Dennis Gant è morto, e Carter si trova da solo a combattere con i fantasmi lasciati dalla sua morte. Dopo una prima fase, la polizia archivia il caso parlando di morte accidentale, ma John è convinto che l'amico si sia suicidato a causa della disfatta amorosa e delle pressioni subite sul lavoro, soprattutto da parte di Benton. Dopo la commemorazione funebre, lo studente affronta il medico, dicendogli che entrambi portano il peso della morte di Gant e che fingere che non sia successo nulla non cambierà le cose, ma non riuscendo a scuotere la glaciale calma che Benton si porta sempre appresso. Le infermiere entrano in sciopero per rivendicare i propri diritti, e Carol, lasciata da sola a gestire un ospedale, provoca la morte di un paziente con una trasfusione sbagliata. Charlie ritorna al County General in cerca di Doug: il medico inizialmente non fa caso alle sue richieste di aiuto, ma poche ore dopo la ragazzina torna in ospedale dopo essere stata picchiata e violentata. La tredicenne chiede a gran voce di essere affidata proprio al dr. Ross, ma l'assistente sociale scopre che Charlie non è sola al mondo: la madre, seppure un po' svagata e piena di contrasti con la figlia, abita a pochi chilometri dall'ospedale. Al County General arriva un paziente in preda a crisi di vomito: si sospetta il virus ebola. Jeanie esce con il medico specializzato in malattie infettive, credendolo erroneamente omosessuale; quando lui la bacia, però, la donna è costretta a rivelargli di essere sieropositiva.

Le sventure del dr. Benton continuano: dopo aver scoperto che diventerà padre, aver perso l'allievo Carter (entrato nel team della dr.ssa Hicks) e non aver ancora del tutto superato la morte di Dennis Gant, il medico avverte un fastidioso dolore all'addome. Si tratta di appendicite, e ad operarlo saranno proprio due festosi John Carter e Maggie Doyle. Per festeggiare l'intervento, Carter invita ad uscire la collega, ma durante l'appuntamento lei gli rivela di essere omosessuale. Doug deve curare un ragazzo, malato terminale di fibrosi cistica, ormai all'ultima fase del male: il diciassettenne rifiuta di essere intubato e rianimato, ma ad avere l'ultima parola è ancora la madre. Proprio quando il dr. Ross convince la donna a lasciare che il ragazzo decida dei suoi ultimi mesi di vita, il paziente ha una crisi: a Doug non resta che assecondare le implorazioni della madre, ed intuba il figlio ancora una volta. Il dr. Fischer invita nuovamente Jeanie ad uscire: dopo aver superato tutte le perplessità, la donna si lancia in quello che potrebbe diventare un nuovo rapporto sentimentale. Anche il dr. Greene è ormai lanciato in una burrascosa vita amorosa, ed esce con tre donne: ovviamente la resa dei conti si avrà quando tutte si ritrovano al County General in cerca di quello che credono essere il loro uomo. Haleh si trova alle prese con tutti i compiti normalmente affidati a Carol, combinando un sacco di guai.

Al County General arriva una paziente cardiopatica, Louise Cupertino, affetta da sindrome di Down: la donna ha immediatamente bisogno di un trapianto di cuore. Mark Greene e Maggie Doyle restano sconvolti quando scoprono che Louise non è stata inserita nella lista d'attesa: il medico mobilita tutto l'ospedale, vincendo le resistenze di alcuni colleghi che vedono la situazione della donna come un impedimento al trapianto. Quando, finalmente, i due riescono ad ottenere il loro scopo, la madre di Louise rifiuta di firmare il consenso, sostenendo che lei non sarà per sempre accanto alla figlia e che non vuole vederla finire in una casa di accoglienza. Carol viene reintegrata a tutti gli effetti nel suo ruolo di capo infermiera: le colleghe hanno ottenuto il contratto desiderato, e nonostante la brutta esperienza della rapina la donna si sente bene. Su consiglio del dr. Ross, l'infermiera sostiene il test d'ammissione per entrare alla facoltà di medicina; nel mentre, il dr. Benton decide di prendere posizione e cerca in tutti i modi di raggiungere Carla, per dirle che è disposto ad assumersi tutte le responsabilità nella crescita del bambino. La donna, tuttavia, lo rifugge. Doug si ritrova ad avere a che fare con il ragazzo malato di fibrosi cistica che qualche tempo prima aveva salvato mediante intubazione: il ragazzo è ora maggiorenne e chiede di essere staccato dalla macchina. Il medico lo asseconda, e l'adolescente se ne va dall'ospedale, rifiutando ogni altro aiuto.

