Carol, ormai incinta di quasi 6 mesi, scampa per pochi secondi ad un incidente che avviene nella caffetteria provocato da un furgone che sbandando entra nel locale. Mentre il pronto soccorso è impegnato a salvare le vittime dell'incidente fa il suo ingresso un nuovo medico turnista, Luka Kovac. Nel frattempo Romano viene insignito del nuovo grado di capo del personale; Greene esprime in commissione il suo parere negativo per tale nomina, avendo la certezza di essere appoggiato dalla Weaver, la quale però nel momento in cui si accorge che il resto della commissione appoggerà il dottor Romano tradisce il dottor Greene; inoltre la dottoressa Weaver sarà nominata capo dello staff del pronto soccorso, il che fa infuriare ancora di più Greene, che decide di andare a sfogarsi allenandosi a baseball. Nel frattempo in ospedale arriva la notizia della morte della madre del dottor Greene che sarà presa dalla Weaver.

Greene dopo il funerale della madre ritorna in ospedale e deve occuparsi di una ragazza maggiorenne malata di cancro allo stadio terminale con l'obbligo di non rianimarla, ma mentre è solo in stanza con lei, la ragazza confessa a Mark di non voler morire quel giorno, quindi viene intubata; il padre scoprendo quello che ha fatto denuncia la situazione non essendo convinto che sia volontà della figlia; purtroppo nonostante l'intubazione la ragazza va in arresto, Greene nonostante l'ordine impartito dalla Weaver cerca di rianimarla ma sarà costretto a dichiararne la morte. Benton ha problemi familiari poiché Carla vuole portare il loro bambino in Germania, ma Benton si oppone; Carla rivela che potrebbe non essere suo figlio in quanto ha avuto una relazione di una notte con un altro. Carter intrattiene una relazione con l'ex moglie di suo cugino ma scopre che è malata. Compare un nuovo medico: Dave Malucci.

Al pronto soccorso arriva il dottor Gabriel Lawrence, ex insegnante di Kerry, a cui lei è molto affezionata. L'uomo si dà subito da fare, dando dimostrazione di possedere un grande spirito d'iniziativa: questo comportamento predispone Mark ad un atteggiamento negativo nei suoi confronti, sembra quasi che il medico invidi il collega...

Si susseguono intanto le emozioni nell'ospedale più famoso del mondo: un giovane riconosce il suo aggressore in un sedicente cugino andato a fargli visita, con l'intervento della sicurezza si scatena addirittura un conflitto a fuoco; Elisabeth anticipa la mastectomia di Elaine, ma la paziente è assalita da mille timori; Loren, una giovane donna, dice di essere caduta da una scaletta, ma ha anche due costole rinsaldate: si sospetta che sia il marito l'artefice della ferita della donna.

Jeanie e Reggie si sposano: la donna tiene il piccolo Carlos tra le braccia e, in attesa dell'affidamento definitivo del bambino, comincia a comprare pannolini.

L'ospedale viene criticato da un articolo pubblicato in seguito ad un'intervista con la Corday. Cleo viene assalita dai sensi di colpa per aver sbagliato una diagnosi si un bambino di 4 anni. Carter si organizza per vedere Elaine, mentre Carol deve curare una cameriera incinta senza assicurazione sanitaria.

A prank in a high school science class goes terribly awry, injuring a teacher and several students. Hathaway discovers Meg's drug addiction. Weaver and Greene notice Lawrence gets easily confused.

Benton struggles with the idea of taking a DNA test to determine whether or not Reese is actually his son. As the signs continue to pile up, Kerry and Mark use a fake patient to convince Dr. Lawrence of his Alzheimer's. Carter has trouble persuading a woman from a nursing home fire to sign a DNR for her husband and later is asked to forge charts for a family with no insurance. Carol continues to meddle in Meg's life, having her arrested so that she can be detoxed. Cleo is blamed for an explosion in the suture room but it may actually be Dr. Dave's fault.

Weaver tries to save the life of a rape victim while Corday struggles with feelings of disdain as she is forced to save the rapist. Cleo treats a teenage alcoholic boy whose alcoholic mother refuses to recognize her problem or his.

Kovac and Haleh take care of Hathaway's twins so the new mother can finally get some rest. The job transfer for Carla's husband does not get approved allowing Reese to stay in Chicago. Lucy endeavors to get a heart transplant for a young woman and goes to Romano's house begging him to perform the surgery.

In order to get her paitient to tell her the location of a missing body, Corday agrees to grant him a fatal wish. Kovac befriends two brothers. He tells Weaver that his wife and children died in the Bosnian war. Former medical student Deb Chen returns to County General as a resident, using her Chinese name, Jing-Mei Chen.

Lucy's patient finally gets a heart transplant but does not survive. The transplanted heart will now go to another recipient. Greene interferes in a gay domestic situation. Corday tricked her patient who murdered several women and now he's being transferred to a county jail.

Two boys brought in after a fight at school leads Cleo to discover that one of them has been injecting himself with hormones. Hathaway's obstetrics nurse, Abby Lockhart, joins the ER as a third year medical student on an ER rotation.

