Un aereo della tratta Sydney/Los Angeles cade su di un'isola deserta dell'Oceano Pacifico. Tra i superstiti anche Jack Shepard, un medico che si dà da fare per soccorrere gli altri passeggeri. Con Kate e il musicista Charlie, Jack si avventura nella giungla che si trova sull'isola per cercare la cabina dell'aereo. Il loro scopo è recuperare la radio per trasmettere un SOS.

Jack, Kate e Charlie trovano la cabina dell'aereo. Uno dei piloti che si trova tra i sopravvissuti, però, li informa che la radio era già danneggiata prima della collisione. Poco dopo il pilota viene ucciso misteriosamente. Il giorno dopo un gruppo di superstiti va in cima ad una montagna per rilevare qualche segnale radio.

I quattro della spedizione sulla montagna per non gettare nel panico i loro compagni di sventura si accordano e decidono di tenere segreto quello che hanno scoperto. Jack e Hurley invece scoprono che Kate durante il viaggio in aereo era sotto la custodia di un agente di polizia. Jack fa di tutto pur di salvare la vita all'uomo che invece vuole morire. Sawyer lo aiuta.

Jack soffre di insonnia e trova molta difficoltà nel prendere sonno. Pensa continuamente alla sua vita prima dell'incidente. Lo vediamo mentre si trovava nella capitale australiana per riportare a casa la spoglie di suo padre, che continua a vedere vivo e presente lì con lui sull'isola. Claire è incinta ma le sue condizioni non fanno che peggiorare. Si scopre che qualcuno ha rubato le ultime bottiglie di acqua rimaste tra le scorte di viveri.

Jack soffre di insonnia da tanto tempo. Pensa continuamente a quello che gli è accaduto prima di precipitare su quell'isola maledetta, e l'immagine di suo padre gli appare ovunque. Claire è incinta ma la sua salute non è nella forma migliore. Intanto ci si accorge che qualcuno li ha derubati delle restanti scorte di acqua.

Michael subisce un aggressione a causa di un orologio d'oro. Il gruppo rimane più che sorpreso da questo evento ma non conosce la verità sull'accaduto. La coesione del gruppo viene minata dalle decisioni su dove posizionare gli accampamenti. Quando Locke viene a sapere della tossicodipendenza di Charlie si prodiga per aiutare lo sfortunato compagno di sventura.

Durante una crisi dovuta all'astinenza da droga Charlie discute animatamente con Jack. La lite viene interrotta da una frana di una grotta che travolge entrambi. Micheal intanto si è messo alla guida dell'intero gruppo che scava per liberare il medico. Le ricerche della fonte della trasmissione radio in francese intanto proseguono.

Charlie riesce a convincere Claire che è meglio trasferirsi nella grotta. Allo stesso tempo Sawyer entra in rotta di collisione con Jack e Sayid. Sayid prende la decisione di iniziare a torturare l'uomo con il beneplacito di Jack. Kate scopre che Sawyer ha un passato da truffatore.

Danielle Rousseau, la donna che ha registrato il messaggio di soccorso in francese, fa prigioniero Sayid. Si scopre che faceva parte di una gruppo di scienziati anch'essi naufragati sull'isola diversi anni prima. Hurley ha un'idea bizzarra per rendere meno tediosa la permanenza coatta sull'isola: costruire un campo per giocare a golf.

Claire assiste al rapimento suo figlio appena nato. Sembra tutto vero ma il fatto si rivela un bruttissimo sogno. Quando si sveglia inizia a ricordare le vicende che l'hanno portata a prendere quel maledetto volo poi precipitato sull'isola. Mentre si fa una conta dei passeggeri rimasti in vita, ci si accorge che Ethan Rom non risulta in nessuna lista.

Charlie e Claire vengono rapiti. Tutti gli altri credono sia opera di Ethan Rom. Si organizzano due squadre per andare in soccorso dei rapiti. Boone e Locke si imbattono in un altro dei misteri che nasconde l'isola. Sayid, ricongiunto con il gruppo, lo avverte di aver scoperto la donna dietro al messaggio in francese.

