazione Patrizia Cecchini, la figlia del maresciallo, appena rientrata da un anno di studi a Barcellona, pronta ad inseguire nuovi sogni e progetti. Intanto la canonica si prepara ad accogliere un nuovo piccolo ospite.

Don Matteo è il nuovo insegnante di religione del Liceo Scientifico di Gubbio. Nel suo primo giorno si troverà ad affrontare i “turbolenti” ragazzi della V B ed in particolare Daniele, principale indiziato per la recente aggressione alla prof. d'italiano. Intanto si avvicina l'attesissimo incontro di boxe tra la caserma di Gubbio e quella di Perugia. Il campione eugubino è fuori gioco a causa di un infortunio, ma il maresciallo Cecchini ha già in mente un degno sostituto.

Il proprietario di una grande azienda di allevamento di bestiame viene ritrovato senza vita in fondo ad un dirupo. I segni sul cadavere sono la prova dell'aggressione di un orso. Solo l'intuizione di Don Matteo porterà i carabinieri sulla pista giusta. Intanto il maresciallo presta la sua preziosissima utilitaria al Capitano per andare a prendere Amanda all'aeroporto, ma sulla via del ritorno si verifica un piccolo incidente che si pensa abbia a che fare, almeno all'inizio, con l'omicidio.

In canonica si presenta una ragazza che ha perso la memoria, ma che ha il maglione macchiato di sangue. Non sapendo come chiamarla Agostino decide che si chiamerà Celeste come il colore del suo ciondolo. I carabinieri scopriranno che si tratta di una ragazza straniera fidanzata con un rampollo che però è anche uno spacciatore di cocaina. Celeste è incinta e per proteggerla, il padre del suo bambino non si scagiona dalle accuse fattegli nel momento in cui viene ritrovato in una scarpata il corpo del fidanzato di Celeste, la quale viene a conoscenza del fatto di essere una prostituta. L'episodio si conclude con la completa assoluzione di Celeste in quanto si scopre che è stata legittima difesa. Nel frattempo in caserma arriva un poliziotto americano amico del Capitano Tommasi, che farà perdere le staffe a tutti, tant'è che Giulio esprimerà apertamente la stima e l'affetto che nutre nei confronti di Cecchini.

Un ragazzo disabile è preso di mira dai bulli della scuola. Il "capo" del gruppo viene ritrovato il giorno dopo privo di sensi. Tutto fa pensare ad una vendetta, ma l'intuizione di Don Matteo porterà a galla la verità. Intanto Cecchini e Tommasi sono alle prese con l'arrivo improvviso di Gaia, la ex fidanzata del capitano, da tenere nascosta ad Amanda, naturalmente.

Al liceo di Gubbio si svolgono le Olimpiadi di matematica. Il Prof. Martinoni, promotore dell'evento, viene trovato morto nella sua stanza d'albergo. I sospetti ricadono su Enrico, uno dei ragazzi della casa famiglia di Suor Maria, che dovrà chiedere l'aiuto di Don Matteo per provarne l'innocenza. Intanto la Signora Cecchini decide di partecipare all'imminente torneo di scopone senza il marito. Ha trovato un nuovo compagno con il quale è sicura di vincere. Ma il maresciallo non si arrende.

È tempo di visite per suor Maria: un suo ex fidanzato si presenta a Gubbio e le chiede di ospitarlo per qualche tempo in convento. Proprio in quei giorni Angelica, una delle novizie, viene trovata in fin di vita a causa di un brutto colpo alla testa ed uno dei quadri conservati nel deposito sparisce misteriosamente. Intanto il maresciallo ed il capitano si iscrivono ad un corso di spagnolo per scoprire, il primo giorno di lezione, che la loro insegnante sarà proprio Patrizia Cecchini.

Il bar tabaccheria della famiglia Carrani viene rapinato. Il maresciallo Cecchini avvia subito le indagini, ma è distratto dall'arrivo in città di Cosimo Bordin, un trentenne friulano di Paularo, che sostiene di essere suo figlio... Il quadro, tra rapine, strozzini e debiti di gioco, non è semplice ma don Matteo affianca i carabinieri determinato a far emergere la verità. Mentre deve vedersela anche con Agostino convinto che tutti gli abitanti della canonica siano dei supereroi!

L'arrivo di un vecchio amico di Tommasi, Luca, risveglia lo spirito goliardico del capitano e solleva le gelosie del maresciallo, che si sente messo da parte. A Don Matteo toccherà consolare Cecchini e far luce sulle indagini per l'aggressione di un ufficiale dell'esercito. Intanto Patrizia decide di andare a vivere da sola. L'appartamento che ha trovato, però, ha bisogno di qualche ritocchino. Sarà il capitano Tommasi ad aiutarla, con la promessa di tenere il maresciallo all'oscuro di tutto.

Ad un'asta, viene comprato un prezioso quadro di 30 000 euro legato a una macabra leggenda. Il vincitore dell'asta, viene trovato morto. Si pensa subito che sia stata una maledizione, dovuta a quel quadro che se si toccava si moriva il 30 di quel mese. Don Matteo vuole vederci chiaro e scopre che il gestore della Locanda del Cervo aveva molti debiti con degli strozzini. Nel frattempo Giulio e Patrizia rimangono bloccati alla Locanda del Cervo a causa di un temporale e di un guasto all'automobile. Complice una cenetta a lume di candela e qualche bicchiere di troppo, Giulio regala una rosa a Patrizia, i due sono costretti a passare la notte nella stessa camera senza sapere che proprio della stanza attigua si trovano Cecchini con Don Matteo che tenta di aiutare il Maresciallo a superare una stupida superstizione che a che fare con il quadro, che la vittima aveva comprato.