È il giorno di San Valentino, tutto lo staff del pronto soccorso addobba il reparto con festoni e cartelli inneggianti all'amore. Yosh regala a tutte le componenti femminili dello staff una cartolina d'auguri per san Valentino. Abby, comincia ad avere problemi economici per colpa dell'ex-marito che non le paga gli alimenti e si trova a dover affrontare il caso di un'anziana signora con gravi problemi respiratori e chiede l'aiuto di Carter.

Jin-Mei e Malucci sono in competizione tra loro e lo dimostrano apertamente quando l'ambulanza porta un paziente trovato svenuto in seguito ad un episodio sincopale. I due saranno in contrasto su tutto e ci vorrà tutta l'esperienza e la pazienza del dott. Greene per tenerli a bada. Nel frattempo Lucy si occupa di un giovane ragazzo in stato confusionale, il cui quadro clinico non la convince; teme che il ragazzo possa essere vittima dei primi sintomi della schizofrenia e chiede l'aiuto di Carter per eseguire una puntura lombare e venirne a capo.

John Carter, intanto, si occupa dell'anziana paziente di Abby, e per richiesta esplicita della paziente (si era già occupato del marito) e per aiutare l'inesperta tirocinante, lasciando Lucy da sola nell'attesa del consulto psichiatrico e ammonendola di abbandonare quel caso e dedicarsi agli altri in attesa. Mark lascia rapidamente le consegne a Kovac, per andare, con Elizabeth, ad una cena romantica con suo padre e la madre di lei e mentre cominciano i festeggiamenti, Carter va alla ricerca di Lucy, scomparsa da un po'. Entrando nella stanza del paziente schizofrenico, John viene accoltellato al fianco, di spalle, dallo stesso e, svenendo per il forte dolore e l'emorragia, trova la giovane Lucy, anch'essa in una pozza di sangue.

Proseguono i festeggiamenti per il San Valentino. Approfittando della calma "apparente" infermieri e medici di turno si concedono una piccola pausa mangiando e scherzando. Arriva la Weaver che, prendendo servizio, comincia a riportare l'ordine nel reparto e comincia a visitare un uomo con un problema ad una caviglia.

Non riuscendo a guardare la lastra dalla lampada nel corridoio, la dott.ssa entra nella stanza dell'orrore e scopre i due corpi esanimi. Il pronto soccorso tutto comincia a prestare soccorso ai colleghi, e vengono addirittura richiamati Greene e la Corday. I poliziotti cominciano a circoscrivere la scena del tentato omicidio e, con l'aiuto fortunoso di Abby, trovano anche l'arma del delitto.

Stabilizzati per quanto possibile i due giovani vengono portati di corsa in sala operatoria: Anspaugh e Benton si occupano di Carter, Romano e Corday di Lucy. John Carter si salva, nonostante qualche complicazione, Lucy, invece, sembrava dapprima fuori pericolo ma complicazioni post-operatorie le procurano la morte.

Smontati dal turno alcuni protagonisti si ritrovano da DocMagoo's per attendere aggiornamenti, cominciando a raccontare aneddoti che vedevano protagonisti Carter e Lucy, finché arriva Chuny che rompe l'atmosfera dando la notizia della morte di Lucy.

Kovac, distrutto dal turno notturno, corre a casa ed evita una ragazzina che attraversa la strada di corsa senza guardare. Ma un altro autista la investe e scappa via. Kovac allora si precipita per fornire alla piccola i soccorsi del caso e, visto il ritardo dell'ambulanza, decide di trasportarla in ospedale con un furgone di fortuna. Durante il trasporto qualcosa va storto e la ragazza peggiora.

Jing-Mei si occupa dei pazienti che erano di Carter e Lucy e poi va dallo stesso Carter provando a tirarlo su facendogli un ragguaglio veloce sulla situazione. Elizabeth Corday, torna a casa per prendere degli appunti che aveva dimenticato, avendo passato la notte da Mark, e scopre che sua madre ha trascorso la notte col padre di Mark; questa scoperta la lascia molto perplessa e, non appena David Greene esce di casa, le due hanno un duro scontro.

Intanto al pronto soccorso arriva la madre di Lucy, venuta a prendere gli ultimi effetti personali della figlia; Malucci l'accompagna in questo straziante momento, rimanendone emotivamente coinvolto. La Sig.ra Knight sale poi a conoscere quel Dott. Carter tanto decantato ed apprezzato dalla figlia e John, amareggiato, mente alle sue domande per alleviare il suo dolore. Mark scopre che il padre ha un cancro ai polmoni che si è esteso anche al fegato e nel riferirlo al genitore, capisce che lui ne era già a conoscenza.

Even though he suffers from intense pain due to his stabbing injuries, Carter returns to work and prescribes a controversial procedure for a suicidal patient. Greene tries to convince his father to undergo cancer treatment.