Kate e Sawyer trovano una valigia metallica sul fondo di un lago. Dal momento che entrambi vogliono entrarne in possesso e poiché probabilmente contiene delle notizie sul misterioso passato della ragazza, i due arrivano ad una vera e propria lotta. Sayid chiede aiuto a Shannon: ha bisogno di tradurre e capire degli appunti presi dalla Rousseau.

Locke scopre che Boone ha intenzione di rendere partecipe Shannon del segreto della botola. Kate e Sun diventano amiche a tal punto che la prima riesce a scoprire che l'altra conosce bene anche l'inglese. Hurley, essendo in debito con Jin, decide di aiutare quest'ultimo con la pesca.

Walt sembra essere scomparso. Locke dunque offre il suo aiuto a Michael per mettersi sulle tracce suo figlio. Mentre sono alla ricerca di Walt incontrano un enorme orso polare. Charlie vorrebbe aprire il diario di Claire. Finalmente Locke e Boone trovano nella giungla Claire.

Finalmente Claire torna tra gli altri ma non ricorda nulla, a causa di una grave amnesia parziale. A questo punto Jack, Locke, Sayid, Sawyer e Kate si mettono a lavorare su un progetto per difendersi da Ethan che intanto ha minacciato di uccidere tutti, uno al giorno, qualora non gli venga riconsegnata Claire.

Kate e Sawyer hanno un chiarimento. Sawyer, attraverso un flashback, si rivede nell'assassinio del tale che credeva essere il responsabile della morte di suo padre e sua madre. Ricorda anche di aver incontrato in un bar l'uomo che poi scopre essere il padre di Jack.

Un altro strano incidente avviene sull'isola. Tutti gli sforzi dei superstiti che avevano costruito una zattera, vanno in fumo letteralmente quando questa viene bruciata. Non si conosce il colpevole del sabotaggio ma Michael crede che si tratti di Jin. Sulla spiaggia avviene l'ennesimo momento drammatico quando Jin si rende conto che Sun parla l'inglese.

Hurley si avventura nella giungla selvaggia alla ricerca di Danielle Rousseau. Locke si mette al lavoro al fine di realizzare una culla per il bimbo che Claire partorirà. Hurley dice a Charlie che possiede una grossa somma (100 milioni di Dollari) vinta alla lotteria ma quest'ultimo non gli crede.

Sawyer soffre di mal di testa. Il dolore sembra avere origine strana e misteriosa. Jack crede che per Sawyer si tratti di problemi di vista. Locke fa un sogno molto strano a seguito del quale si mette alla ricerca di un aereo. Lui e Boone trovano un velivolo probabilmente un tempo utilizzato per lo spaccio di stupefacenti. Una volta che Boone ci è entrato, l'aereo precipita e lo ferisce gravemente.

Sayid fa a Shannon una sorpresa molto romantica, cercando di stupirla. Jack si prodiga per cercare di curare le ferite di Boone. Locke invece sembra sparito completamente. Contemporaneamente a Claire iniziano le doglie per il travaglio. Fortunatamente, aiutata da Kate, riesce a mettere al mondo un bambino.

Dopo aver seppellito Boone, l'atmosfera fra i sopravvissuti si fa molto cupa. Shannon accusa Locke della morte del fratello e chiede a Sayid di interrogare il cacciatore. Kate costringe Jack a prendersi un momento di pausa. Charlie convince Claire ad affidargli suo figlio, che però non smette di piangere.

Mentre termina di costruire la zattera con Jin, Michael improvvisamente si ammala. Jack allora sospetta che si possa trattare di avvelenamento. Locke e Sayid portano Jack alla botola. Walt consiglia a Locke di non aprire il portello.

Danielle Rousseau finalmente arriva dai naufraghi e annuncia loro l'arrivo ormai imminente degli "altri". Si prepara una missione per prendere la quantità di dinamite necessaria per far saltare l'accesso alla botola, che - si è deciso - fungerà da rifugio. Avviene una scoperta: la Roccia Nera non è che una vecchia imbarcazione, un mercantile atto a trasportare schiavi.

Danielle rapisce il figlio di Claire dal campo dei sopravvissuti. Charlie e Sayid la seguono fino ad un punto in cui trovano del fumo nero, indicativo della presenza degli 'altri'. Dentro l'aereo ritrovato da Locke e Boone, Charlie trova un grosso carico di eroina. Locke fa esplodere la chiusura della botola.

