**November 2, 2001** Harm defends a Marine who says he was obeying verbal orders when his violation of the rules of engagement led six soldiers to their deaths in a ambush.

Mac dimostra ancora una volta i suoi poteri medianici, ha una visione e ritrova il cadavere di un ufficiale assassinata, che si occupa di testate nucleari russe, su cui inizia ad indagare. Rebb torna su una portaerei di vecchia frequentazione per indagare su un incidente accaduto per una scarica elettrostatica generatasi su un elicottero. Mac confessa a Sturgis di essere innamorata di Harm.

Harm and Mac are sent to Saudi Arabia to defend a female U.S. Naval pilot who refuses to follow the local laws and wear traditional Saudi dress and veils. Lt. Joanne Donato's outspoken refusal to be escorted by males in public and to wear proper attire causes a strain on relations between a U.S. base commander and a local Muslim cleric. It also causes Mac to feel that the lieutenant is simply being a bad soldier and disobeying orders - that is until Mac is forced to abide by the policies herself. Meanwhile, Commander Turner and Rep. Bobbi Latham have a rocky first date, making the possibility of a second seem remote until Harriet and Bud come to the rescue.

Adm. Chegwidden agrees to help the White House with an event honoring Medal of Honor recipients, but only if he can investigate the case of a vet who was dropped from the list because of a shoplifting arrest. Meanwhile, Mac and Harm look into a fire aboard a destroyer.

In 1944, in the midst of World War II, a disastrous explosion rocked the U.S. Navy's Port Chicago near San Francisco, killing more than 350 sailors, most of them African-Americans. Following the blast, a group of 50 sailors refused to return to work until changes were made to assure their safety. They were charged with mutiny and court martialed, but later their convictions were reversed. Now, a surviving sailor wants his record and those of all the other ""mutineers"" cleared. Asked to handle the investigation discreetly, Cmdr. Turner discovers that an injustice was done and goes head-to-head with Lt. Singer in the courtroom. Meanwhile, Harm goes house shopping with Lt. Sims.

Harm is ordered to defend a plane-maintenance officer who he believes is guilty of making an error that caused the death of an aviator. Meanwhile, Harriet unintentionally impedes Bud's rehab when she insists he rest at home.

Harm doesn't have much hope in his defense of a two-star general court-martialed for disobedience and reckless endangerment during a wargame. His job is made more complicated when, in a rare move, Mac is appointed as the judge.

Questo episodio è la prima parte del backdoor pilot di NCIS - Unità anticrimine. Il cadavere del tenente Loren Singer, assente da tre mesi dopo aver lasciato il JAG e incinta, viene rinvenuto su un albero vicino alla riva del Potomac. Si occupa delle indagini il Major Case Response Team dell'NCIS, squadra comandata dall'agente speciale Leroy Jethro Gibbs e formata dagli agenti Antony DiNozzo e Vivian Blackadder[1]. Si scopre che la Singer era stata uccisa alcuni mesi prima, battendo la testa sulla ringhiera di un ponte a seguito di una colluttazione e venendo gettata nel fiume, ma il corpo si era conservato a lungo essendo rimasto intrappolato nel ghiaccio invernale del Potomac. Gibbs è inoltre sotto pressione in quanto il direttore dell'NCIS vuole che si liberi quanto prima del caso per occuparsi dell'interrogatorio di Amad Bin Atwad, un terrorista catturato in Europa mentre pianificava un attacco alla marina. La squadra di Gibbs scopre che il fratellastro del capitano Harmon Rabb, il sergente Sergei Zhukov dell'esercito russo, era in relazione con la vittima, per cui sospetta che lei attendesse un figlio da Zhukov e che sia stato Rabb ad ucciderla. Quest'ultimo è poco collaborativo e quando la squadra scopre che Rabb e la Singer si erano incontrati in un pub e avevano litigato poco prima dell'omicidio, il capitano viene arrestato.

Questo episodio è la seconda parte del backdoor pilot di NCIS - Unità anticrimine. Il processo contro il capitano Rabb ha inizio, e questi viene difeso dal tenente Faith Coleman. Nonostante la comparsa di una nuova prova, quando viene trovato in riva al fiume il cappello di Rabb, Gibbs è sempre meno convinto che questi sia colpevole, e lo ammette anche durante il processo. Le analisi di laboratorio rivelano che il cappello era una falsa prova di depistaggio; la squadra scopre che Rabb era innocente ed era stato il comandante Theodore Lindsey, per motivi passionali, a uccidere la Singer cercando poi di incastrare Rabb. Risolto il caso, Gibbs si reca a bordo della Chattanooga per interrogare Bin Atwad. Invitandolo a pranzo e parlando di questioni apparentemente banali, Gibbs riesce a carpire alcune informazioni sui suoi ultimi movimenti in Francia, che permettono di individuare la cellula terroristica. La squadra di Gibbs si reca in incognito nei pressi della nave usata dai terroristi come base, individuando il terrorista ricercato Hussan Mohammed. Una esitazione di Blackadder mette in allarme i terroristi e dà il via ad uno scontro a fuoco, nel quale gli attentatori vengono uccisi dagli agenti dell'NCIS.

Members of the "JAG" staff are "helped" along to discover their true inner feelings while celebrating Jennifer Coates promotion to Petty Officer 1st Class.

The car belonging to a Navy Commander assigned to a Bio-Weapons Defense Laboratory is found abandoned on a bridge across the Potomac River. Harm & Mac work with FBI agents in the investigation.

A Navy psychiatrist in Afghanistan is accused of malpractice and a age discrimination suit are the cases assigned to Harm, Mac & Bud.