Un autobus pieno di bambini ha un incidente: il pronto soccorso precipita nel caos. I medici fanno del loro meglio per salvare la vita a tutti i bimbi, ma purtroppo uno di loro rimane ucciso e a Doug tocca l'arduo compito di avvertire la madre. Dopo che la nonna di un piccolo paziente in ospedale per asma rifiuta le cure della dr.ssa Del Amico, pretendendo invece di vedere il dr. Ross, Anna e Doug hanno un acceso confronto. Quando Doug scopre che l'asma del bimbo non è dovuto a una reazione allergica, e che quindi gli antistaminici potevano peggiorare la situazione, affronta Anna, rea di essersene accorta e di non averlo avvertito, mettendo così in pericolo la vita di un piccolo paziente a causa delle loro divergenze personali. Mark si vede negare la possibilità di vedere la figlia da parte di Jennifer, che gli contesta di vivere in maniera troppo incivile. Carol discute con Mark a causa del trattamento medico per una donna tossicodipendente: la donna arriva lamentando forti dolori addominali e, pochi minuti dopo, partorisce improvvisamente sulla sedia a rotelle. Purtroppo il piccolo nasce morto e la donna accusa Carol di averle fatto cadere il bambino. Davanti al rifiuto di Mark, anch'esso presente, di difenderla davanti a un tribunale nel caso la donna le facesse causa, l'infermiera lo redarguisce sostenendo che, per la paziente, non era la prima volta al County General e che il dr. Greene non si era mai accorto del suo stato. John finalmente affronta Peter: dopo un litigio, finalmente i due appianano le loro divergenze. Altri contrasti sorgono al pronto soccorso, tra Jeanie e Kerry, a causa di un intervento in cui l'infermiera usa le mani invece che i ferri, rischiando di contagiare un paziente.

È la vigilia di Natale, e tra Ellis e Kerry il rapporto si fa più stretto: forse la dottoressa sta sviluppando dei sentimenti. Peter, toccando un cieco, gli fa recuperare la vista: si diffonde allora la voce che egli possa compiere miracoli, ma il paziente perde di nuovo la vista e Peter gli spiega che tutto è dipeso da un caso fortuito. Mark viene a sapere da Cynthia che la donna ha un figlio di cinque anni che vive con i nonni paterni. Inoltre, il medico decide di andare a scusarsi con Chris Law. Carol annuncia ai colleghi che lei e Doug si sono rimessi insieme: la buona nuova non sorprende nessuno, ed alcuni avevano perfino scommesso su questo fatto. Il medico approfitta del momento per chiedere a Carol di sposarlo. Il cugino di John Carter, Chase, gli fa visita al County General, accompagnato dalla nonna Millicent: quando il medico lo sorprende a drogarsi, scopre bruscamente che Chase ha dei grossi problemi con l'eroina e che ne è ormai completamente dipendente.

Mark e Cynthia affrontano una crisi nella loro relazione. Il medico intanto viene convinto a smettere di fumare dal suicidio, in reparto, di un fumatore affetto da cancro al polmone. Peter ed Elizabeth visitano il museo di storia naturale di Chicago. Al pronto soccorso arriva un bambino, in crisi da avvelenamento. Doug scopre che è stato il fratellino di otto anni a commettere il fatto, e sospetta che il ragazzino abbia subito violenze da parte del patrigno. Anna, durante un'emergenza, scopre che tra i sei drogati da eroina che sono arrivati in pessime condizioni al pronto soccorso c'è anche Chase, il cugino di John. I nonni di quest'ultimo si infuriano col nipote perché egli ha taciuto alla famiglia della tossicodipendenza di Chase.

Al pronto soccorso arriva un uomo, colpito da un getto di acido fluoridrico. I medici affermano che non ci sono cure per questo tipo di ustioni, e che la morte sopraggiungerà entro dodici ore. Carol, impietosita dal caso, trascorre il suo turno al capezzale del morente, fino alla sua morte. John e la nonna si riavvicinano, quando la donna si presenta in ospedale per invitarlo al compleanno del marito. Robert Romano si dichiara apertamente ad Elizabeth, ma la dottoressa rifiuta garbatamente le attenzioni del collega.