Una donna è scomparsa e tutto fa pensare a un incidente d'auto. A don Matteo però non è sfuggito un dettaglio, infatti quando Natalina porta Billo a fare una passeggiata nelle vicinanze del luogo dell'incidente trova un anello, don Matteo guarda l'anello per vedere la data e il nome degli sposi, quindi si scoprirà chi è la donna scomparsa. Intanto Amanda fa ordine tra le cose del capitano con l'aiuto del maresciallo. I due buttano accidentalmente un "vecchio" guantone di boxe a cui Tommasi tiene particolarmente.

Gubbio ospita un noto show sul West nel quale è coinvolto anche un ex fidanzato di Amanda. Durante lo Show, "Toro Seduto", che era il protagonista dello show, cade dal Cavallo e sbatte la testa su una pietra che lo uccide. Si noterà che i lacci di sicurezza della sella sono stati tagliati apposta e verrà indagata la ragazza che si occupava di sellare i Cavalli.

Prima dello scontro decisivo tra la squadra del Rugby Gubbio e gli avversari scozzesi, il capitano eugubino viene aggredito in circostanze misteriose. Quando i sospetti ricandono su Sauro, l'allenatore del Gubbio, Don Matteo viene chiamato a sostituirlo. Intanto Patrizia riceve un mazzo di rose da un ammiratore segreto ed il maresciallo crede di averne intuito la provenienza.

Una donna, dopo aver affidato sua figlia a Suor Maria per qualche ora, viene trovata morta all'angolo di una strada. Riuscirà don Matteo a trovare il vero colpevole e dare una nuova famiglia alla piccola? Intanto Natalina fa credere ad un'amica di essere sposata con il capitano Tommasi, naturalmente all'insaputa dell'interessato.

Il castello dei marchesi Sanza è teatro di un omicidio che, secondo i Carabinieri, potrà rivelarsi il seguito di un tentativo di furto finito male. Don Matteo però non ne è troppo convinto. Intanto in caserma fervono i preparativi per il ballo dell'Arma a cui dovrà partecipare anche il capitano Tommasi. C'è un problema però: Amanda, che dovrebbe essere l'accompagnatrice al ballo, si trova a Tokyo per lavoro; il suo posto lo prende Patrizia.

A Gubbio, durante la celebre Corsa dei Ceri, avviene un omicidio. I carabinieri si mettono subito sulle tracce dell'assassino ma le indagini sono ostacolate dalla presenza in caserma del colonnello Di Giovanni, che si dimostra fin dal principio maschilista e molto pignolo, scatenando l'ira di Amanda e Caterina.

Al fiume, viene trovato dentro un'auto il cadavere di un ragazzo che era uscito dal carcere poche ore prima. Intanto, per il Maresciallo Cecchini è finalmente giunta la promozione dopo aver salvato una ragazza dalle fiamme, ma in realtà non è andata veramente così.

Dentro un appartamento, viene trovato il corpo di un medico originario di Gubbio che era tornato dopo tanti anni. Perché era tornato a Gubbio? Susi, la preside del Liceo Scientifico di Gubbio, è sospettata dell'omicidio, perché è stata trovata dentro l'appartamento del medico addormentata sul divano. Intanto, Amanda impone al Capitano Tommasi di richiedere di trasferirsi a Roma, altrimenti lei lo lascerà.

A Gubbio si tiene il concorso di "Miss Umbria" e Natalina fa parte della giuria. Ma anche don Matteo viene coinvolto nel mondo delle miss in seguito alla misteriosa morte di una delle concorrenti. Dopo aver lasciato Amanda, Tommasi si scopre sempre più innamorato di Patrizia. Cecchini, invece, è convinto che il capitano sia innamorato della nuova ausiliaria della caserma.

Determinato a riportarla con sé a Barcellona, arriva a Gubbio, Julio, l'ex fidanzato di Patrizia, la figlia di Cecchini. Il maresciallo farà di tutto per evitare che questo accada, con la complicità, non proprio disinteressata, del capitano Tommasi. Intanto a Gubbio c'è il concorso internazionale di tango, ma il vincitore annunciato viene trovato morto nella palestra dell'oratorio dove si trovava per le prove dello spettacolo. Il capitano Tommasi e il maresciallo Cecchini tentano in tutti i modi di ostacolare le intenzioni di Julio. Intanto il giorno della gara di tango mentre Julio se ne va Patrizia e il capitano Tommasi si baciano e da li nasce un nuovo amore nella fiction.

Torna a Gubbio la madre del piccolo Agostino. La donna, accusata del tentato omicidio di un trafficante d'armi, è ospite della canonica, ma chiede a don Matteo di non rivelare la sua identità al bambino, suscitando la disapprovazione di Natalina. Intanto l'amore tra Patrizia e Tommasi cresce e i due cominciano a frequentarsi, tentando però di tenere il maresciallo all'oscuro di tutto.

Il paese sulle colline umbre fa da sfondo alle riprese del centesimo episodio di una soap di successo. Qualcosa però ne interromperà presto le registrazioni: viene infatti ucciso uno dei protagonisti dello show in circostanze misteriose. Nel frattempo il capitano Tommasi e Patrizia devono decidere come rivelare il loro amore: quale modo migliore di una cena?

Natalina è testimone involontaria dell'omicidio di un pizzaiolo, amico di Don Matteo. I Carabinieri decidono di metterla sotto copertura. Intanto Amanda torna a Gubbio decisa a riconquistare il cuore del Capitano. Dopo lo shock della notizia del fidanzamento di sua figlia Patrizia con il Capitano Tommasi, Cecchini decide di cogliere la palla al balzo diventando complice dell'ex fidanzata di Tommasi.