Chen's patient refuses to reveal to his daughter that she might have inherited a terrible disease from him. Weaver defies Romano's authority and performs a procedure that gets her suspended. An available kidney causes friction between Corday and Kovac as they decide which one of their patients will get it.

After Corday refuses to perform exploratory surgery on Cleo's patient, Cleo enlists Benton's help, infuriating Corday. Abby cares for a pregnant woman with five children who wants an abortion. Greene lovingly tends to his dying father at home.

Carter continua a mostrare segni di insofferenza; l'insonnia e la stanchezza dovuta ai continui fastidi alla gamba cominciano ad arrivare al culmine, ed ogni caso clinico che gli si presenta lo rimanda coi pensieri, inevitabilmente, ai tragici momenti della morte di Lucy. La Weaver, reintegrata dopo la sospensione, si trova a fronteggiare un vispo bambino, timoroso del suo aspetto e della sua stampella e supervisiona la battaglia che Abby sta portando avanti con una donna, che non vuole assolutamente permettere alla figlia di donare il midollo alla figlia del suo ex-marito.

Greene comincia ad accusare la fatica dovuta alle cure che sta dando al padre e capisce che non è più il caso di asfissiarlo con il suo volere e di ascoltare meglio ciò che lui desidera realmente; riesce così a procurargli un giro in barca sul lago, per fargli rivivere i bei momenti passati in plancia di comando sulle navi della marina. Intanto Luca e Carol sono sempre più vicini, e dopo aver trascorso un'intera giornata per scegliere la macchina che Carol doveva acquistare, i due si baciano.

Weaver reprimands Carter for doing a dangerous procedure without consulting Kovac. She also talks to Hathaway about Hathaway's lack of focus on the job. And while treating a 6-year-old patient involved in a minor car accident, Malucci and Cleo discover the girl has been sexually molested recently by her father.

La Weaver arriva al pronto soccorso e comincia e mettere tutti in riga rimproverandoli perché dopo 5 minuti dall'inizio del turno, nessuno ha ancora cominciato il servizio. Carter continua a dare segni di cedimento, l'insonnia gli rende difficile l'attenzione. Arriva una malata terminale in arresto e la Weaver, con l'aiuto di Carol, provano ad occuparsi di lei e delle sue figlie. Carter si occupa di due pazienti contemporaneamente ed ha un atteggiamento di iper-eccitazione che preoccupa Jin-Mei, il quale riferisce tempestivamente a Greene di questi argomenti. Difatti, nella sua enfasi rischia quasi di avvelenare una paziente somministrandole un farmaco a cui era allergica.

Malucci viene redarguito dalla Corday per aver trascurato una paziente affidata ad Abby, di cui lui ha la supervisione, e che è stata ricoverata in condizioni critiche dopo essere stata dimessa con superficialità. La Weaver si scontra con Carol che, contrariamente agli ordini ricevuti, convince Kovac a rianimare la paziente in fin di vita per permettere alle figlie di salutarla. Tra i due c'è sempre una certa attrazione e questo rende Carol triste.

Mark è appena tornato al lavoro e prova a risolvere tutte le ultime incombenze per la sepoltura del padre; prova a parlare con Carter per verificare la fondatezza dei timori di Chen e gli suggerisce uno specialista da consultare per provare a riprendersi dal trauma subito. Poi decide finalmente di andare a San Diego per seppellire l'urna del padre accanto alla madre, portandosi dietro sua figlia Rachel.

La paziente terminale muore e Carol capisce che è con Doug che vuole stare, quindi saluta Luka aprendo il suo cuore ed i suoi sentimenti e vola da lui a Seattle per riabbracciarlo e capire se è ancora innamorato di lei.

Giunti in elicottero sul luogo di una sparatoria, Kovac e Benton provano a dare i primi soccorsi ai feriti, ma poi si scontrano a muso duro perché Kovac, per trasportare un bambino in difficoltà, gli nega l'elicottero per trasportare prima il rapinatore in grave condizioni. Scontro che si acuisce quando i due si ritrovano in ospedale.

Al pronto soccorso giunge un paziente alterato da una disfunzione della tiroide che spinge via Carter con un calcio, scaraventandolo a terra. Quando viene portato via, Carter si inietta un antidolorifico sottratto da quelli forniti al paziente, ma viene sorpreso da Abby. Presa dai sensi di colpa denuncia l'accaduto al dott. Greene, che ne parla subito con la Weaver.

Luca prova a districare con Clio il caso spinoso di una donna che rifiuta il cesareo per salvare il bambino che non sapeva di aspettare. Nonostante tutti i suoi tentativi di convincimento e di utilizzo della procedura coatta, deve assistere inerme alla morte del piccolo.

Mark e Kerry affrontano Carter, mettendolo di fronte al fatto compiuto con la testimonianza di Abby, ma lui nega spudoratamente. Allora Greene, la Weaver, con l'aiuto di Benton, Jin-Mei e Anspaugh provano a convincerlo a curarsi; dopo essersi mostrato ridicolo, ed aver fatto a pugni con Benton, John si rende conto di aver toccato il fondo e decide di farsi curare.