Dr. Corday begins her first day as an intern, first by being assigned to Dale Edson, then being treated as Romano's lapdog. Kerry is interviewed for ER chief. Doug and Carol ponder parenthood when Carol realizes she may be pregnant. Carol and Lynette try to keep a wounded gang-banger from leaving and seeking retaliation. Lucy faces the wrath of Carter when he discovers that she doesn't know how to start an IV. Jeanie asks Doug if she can be a full-time PA for the pediatric ER.

Al pronto soccorso del Country General Hospital arriva una bambina, Corinna, insieme al padre vittime di un incidente stradale. La bambina presenta una lesione alla milza, ha bisogno di una trasfusione di sangue e di un intervento chirurgico. I medici scoprono che il gruppo sanguigno di Corinna è un gruppo raro e in ospedale non è disponibile sangue di quel gruppo specifico, l'unico che potrebbe donarlo è il padre. Il padre, intanto, approfittando di una distrazione di Lucy, che si apprestava a medicarlo, fugge dal pronto soccorso. La studentessa di Carter scopre che il padre di Corinna aveva fornito un nome falso, in realtà egli è il Sig. Nelson, è un allibratore e alcune settimane prima aveva sottratto Corinna alla custodia della madre. Tutti i medici del pronto soccorso si impegnano al fine di trovare sangue per Corinna.

Carter, rinunciando ad una gita in barca con l'amata Roxane, si mette sulle tracce del Sig. Nelson e nei pressi di un Hotel incontra la sua studentessa che aveva avuto la stessa idea. I due continuano insieme la ricerca e colgono l'occasione per appianare le proprie divergenze e dichiararsi stima reciproca. Al pronto soccorso, intanto, Kerry Weaver è riuscita a trovare due sacche congelate del sangue di Corinna, Benton si prepara ad eseguire l'intervento, però, nello scongelare il sangue i medici scoprono che le sacche presentavano dei fori e il sangue potrebbe essere stato esposto a batteri. Il Dottor Benton e il Dottor Anspaugh decidono di adottare una misura estrema; operare senza sangue. Durante l'intervento Corinna va in tachicardia ventricolare, i chirurghi riescono a riprenderla ma senza trasfusione di sangue la bambina morirà.

Lucy e Carter intanto riescono a scoprire l'indirizzo del Sig. Nelson e giunti a casa di quest'ultimo ascoltando la segreteria telefononica riescono a rintracciarlo. I tre arrivano in ospedale ma qui scoprono che la trasfusione forse non basterà a salvare la piccola Corinna che è entrata in coma.

Lucy e Carter si ritrovano a parlare della vicenda, Lucy sconsolata prende atto del fatto che non sono riusciti a salvare la bambina, Carter le fa notare che sono riusciti soltanto ad aumentare le speranze; questo però non è abbastanza per Lucy che non si accontenta. Carter, allora, spiega alla sua tirocinante che quando un medico fa tutto il possibile per salvare un paziente ma non ci riesce deve accontentarsi di averci almeno provato e le fa osservare come lei ci abbia stra-provato.

The ER docs tend to three teenagers who were in an accident on the way to their senior prom. Greene and Carter treat the most severely injured, a boy suffering from third degree burns over 80% of his body. Benton receives the ER trauma fellowship. Carol finally tells Doug about her pregnancy; Kerry also figures it out. Mark and Elizabeth draw closer. Lucy tells Carter about her Ritalin addiction. "FBI agents" bring in a shot stripper.