La botola è aperta. Il mistero di cosa contenga, però, è tutto da svelare. John e Kate, spinti dalla curiosità, entrano nella botola ma finiscono per scomparirvi all'interno. A questo punto Jack è costretto a seguirli. Nella giungla Shannon si imbatte in un volto familiare.

In mezzo all'oceano Michael e Sawyer lottano la sopravvivenza. Con la zattera praticamente distrutta si trovano ad avere a che fare con uno squalo. Di Jim non si sa nulla. Quando Locke si avventura nella botola, finisce per imbattersi in un tale di nome Desmond (sovraintendente ad un computer) che lo fa prigioniero.

Sawyer, Michael e Jin vengono catturati da gli 'Altri'. Con loro viene arrestata anche Ana Lucia. Nel frattempo, Kate colpisce Desmonds e accidentalmente rompe il computer. Kate è allora costretta a chiedere a Sayid e ad Hurley di aiutarla a riparare il computer che si trova nel bunker prima che il countdown da 108 minuti volga al termine.

Jack assegna ad Hurley il compito di fare un inventario del cibo rimasto e gli affianca Rose. Intanto Sayid e Jack esplorano il territorio alla ricerca della fonte che provoca l'instabile campo elettromagnetico. Locke rivela a Charlie il segreto riguardante il rifugio. Claire trova sulla spiaggia la bottiglia con i messaggi che si trovava sulla zattera.

Michael vuole trovare e recuperare Walt e si avvia verso la folta giungla. Lo seguono Jin e Eko, con l'intenzione di riuscire a convincerlo a tornare con gli altri superstiti. In seguito tutti insieme si incamminano per arrivare dall'altra parte dell'isola, dove si trova il campo dei sopravvissuti. Sun si mette cercare la sua vera di nozze che non riesce più a trovare.

Sawyer sta male. La sua salute peggiora nel momento in cui si avvia sempre più all'intero della giungla con Jin, Michael e quelli che si trovavano nella coda dell'aereo. Charlie è geloso di Claire perché Locke sembra essere molto interessato a lei. Shannon ha altre visioni.

Dopo 48 giorni di naufragio s'inizia a capire quello che è realmente accaduto ai sopravvissuti che si trovavano in coda all'aereo. Questo secondo gruppo, precipitato sull'altra parte dell'isola, è stato vessato dai cosiddetti "Altri" che hanno iniziato a rapire alcuni sopravvissuti. Per sopravvivere i membri di questo gruppo hanno iniziato a muoversi verso l'interno dell'isola.

Mr. Eko prende Sawyer privo di sensi e lo riporta nel bunker. Qui Jack cerca di farlo rinvenire con l'aiuto di Kate. Nel frattempo Ana Lucia ricorda il suo passato nella polizia e i mesi che seguirono al suo ferimento da parte di un ladro. Gli altri sopravvissuti, Jin, Bernard e Libby, decidono di lasciarsi alle spalle Ana Lucia e di avviarsi verso l'altro gruppo.

Svelato il crimine che diede origine alla vita da fuggitiva di Kate: l'uccisione di suo padre. Mentre Shannon viene sepolta, Kate veglia Sawyer, le cui condizioni di salute sono pessime. Eko dà a Locke il resto del video sull'orientamento. Micheal riceve via computer un messaggio da parte di suo figlio Walt.

Mr. Eko chiede a Charlie dove è finita la statuetta della Madonna piena di stupefacenti portata via dall'aereo. Quando Claire scopre che Charlie nasconde un segreto perde la fiducia che aveva in lui. Jack si mette ad osservare Kate mentre questa taglia i capelli a Sawyer.

Michael si avventura nella giungla per cercare Walt, seguito da Sawyer, Locke, e Jack. I tre si imbattono in uno degli 'Altri' che li minaccia: o si affrettano a ritornare sui propri passi o eliminerà Kate. Sun si oppone quando Jin le dice di volersi unirsi alla spedizione degli altri.