Tra il dr. Greene e la figlia Rachel non corre buon sangue: la bambina lo accusa di essere sempre in ritardo e assente e dice di non vedere l'ora che torni la madre. Il medico scopre anche che a scuola Rachel è emarginata e per attirare l'attenzione del padre e dei compagni si dichiara malata di leucemia. A Greene viene chiesto dal dr. Anspaugh di scrivere un articolo interessante sul giornale universitario per poter ricevere un posto da docente ospedaliero. Finalmente si presenta un caso adatto: una donna con problemi psichiatrici vuole essere operata e arriva addirittura a ingoiare gli strumenti che si trova vicino. Quando questo viene scoperto la Weaver lo considera un buon caso da trattare per avere il posto da docente e lascia Mark ancora a bocca asciutta. Benton intanto, preoccupato delle condizioni di salute di Carla e soprattutto del bambino, accetta di unirsi all'équipe chirurgica della dr.ssa Hicks, tornando così a lavorare con Carter. Proprio Carter è protagonista di una vicenda che lo porterà ad incrinare i rapporti con Anspaugh. Il primario infatti decide di non intervenire su un paziente del giovane medico, colpito da infarto intestinale, a causa dell'alta probabilità di decesso in sala operatoria. Carter sa che così l'uomo morirà e non si dà per vinto: chiede un consulto alla Hicks che porta il paziente sotto i ferri. L'intervento riuscirà ma Carter rischierà il posto da tirocinante per essere andato contro il parere del primario e non averne parlato alla dr.ssa Hicks. Alla fine di un colloquio verrà scusato ma inevitabilmente dovrà riconquistare la fiducia dei due colleghi. Carol è preoccupata per l'esito del test d'ingresso a medicina: non sembra andato bene come sperava; lei è nervosa e discute più volte con Maggie Doyle. Jeanie deve assistere una paziente in overdose di farmaci anti-AIDS. La donna muore senza che il marito la perdoni per aver contagiato la figlia e la situazione fa rivalutare a Jeanie la serata con Fischer. La fisioterapista suona a casa di Al, che al mattino le aveva portato dei fiori: i due si riconciliano.

Carol ha paura di aprire la busta con i risultati del test d'ammissione a medicina. Arrivata in ospedale scopre però dalla dr.ssa Weaver che è andata molto bene. La Weaver così la terrà sotto pressione per tutta la giornata, volendo insegnarle quante più cose possibili in vista dell'università. Greene intanto non riesce a trovare un giorno libero per stare con Rachel: dimentica pure di dover incontrare la classe a scuola. Stimolato da due pazienti che per una stravagante ricerca creano casi clinici assurdi, Mark decide di portare la figlia e le compagne in reparto per conoscere il suo lavoro: l'iniziativa riscuote successo. La collaborazione di Greene con la psichiatra dell'ospedale sfocia in un appuntamento. Una cavia di enorme valore scappa dal laboratorio del County General, inducendo così Jerry a far di tutto pur di trovarla e ricevere la ricompensa di 5000$. Dopo una lunga caccia, l'infermiera Wendy terrorizzata quasi la uccide. Jeanie non si dà per vinta e riesce a rianimare il topo, tenendo per sé il premio. Carter è ancora nel mirino di Anspaugh: pure dopo aver salvato un paziente dimostrando bravura il primario non porta il medico in sala operatoria. John deve però salvare il paziente dopo l'intervento scoprendo così che Edson ha commesso una grossa leggerezza non completando l'anamnesi pre-operatoria dell'uomo, allergico all'antibiotico somministratogli. Dale falsa la cartella clinica imputando al paziente la colpa di non aver dichiarato la sua allergia. Carter decide di non prendere provvedimenti, ma intima a Edson di non provarci una seconda volta. Il giovane medico deve occuparsi anche dei pazienti di Benton: Peter preferisce stare vicino a Carla, che soffre di diabete gestazionale e deve prendere l'insulina. In pronto soccorso arriva Joel, un bambino affetto da ipoplasia cardiaca sinistra. In un primo momento il bimbo viene salvato, ma in seguito gli è fatale un arresto cardiaco. Carol sta vicino alla madre di Joel, ed è proprio in questi momenti che capisce di voler rimanere infermiera: durante la sera raggiunge le colleghe e comunica loro la sua decisione.

In ospedale è arrivata una nuova tirocinante, Anna Del Amico, che si specializza in pediatria sotto la supervisione della dott.ssa Coburn. Carla accusa le prime doglie ed entra in travaglio al settimo mese di gravidanza; il bambino nasce con gravi problemi respiratori. Benton si trova quindi a fronteggiare una scelta difficile, ossia se sottoporre il piccolo a una nuova cura sperimentale che potrebbe migliorare l'ossigenazione del sangue, ma con un forte rischio di emorragia e paralisi cerebrale. Carter ha in cura un paziente con un'ulcera perforata che rifiuta di farsi operare: il medico cerca quindi di curarlo utilizzando solamente i farmaci. Dopo l'ennesimo scontro con il dr. Anspaugh, in cui il medico ricorda che "lo scopo di un chirurgo è tagliare", Carter comincia a chiedersi se non sia il caso di cambiare specializzazione, chiedendo informazioni alla dr.ssa Weaver su come passare a Medicina d'Urgenza. Greene. ancora sconvolto da quanto gli è capitato, è in pieno stress post-traumatico: a farlo impazzire, soprattutto, è il non avere idea di chi possa essere stato ad aggredirlo. Doug organizza una festa a sorpresa per il compleanno di Carol, in cui tutti vengono invitati ad esprimere un desiderio.