Greene dopo il funerale della madre ritorna in ospedale e deve occuparsi di una ragazza maggiorenne malata di cancro allo stadio terminale con l'obbligo di non rianimarla, ma mentre è solo in stanza con lei, la ragazza confessa a Mark di non voler morire quel giorno, quindi viene intubata; il padre scoprendo quello che ha fatto denuncia la situazione non essendo convinto che sia volontà della figlia; purtroppo nonostante l'intubazione la ragazza va in arresto, Greene nonostante l'ordine impartito dalla Weaver cerca di rianimarla ma sarà costretto a dichiararne la morte. Benton ha problemi familiari poiché Carla vuole portare il loro bambino in Germania, ma Benton si oppone; Carla rivela che potrebbe non essere suo figlio in quanto ha avuto una relazione di una notte con un altro. Carter intrattiene una relazione con l'ex moglie di suo cugino ma scopre che è malata. Compare un nuovo medico: Dave Malucci.

On Thanksgiving Day Carol goes into labor. She's able to get to the ER only thanks to Luka's help. She delivers the first baby in the ER, but the second causes some trouble. Greene leaves Elizabeth to deal with his father and daughter, as he rushes to assist Carol.

Proseguono i festeggiamenti per il San Valentino. Approfittando della calma "apparente" infermieri e medici di turno si concedono una piccola pausa mangiando e scherzando. Arriva la Weaver che, prendendo servizio, comincia a riportare l'ordine nel reparto e comincia a visitare un uomo con un problema ad una caviglia.

Non riuscendo a guardare la lastra dalla lampada nel corridoio, la dott.ssa entra nella stanza dell'orrore e scopre i due corpi esanimi. Il pronto soccorso tutto comincia a prestare soccorso ai colleghi, e vengono addirittura richiamati Greene e la Corday. I poliziotti cominciano a circoscrivere la scena del tentato omicidio e, con l'aiuto fortunoso di Abby, trovano anche l'arma del delitto.

Stabilizzati per quanto possibile i due giovani vengono portati di corsa in sala operatoria: Anspaugh e Benton si occupano di Carter, Romano e Corday di Lucy. John Carter si salva, nonostante qualche complicazione, Lucy, invece, sembrava dapprima fuori pericolo ma complicazioni post-operatorie le procurano la morte.

Smontati dal turno alcuni protagonisti si ritrovano da DocMagoo's per attendere aggiornamenti, cominciando a raccontare aneddoti che vedevano protagonisti Carter e Lucy, finché arriva Chuny che rompe l'atmosfera dando la notizia della morte di Lucy.

Giunti in elicottero sul luogo di una sparatoria, Kovac e Benton provano a dare i primi soccorsi ai feriti, ma poi si scontrano a muso duro perché Kovac, per trasportare un bambino in difficoltà, gli nega l'elicottero per trasportare prima il rapinatore in grave condizioni. Scontro che si acuisce quando i due si ritrovano in ospedale.

Al pronto soccorso giunge un paziente alterato da una disfunzione della tiroide che spinge via Carter con un calcio, scaraventandolo a terra. Quando viene portato via, Carter si inietta un antidolorifico sottratto da quelli forniti al paziente, ma viene sorpreso da Abby. Presa dai sensi di colpa denuncia l'accaduto al dott. Greene, che ne parla subito con la Weaver.

Luca prova a districare con Clio il caso spinoso di una donna che rifiuta il cesareo per salvare il bambino che non sapeva di aspettare. Nonostante tutti i suoi tentativi di convincimento e di utilizzo della procedura coatta, deve assistere inerme alla morte del piccolo.

Mark e Kerry affrontano Carter, mettendolo di fronte al fatto compiuto con la testimonianza di Abby, ma lui nega spudoratamente. Allora Greene, la Weaver, con l'aiuto di Benton, Jin-Mei e Anspaugh provano a convincerlo a curarsi; dopo essersi mostrato ridicolo, ed aver fatto a pugni con Benton, John si rende conto di aver toccato il fondo e decide di farsi curare.

Carter ha terminato i 90 giorni di terapia nel centro di Atlanta, e si prepara a tornare alla sua vecchia vita. Greene e Corday tornano dalle vacanze e trovano un po' di confusione dovuta allo sciopero degli inservienti.