Charlie ha degli incubi che gli fanno credere che il figlio di Claire corra dei pericoli. Quando di notte porta via il bimbo dalla culla Locke inizia a sospettare che faccia uso di droghe. Charlie cerca di spiegare a Claire che il suo comportamento strano è dovuto al sonnambulismo. Sawyer spinge Hurley a dichiarare i suoi sentimenti a Libby.

Quando Sun si ferisce, mentre cercano di rapirla vicino l'orto, i sopravvissuti temono che qualcuno degli 'Altri' sia tornato. Kate ha dei sospetti nei confronti di Ana Lucia. Sawyer, con l'aiuto di Charlie, si impossessa dell'arsenale usando molta astuzia.

Danielle Rousseau, la misteriosa donna francese, torna per condurre Sayid da un prigioniero che dichiara di essersi schiantato sull'isola. Nel frattempo Sawyer chiede aiuto ad Hurley, ricattandolo. Ha bisogno di qualcuno per trovare un animale che lo tormenta: una rumorosa rana.

Claire torna con Kate e Danielle Rousseau nel luogo in cui è stata rapita. Jack e Locke non rivelano al resto del gruppo l'esistenza di un prigioniero. Mr. Eko ha una richiesta: parlare con Benjamin Linus.

Sun scopre di essere incinta ma non è sicura di volerlo rivelare anche a suo marito. Locke chiede aiuto ad Ana Lucia per l'interrogatorio del prigioniero. Sayid, con Charlie e Ana Lucia, inizia a cercare la mongolfiera a cui ha fatto riferimento Benjamin mentre lo interrogavano.

Locke rimane intrappolato all'interno della botola quando la sua apertura si chiude improvvisamente. Linus, il prigioniero, è dentro con lui. Nella giungla Ana Lucia, Sayid e Charlie trovano la mongolfiera che cercavano ed una tomba. Nel frattempo viene trovato del materiale che sembra caduto dal cielo: un paracadute e scatole di cibo.

Hurley crede di stare impazzendo poiché gli sembra di aver visto il suo amico Dave, compagno di ospedale psichiatrico. Libby sostiene le sue visioni. La sicurezza di Locke vacilla di fronte ad una dichiarazione del prigioniero: non ha premuto il bottone durante l'ultima crisi.

Rose si oppone in maniera decisa al piano di Bernard, che vuole realizzare una scritta sulla sabbia come indicazione di soccorso. Quando Jack e Kate vanno nella giungla, per raggiungere gli 'altri' e proporre loro un accordo per riavere il piccolo Walt, tra i due scatta la passione. Locke non si fida più dell'isola.

Jack e Kate incontrano Michael. E' stanchissimo, distrutto, ma è riuscito a scoprire dove gli 'Altri' tengono rinchiuso suo figlio. Ana-Lucia vuole uccidere Henry dopo che questi l'ha aggredita. Jack vuole togliere le armi dalle mani di Sawyer.

Locke si rimette dopo il ferimento e con Mr. Eko inizia a cercare il luogo che sulla cartina è indicato con un punto interrogativo. Scoprono l'esistenza di un nuovo segreto. I sopravvissuti si trovano a fare i conti con la fuga di Henry. Libby muore a causa delle gravi ferite riportate dai colpi di pistola.

Michael vuole assolutamente liberare Walt. Quando finalmente riesce a convincere gli altri superstiti parte una missione di salvataggio. Sayid dubita del vero scopo della decisione di Michael e ne parla con Jack. Charlie la prende male quando Eko abbandona la costruzione della chiesa per stare nel bunker.

Il gruppo vede una barca in mare. Si scopre che è quella che ha portato Desmond sull'isola. Locke vuole capire cosa succede se nessuno preme il bottone dentro il bunker. Eko cerca di dissuaderlo. Desmond scopre perché è caduto il volo 815. Walt torna nelle mani di suo padre.

Michael, Jack, Kate, James e Hurley si avvicinano agli Altri via terra, mentre Sayid, Sun e Jin li attaccano dal mare. Il passato di Desmond si svela.

Jack, Kate e Sawyer si ritrovano in un posto sconosciuto che si scoprirà appartenere agli Altri e che verrà poi identificato come la Stazione Idra: Jack e Sawyer tentano invano la fuga mentre Kate fa un’interessante chiacchierata con l’uomo che si faceva chiamare Henry Gale, Ben Linus.

