Un gruppo di terroristi noti come I Difensori ruba la dichiarazione d'indipendenza, toccherà al JAG, aiutato dal maggiore Mackenzie ritrovarla.

Un marine fugge da un penitenziario di massima sicurezza e prende in ostaggio l'ammiraglio Chegwidden, dichiarando la propria innocenza.

Ripetuti incidenti su degli F14 convincono i piloti della squadriglia di essere vittime del malocchio e che uno di loro in particolare è maledetto e pericoloso per gli altri. Harm dovrà sconfiggere le superstizioni per avere la meglio.

Harm e Mac si scontrano in aula per decidere se un SEAL è colpevole dell'omicidio di un suo compagno.

Harm, Mac e Bud a bordo della Seahawk dovranno investigare su un caso di molestie sessuali.

Il rapimento del figlio di un'ufficiale della marina avuto da un leader dell'IRA costringerà Harm e Mac ad andare in Inghilterra per ritorvarlo.

Un ex compagno Navy SEAL dell'Ammiraglio torna apparentemente dal passato per tentare di ucciderlo. Il problema è che doveva essere morto.

A seguito di un problema con il biplano di Harm dove sta volando con Mac, devono tentare un atterraggio di fortuna sui monti Appalachi. Ma non sono da soli.

Durante una black op in Sud America, non autorizzata dal governo locale, un marine viene ucciso. Il governo statunitense non vuole recuperare la salma. Harm e Mac si recano sul posto, ufficialmente per indagare ma soprattutto con l'obiettivo di riportare in patria il caduto.

Un aspirante marine, incursore, dei United States Marine Corps Force Reconnaissance, un corpo speciale, viene ferito perché, in preda al panico, cerca di scappare nella direzione sbagliata quando, durante il corso, per errore, il suo gruppo si avvicina troppo alla zona di tiro. Un ufficiale si ferisce per salvarlo. Harm sotto la falsa identità di un sergente istruttore e Mac, ignorando ciascuno la presenza dell'altro, sono inviati a indagare. Il dubbio è che il capitano della truppa soprannominato il Duca come John Wayne, abbia volutamente modificato la mappa dell'esercitazione per obbligare gli allievi ad avvicinarsi al fuoco, oltre il regolamento, per addestrarli meglio.

Un barbone uccide tre giovani delinquenti e prende in ostaggio Bud. Si scopre che è un ex navy SEAL, disertore e malato di mente. Harm riesce a farlo arrestare ma su ordine dell'ammiraglio se ne assume il patrocinio, nonostante l'imputato sia piuttosto restio a difendersi, in sede di tribunale ordinario, contro un procuratore prevenuto deciso a non farlo tornare mai più in libertà.

Mentre fa una corsa con Mac, Harm viene investito da un'automobile ma spingendola via salva la collega dalla stessa sorte. Mac lo accompagna in ospedale, l'incidente non ha avuto conseguenza gravi, e mentre aspetta la prognosi definitiva alcuni terroristi di Hamas la prendono in ostaggio insieme ad alcuni medici che stavano per operare un ministro israeliano. I terroristi minacciandolo di morte vogliono la liberazione di un prigioniero palestinese. Harm e Mac decidono separatamente di intervenire. Harm deve però, contemporaneamente, pensare ai terroristi e a una donna incinta. Fortunatamente lo aiuta un vecchio marinaio in pensione.

Harm e Mac sono inviati in ruolo di osservatori durante una esercitazione militare, marina, congiunta Stati Uniti - Russia e si trovano invischiati, tra le schermaglie prima e il fuoco incrociato delle due navi su cui viaggiano, russa per Harm, statunitense per Mac, nella guerra personale tra i due comandanti, nemici giurati da sempre.

Un militare viene ucciso mentre ha un incontro romantico su una spiaggia con una donna sposata. La signora prima nega l'alibi del marito, sottufficiale capo della marina, difeso da Mac e accusato da Harm; poi ritratta. Mac inizialmente ha problemi a difendere il sottufficiale perché lo disprezza in modo particolare, ricordandogli il padre violento verso la moglie, sua madre, così come è il suo assistito.