Romano tiene sulle spine Benton che cerca un posto da assistente per il nuovo anno; ma alla fine Peter la spunta. Arriva un giocatore di football, Palmieri, infortunatosi durante uno scontro di gioco; le sue condizioni sembrano buone ma sorgono alcune complicazioni.

Jin-Mei è un po' distratta, ha scoperto di essere incinta ed è oramai già avanti nei tempi; ma nessuno, al policlinico, sa di questo accaduto. Abby riceve la notizia che l'ex-marito non ha pagato alcune rate dell'università e quindi le è stato revocato il nulla osta per proseguire il tirocinio ed è costretta a lasciare il reparto. Furiosa, va alla ricerca dell'ex e gli sfoga la sua rabbia.

Intanto arriva una serie di feriti massiccio dallo stadio dove si giocava la partita a cui partecipava Palmieri e con l'emergenza già in corso per gli scioperi la situazione precipita. Al pronto soccorso si scatena una mega rissa tra le due squadre ma alla fine il giocatore si riprende.

Mark ed Elizabeth cominciano a sperimentare i piccoli problemi dovuti alla convivenza; problemini che cominciano ad irritare la stessa Elizabeth. Carter comincia a frequentare gli incontri degli alcolisti anonimi, dove, con stupore, trova Abby.

Dopo l'incontro arriva al pronto soccorso per un incontro di controllo e verifica per valutare il suo rientro all'attività. John, che vuole a tutti i costi riprendere ad esercitare, accetta tutti i controlli e le terapie imposte dalla Weaver e da Greene. Abby, vista l'impossibilità di proseguire il tirocinio, rientra al suo lavoro di infermiera di ginecologia, e viene chiamata al pronto soccorso per uno spinoso caso di parto prematuro alla 22ª settimana.

Kovac si occupa di un delicato caso di polmonite che ha risvolti burocratici; la donna convive da molti anni con la sua compagna, ma quest'ultima, non avendo una procura scritta, non può decidere per le sue cure. Mark porta Elizabeth a vedere una nuova casa con tutte le caratteristiche che a lei piacciono, e le chiede di sposarlo; lei accetta.

Abby dopo una giornata massacrante seguendo il caso del prematuro, si ritrova da DocMagoos con Carter; parlando tra i due, Abby ammette i suoi problemi e Carter le chiede di essere la sua guida; nonostante qualche perplessità iniziale, Abby accetta.

La relazione tra Luka ed Abby prosegue, ma i loro caratteri introversi non favoriscono il rapporto ed Abby è sempre alle prese con la madre, rimasta a Chicago, che le dà continui pensieri.

Mark ancora non ha detto ad Elizabeth della malattia, anche perché cominciano le sue udienze per la causa di negligenza. Mentre Elizabeth depone, Mark riceve le conferme della gravità circa la sua salute.

Carter ha concluso il trimestre di prova, e fa gli ultimi controlli, provocando però l'ira di Mark e durante uno scontro verbale, lui si sente male e quando si riprende va via subito, buttando le cartelle. Carter prova a parlargli e lui gli confessa le sue condizioni.

Nel frattempo Elizabeth continua l'udienza. La madre di Abby ha un'altra crisi; durante un colloquio di lavoro, sfonda una verina e si ferisce, portata al pronto soccorso, dà in escandescenza, Abby rinuncia a disporre delle sue cure e mentre la Legaspi ordina il suo ricovero coatto, lei fugge dall'ospedale, nella rassegnazione di Abby.

Elizabeth torna a casa e confessa a Mark la sua frustrazione per aver mentito e per aver commesso un errore come medico; Mark approfitta della situazione per confessarle le sue condizioni.

Kerry comincia ad avere una seria relazione con Kim, anche se comincia ad aver paura che la notizia circoli nell'ambiente di lavoro, temendo i giudizi dei colleghi. Benton viene promosso da Romano come Coordinatore della commissione per le minoranze.