Sayid inizia a cercare Jack, mettendo in pericolo le vite di Sun e Jin. Nel frattempo Sun ricorda quando da bambina ruppe una ballerina di vetro e mentì a suo padre, accusando del misfatto la cameriera. Kate e Sawyer sono mandati ad un campo: il loro lavoro servirà a migliorare le condizioni degli Altri. Allo stesso tempo Ben propone a Jack di rimandarlo a casa in cambio di collaborazione.

Eko, Locke e Desmond, scomparsi dopo l'implosione della botola in cui erano rimasti bloccati, vengono finalmente ritrovati. Sembra che l'isola chieda a Locke di porre rimedio a tutto quello che ha combinato. A seguito dell'esplosione Desmond si trova dotato di strani poteri. Nel frattempo Claire rimane scioccata quando trova Nikki e Paulo nella tenda di Jack.

Ben Linus dice a Sawyer che gli è stato impiantato un pacemaker nel cuore, perciò ogni sforzo fisico che da allora compirà potrebbe costargli la vita. Colleen, la donna a cui Sun ha sparato, viene sottoposta ad un'operazione chirurgica ma ha delle complicazioni. Desmond inizia a costruire uno strano marchingegno.

Eko inizia ad avere ripetute visioni di suo fratello che gli suggerisce di cercarlo nella foresta e di confessarsi. Intanto Locke e alcuni volontari si recano nel bunker della stazione di monitoraggio e cercano di mettersi in contatto con qualche altro bunker dell'isola. Nel frattempo, presso il campo degli Altri, Jack riferisce a Ben di essere a conoscenza del tumore alla colonna vertebrale che lo sta uccidendo. Juliet, una degli Altri entrata in confidenza con Jack, gli confessa che lei e alcuni suoi compagni desiderano che Jack non guarisca Ben, che considerano malvagio e pericoloso. Gli suggerisce quindi di accettare di operarlo, ma di commettere un errore fatale in modo da ucciderlo.

Juliet e Ben usano Kate per fare pressioni su Jack affinché tolga il tumore dalla spina dorsale di Ben. Kate prova a proteggere Sawyer chiedendo appunto a Jack di fare l'operazione chirurgica. Mentre Kate e Sawyer fanno l'amore, lei pensa a Kevin, il marito che ama ancora. Tutti insieme Locke, Sayid, Paulo e Nikki seppelliscono Mr. Eko.

La libertà di Kate e Sawyer è nelle mani di Jack, così come la vita di Ben. Juliet ricorda quando lavorava a Miami come ricercatrice medica, le sue scoperte di successo nel campo del trattamento della gravidanza e di quando fu invitata a Portland da un team di ricerca.

Desmond salva Claire da un annegamento e ripercorre la sua vita prima di entrare nell'esercito. Ricorda Londra e il momento in cui incontrò Penny. Il suo deja-vu comprende anche il ricordo dello scontro con il padre di Penny, l'arrogante Charles Widmore.

Kate, Sawyer e Karl raggiungono la loro isola di notte. Isabel interroga Jack. Jack cerca di negoziare la libertà di Juliet dal momento che è il solo che può cercare di eliminare il tumore dalla spina dorsale di Ben.

Kate e Sawyer fanno ritorno al campo. Hurley ricorda il giorno in cui suo padre lo abbandonò con sua madre e tutte le sue sfortune. Sull'isola, in mezzo alla giungla, trova un mezzo di trasporto appartenente al Progetto Dharma. Con l'aiuto di Sawyer, Jin e Charlie tenta di ripararlo. Kate, dopo aver deciso di portare via Jack dalla prigionia, riesce a convincere Danielle Rousseau ad aiutarla.

Durante il viaggio per andare a salvare Jack Kate, Sahid e Locke scoprono uno strano edificio circondato da animali da fattoria e singolari abitanti, tra cui Mikhail Bakunin, un presunto ex-soldato sovietico. Una volta tornato all'accampamento, Sawyer affronta Hurley in un torneo di ping-pong al fine di recuperare i propri oggetti.

