È finalmente arrivato il giorno dell'assegnazione dei tirocini nel reparto di Chirurgia del County General: Carter si sente male al solo pensiero. Ma non ha niente da temere: quando la busta con la risposta arriva, l'esito è positivo! Il giovane medico si allontana quindi dal Pronto Soccorso per festeggiare con Harper, cosa che gli causerà un richiamo ufficiale dalla Hicks e farà traballare la sicurezza del suo posto per l'anno successivo. Shep è tornato al lavoro, dopo il dramma della puntata precedente, ed ha un nuovo collega, che tratta in maniera brusca e crudele. Il già difficile rapporto tra Carol e Jeanie si incrina ancora di più quando quest'ultima viene nominata dipendente del mese: le due si contendono lo spiacevole compito di lavare e disinfettare il grosso e maldestro clochard Ugo, giunto da loro per un controllo. Mentre Greene torna all'assalto del gentil sesso con un paio di lenti a contatto azzurre, Doug passa un brutto guaio: un ragazzo, già stato al County General precedentemente per controlli, torna a causa di un incidente d'auto. La radiografia rivela un osteosarcoma con neoplasia ossea di cui Doug non si era accorto qualche mese prima: Greene e l'avvocato dell'ospedale decidono di tacere, dal momento che la diagnosi non sarebbe cambiata, ma Benton, venuto a conoscenza del tutto, decide di mettere al corrente la famiglia del ragazzo. Si pone per Benton un grave problema deontologico: è stato giusto denunciare Doug e metterlo nei guai per amore della verità, quando lui stesso non è riuscito a parlare apertamente di Vucelich? Intanto, Susan e Chloe si contendono la piccola Suzie, che comincia a muovere i primi passi.

Al County General arriva un amico di Harper, direttamente da Harvard: il giovane appare molto affiatato con la ragazza e si vanta spesso delle grandi esperienze in campo medico, suscitando le gelosie di Carter. Il suo rivale ha perfino affrontato dei casi di appendicite, e il giovane fa di tutto per procurarsene qualcuno: dopo aver insistito con la dottoressa Hicks per portare un paziente che lamentava dolori di stomaco in sala operatoria, Carter ha di nuovo sfortuna, trovando un'appendice completamente sana e un banale stuzzicadenti nello stomaco. Carter potrà operare un caso di appendicite solo dopo la pausa pranzo, dopo aver lasciato, non si sa se per caso o volontariamente, Harper ed il suo amico in mensa: la ragazza è fortemente indispettita e pensa sia tutta una macchinazione del medico per poter arricchire il curriculum a suo discapito, quindi lo lascia. Anche Benton ha guai con le appendici: una paziente, a cui non aveva diagnosticato il male in tempo, si trova a rischio di setticemia. La situazione è analoga a quella di Doug, da lui denunciato qualche giorno prima: tutto questo scuote Peter a tal punto che decide finalmente di diffondere la storia di Vucelich e di prendere posizione contro di lui. Kerry Weaver fa installare una serie di telecamere di sorveglianza per visionare l'andamento delle operazioni mediche nel pronto soccorso; Greene finalmente sconfigge i propri fantasmi accettando le avances di una regista ex paziente dell'ospedale e facendo l'amore con lei. Mentre Susan, di fronte al rischio di una dura battaglia legale e ai consigli del padre, decide tristemente di scendere a più miti consigli con Chloe, conoscendo il suo fidanzato e dichiarandosi disponibile a un compromesso, Carol e Shep si trovano ad affrontare il caso di un ragazzino che per errore ha ucciso la madre a colpi di pistola.

Finalmente una buona notizia raggiunge il County General: Lydia è fidanzata, e presto sposerà il suo Alfie. Susan, non riuscendo ancora ad affrontare serenamente la partenza di Chloe e Suzie, comincia un ciclo di psicoterapia e trova qualche conforto in una chiesa nella quale era entrata per caso. Carol si presenta di fronte al commissario disciplinare, per testimoniare sulla vicenda di Shep. La donna dà ragione al fidanzato e smentisce le parole del compagno, togliendolo dai guai: è spinta però a riflettere sull'intera situazione. Mentre Benton non ha certo la vita facile, dopo avere denunciato Vucelich, Doug scopre che i soldi che aveva ricevuto dal padre prima che partisse appartenevano a Karen. Quando tenta di restituirli alla donna, il medico scopre che in realtà la somma rubata è molto più alta. Al County General si presenta Al Boulet per un check-up dopo una brutta influenza, ma l'esito delle analisi è terribile: l'uomo è malato di AIDS. Ad annunciarlo è Jeanie, che potrebbe essere stata contagiata nel periodo in cui stava ancora con il marito. L'unica a saperlo è Kerry Weaver.