Romano prova a stimolare Elizabeth Corday che continua a rimandare le operazioni perché ancora sotto choc in seguito alla vicenda Patterson. Greene torna al lavoro dopo tutte le terapie ma sembra ancora un po' stressato ed ha alcune reazioni aggressive con i pazienti.

Kovac si occupa di un possibile infortunio sul lavoro clandestino; Kerry segnala il caso all'ispettorato sul lavoro. In seguito a dei controlli presso il mobilificio, scoppia un incendio ed il pronto soccorso è invaso da feriti.

Un ferito ha un problema cardiaco, dopo alcune rimostranze Elizabeth lo porta in sala operatoria per analisi ed è costretta ad operarlo. Durante l'operazione subisce un'altra crisi di panico ma Romano, stavolta, resta a guardare e non interviene, riuscendo così a farle superare la crisi.

Carter viene ammesso dalla Weaver con ulteriori restrizioni e questo lo porta ad uno scontro con Benton, al quale non aveva raccontato della sua debolezza. Decide di tornare a trovare suo cugino Chase e di raccontargli la sua storia.

Benton prova a suggerire come comportarsi al colloquio ad uno studente che ha preso a cuore in seguito alla sua promozione alla commissione minoranza. Mark fa gli ultimi test di idoneità prescritti dalla commissione medica.

Un'auto di traverso provoca il deragliamento di un treno e Kovac e Carter corrono sul luogo dell'incidente per prestare i primi soccorsi. Luka, nel vedere quelle scene di dolore e morte rivive i momenti di panico passati al momento della guerra nella ex-Jugoslavia e tutto gli ricorda la morte dei suoi familiari.

Arriva anche la Corday, per verificare il grave caso di un pompiere rimasto bloccato sotto una carrozza. Mentre cominciano ad amputargli le gambe, ad Elizabeth, nonostante sia solo alla 25ª settimana, vengono le doglie.

Calmatesi le acque, Luka sale a controllare la salute del vescovo, a cui restano poche ore di vita; dopo un breve colloquio il vescovo convince Luka a confessarsi.

Abby riceve la visita del suo ex-marito che la avvisa di aver ricevuto una telefonata da un albergo nell'est nel quale la madre si è barricata da alcune settimane. Presa dal panico accetta l'aiuto di John per riportarla a Chicago, scontrandosi con Luka che vorrebbe invece evitarle il disagio e la delusione, ed è visibilmente geloso della presenza di Carter; anche Reena è contrariata dalla scelta di John.

Giunti presso l'albergo, il gestore gli apre l'appartamento ed i due, trovano Maggie in uno stato pietoso; Abby comincia subito ad occuparsi della madre. Caricatala sull'auto, ripartono per Chicago. In un autogrill ruba una confezione di medicinali e la assume di nascosto. Arrivati a Chicago, va in crisi ed è ripresa per i capelli.

Nel frattempo, al pronto soccorso, Elizabeth partorisce una bella bimba e con Mark decidono di chiamarla Ella. Peter e Cleo si occupano di alcuni giovani alle prese con le prove di iniziazione delle sette collegiali.

Il pronto soccorso è sommerso da vittime di una sparatoria, quando un padre folle compie una strage. Mark, terrorizzato, si rende conto che il suo personale collegamento con l'omicida può risultare fatale per Elisabeth ed Ella.

Nel bel mezzo del caos causato dalla sparatoria, John si trova nell'indesiderabile posizione di dover appoggiare la promozione di Jing-Mei, che a lui è stata negata. Peter è inaspettatamente assalito dal marito di Carla, mentre Cleo si taglia mentre sta curando un paziente HIV positivo.

Robert fa emergere tutti i suoi pregiudizi quando cerca di forzare la dottoressa Legaspi.

Weaver returns to the emergency room after a self-imposed sabbatical of three weeks, wondering how her newfound lesbian identity will affect her workplace relationships. Having purposely allowed a mass murderer to die, Greene must keep the secret amidst the scrutiny of his superiors.