Claire ha un'idea sul modo di recapitare un messaggio al mondo al di fuori dell'isola, ma Desmond cerca di far saltare il piano. Mentre cerca di capire il perché delle loro azioni, Claire inizia a ricordare quando fu vittima di un incidente stradale che mandò in coma sua madre. Il gruppo di soccorso incontra un pericoloso ostacolo.

Kate e Sayid vengono catturati mentre provano a salvare Jack. John Locke riesce a fuggire. Durante la sua fuga trova Ben bloccato sul suo letto il quale promette di rivelargli i segreti dell'isola purché metta fine al suo piano di distruzione. Kate scopre che Jack ha fatto un patto con gli 'altri'. Nel frattempo John ricorda altri particolari della sua vita come ad esempio il modo in cui è diventato paraplegico.

Nikki e Paulo apparentemente muoiono e gli altri naufraghi cercano di ricostruire l'accaduto. Nel corso della ricerca si scopre qualcosa sul rapimento di Sun. Alcuni flashback mostrano la vita di Nikki e Paulo prima dell'incidente aereo.

Kate e Juliet sono state rapite da gli 'altri' ed abbandonate nella giungla legate l'una all'altra. Nella posizione in cui si trovano sono costrette a confrontarsi su Jack. Kate ricorda l'incontro con sua madre. Nel frattempo sulla spiaggia Hurley racconta a Sawyer che i superstiti vogliono votare riguardo la sua espulsione dal gruppo, per cui lo invita a comportarsi meglio e ad essere più gentile e meno scostante con tutti.

Quando Jack torna al campo con Juliet il gruppo sembra non apprezzare la presenza di quella che è a tutti gli effetti una degli 'Altri'. Attraverso i flashback si vede il modo in cui questa è arrivata sull'isola e quello che ha fatto negli ultimi 3 anni. A Juliet capita la possibilità di dimostrarsi amica del gruppo di superstiti quando Claire, si ritrova colpita da una malattia.

Dopo aver ricevuto una serie di visioni Desmond convince Hurley, Jin e Charlie a seguirlo in un viaggio all'interno dell'isola. Nel frattempo gli torna alla mente il periodo in cui si trovava in un monastero, subito dopo la fine della storia con Ruth, la sua fidanzata. Kate flirta con Jack che però non ricambia e anzi cena con Juliet. Kate allora, per una notte, rivolge le sue attenzioni a Sawyer.

Sun scopre che se il bambino che aspetta è stato concepito sull'isola lei potrebbe avere solo due mesi di vita. Se invece il piccolo è stato concepito prima dell'incidente aereo suo padre sarà per forza di cose Jae. Nel frattempo Sun riporta alla mente quando ha scoperto le origini di Jin attraverso delle lettere anonime.

Locke arriva all'accampamento dei superstiti e dice a Sawyer di aver catturato Ben. In realtà non è vero ma gli chiede comunque di ucciderlo al suo posto. Nel frattempo Desmond, Hurley, Charlie e Jin nascondono Naomi nella tenda di Hurley, mentre questi svela il segreto a Sayid. Quando Kate vede la radio che serve per contattare il vascello rivela il segreto a Jake e a Juliet

Locke affronta Ben e gli chiede di essere condotto da Jacob. Ben rammenta la sua infanzia sull'isola e la storia del 'Progetto Dharma'. Sawyer fa ascoltare il nastro con la registrazione a Sayid e agli altri sopravvissuti, mettendoli al corrente del tradimento di Juliet. Quando Jack e Juliet arrivano al campo la situazione si fa molto tesa.

L'intero accampamento sulla spiaggia si prepara, sotto la guida di Jack, a ricevere la visita degli 'Altri'. Desmond ha un'altra visione premonitrice in cui riappare la morte di Charlie. La sua morte si presenta in maniera funesta come l'unico modo per contattare la barca di Naomi.

Sayid, Jin e Bernard vengono catturati dagli Altri. Ben viene informato della presenza di Charlie nella stazione sottomarina e invia Mikhail per sistemare la situazione. Un flashback mostra Jack in crisi depressiva e che pensa al suicidio.

Ben dice a Jack che Naomi non è quella che sembra. Nel frattempo Sawyer e Juliet cercano di salvare gli ostaggi nella spiaggia. Charlie e Desmond provano invece a spegnere il segnale che blocca le comunicazioni con l'esterno.