Carter is overwhelmed by patients from a rock concert riot. Benton's former girlfriend is killed in a car accident. Newly promoted to chief resident, Chen panics and misdiagnoses a patient. Kovac angers Abby by flirting with a waitress.

When a torrential rainstorm pounds Chicago, patients deluge the emergency room while Weaver speeds to an accident site. There, she finds a pregnant woman, Vicki lying injured inside a wrecked ambulance while live power lines spark. Fourth-year student Michael Gallant makes a dangerous decision in order to help.

Abby helps a distraught boy whose mother died of a stroke; a man with schizophrenia, who once stabbed Carter and killed a doctor checks into the ER.

Greene confronts Corday when she orders Rachel out of their home; Abby tries to protect a battered neighbor who refuses to press charges against her husband.

Dr. Carter reads a letter from terminally ill Dr. Green to the ER staff. Dr. Weaver lashes out at a mentally challenged patient. A terminal, homeless man continues asking for Dr. Green.

Gli eventi riprendono da dove si era conclusa la stagione precedente: l'ospedale rimane ancora sigillato, mentre il Centro per il Controllo delle Malattie indaga sulla misteriosa e mortale patologia che obbliga John, Abby e gli altri alla quarantena. Mentre Susan inizialmente è lasciata sola a combattere per salvare un paziente, John e Abby si abbandonano al loro romantico destino nei giorni che trascorrono in reparto con Jing-Mei, Gregory e il sempre presente barbone Stan. Nel frattempo Elisabeth, da poco vedova, si sforza di adattare le sue competenze alla natia Inghilterra; la donna è tenuta d'occhio dagli attenti genitori. Robert, in attesa di un'eliambulanza, viene gravemente ferito dal rotore posteriore del mezzo che gli amputa di netto il braccio.

Dopo che un arrabbiato tossicodipendente punta una pistola su Jing-Mei e sugli altri membri dello staff John, infuriato, guida una piccola rivolta atta a protestare contro la negata installazione in reparto dei metal detectors. La protesta mette a rischio la vita di alcuni pazienti. Altrove, Susan confessa ad un'anziana e stanca donna che il figlio purtroppo sta morendo a causa del morbo di Huntington, lo stesso che ha ucciso il padre dell'uomo. Gregory cerca di salvaguardare il fratello, disabile nello sviluppo; più tardi conforta Jing-Mei dopo la sua brutta avventura con il tossicomane. John si occupa di una prostituta dodicenne; il fratello di Abby dà una lunga occhiata al reparto quando arriva in visita al County General.

L'incubo familiare di Abby continua quando, con Michael, va in una base militare nel Midwestern alla ricerca del fratello disertore. Lì incontra nuovamente la madre ed insieme cercano di sventare la corte marziale che incombe su di lui. Il sospetto che soffra dello stesso disturbo mentale della madre, prende sempre più corpo. Nell'innevato ospedale di Chicago, invece, John lotta per lasciare la città e raggiungere la fidanzata; Elizabeth al contrario cura un'intera famiglia, travolta da un camionista mentre costruivano un pupazzo di neve. La dottoressa cerca di aiutare il padre a prendere una decisione di vitale importanza, nel frattempo simpatizza con il dottor Nathan, che deve vedersela con l'aggravarsi dei sintomi del morbo di Parkinson.

Una doppia visione dell'episodio divide i turni di giorno e di notte di John e Gregory. Un frustrato John quasi si commuove quando cura due vittime di un avvelenamento di massa a scopi religiosi, legato all'eclissi solare di quel giorno; un membro di una banda ferito; una monaca buddista morente; una vittima di un attacco cardiaco. Nel turno di notte, che dovrebbe essere il suo ultimo in pronto soccorso, Gregory si occupa di una donna il cui bambino non ancora nato le è stato tolto letteralmente dal grembo, organizzando in seguito una ricerca del piccolo, di un vigile del fuoco ustionato e di altre vittime dell'avvelenamento di massa. Nel frattempo, Robert sperimenta la vita dei pazienti dovendo sottoporsi ad un intervento di amputazione del braccio.