Sono trascorsi due mesi dalla scomparsa degli agenti Gibbs e McGee. Il team fa di tutto per scoprire quale sorte e' toccata ai due colleghi.

L'NCIS indaga sulla morte di un tenente della marina, di cui si erano perse le tracce da tempo; Gibbs e McGee devono sottoporsi a una valutazione psicologica prima di riprendere a lavorare.

Quando un poliziotto in incognito ricompare all'improvviso, dopo aver simulato la morte dieci anni prima, la squadra vuole vederci chiaro.

La squadra dell'NCIS e l'agente speciale Jacqueline Sloane, recentemente trasferita, indagano sul rapimento di un marinaio, avvenuto durante una violenta tempesta.

Reeves assiste al rapimento del suo amico. La squadra dell'NCIS scopre che il principale indiziato è scomparso. Inoltre, una foto privata di McGee adolescente diventa di dominio pubblico.

Un sottufficiale viene trovato assassinato. McGee cerca di individuare un testimone chiave per la sua indagine. Inoltre, Palmer chiede ai colleghi una donazione per un ente di beneficenza.

Un criminale, già condannato dalla giuria, sembra essere stato incastrato in un caso di omicidio. Gibbs decide di indagare per scoprire quale sia la verità.

La squadra deve far luce sulla morte di una persona coinvolta in un giro di corruzione e frode. Inoltre, McGee e Delilah non hanno ancora deciso se scoprire il sesso del bambino.

Un trafficante di armi internazionale, Andre Yorka, ha assassinato un ufficiale dell'MI6, nonche' amico molto caro di Sloane. Intanto, Delilah e' costretta ad andare in ospedale con urgenza.

Durante le vacanze, Torres e Sloane si occupano della protezione di un senatore in Afghanistan. Una drammatica circostanza, però, li costringe e a rientrare negli Stati Uniti.

Per sventare una truffa, Torres e Bishop lavorano sotto copertura come una coppia di abili criminali.

Un avvocato del JAG e tenente della Marina viene trovato morto dai suoi genitori. Si pensa subito a un suicidio. Il capitano Bud Roberts collabora con la squadra nelle indagini.

Il corpo del Comandante James Willis, scomparso una settimana prima mentre si trovava in visita alla madre, viene rinvenuto nel bagagliaio di un furgone rubato. Il giorno del mancato rientro del marito, la vedova, Sarah, aveva ingaggiato un investigatore privato per scoprire che fine avesse fatto James. L'uomo è una nostra vecchia conoscenza: T.C. Fornell, ex agente dell'FBI (la guest star Joe Spano). I rapporti tra Gibbs e Fornell, come ben sappiamo, non sono idilliaci e la convivenza nel corso delle indagini si rivelerà complicata. Gli indizi raccolti riveleranno un collegamento tra il caso e lo svolgimento di un processo che ha attirato l'attenzione dei media.

Il team di Gibbs indaga sulla morte di un marine con l’aiuto dell’ex agente fbi Fornell divenuto investigatore privato.

Al Distretto sono tutti convinti che Hicks sia stato scarcerato per errore e che Gibbs e Fornell ne siano i responsabili. Per accelerare le indagini, l'N.C.I.S. stringe un accordo con un altro pluriomicida.

Gibbs e la squadra lavorano per cancellare il nome del sergente maggiore in pensione John Ross quando del cianuro viene trovato in uno delle centinaia di pacchetti di assistenza che invia ai marine attivi.

Gibbs e Ducky stanno guardanto la TV e vedono un ospite maneggiare un reperto di 200 anni che potrebbe avere a che fare con un caso irrisolto vecchio di dieci anni.

Una giornata apparentemente noiosa viene scossa da un'esplosione sul tetto degli uffici dell'NCIS, con tanto di cadavere.

Gibbs ottiene la custodia protettiva di una rifugiata orfana di 10 anni, Elena, quando un caso dell'NCIS rivela che è il bersaglio di una banda violenta.

L'NCIS cerca un sottufficiale sospettato di aggressione in fuga quando lo sceriffo che lo trasporta si schianta contro un lago. Inoltre, Torres lavora a stretto contatto con Annie Barth, una testimone chiave cieca che ha ascoltato le prove vitali necessarie per risolvere il caso.

Sara Carter chiede a Gibbs di indagare sull'omicidio di sua madre, poiché ritiene che le autorità locali abbiano condannato l'uomo sbagliato. Inoltre, Abby riceve una prenotazione per la cena per due persone in un nuovissimo ristorante a cinque stelle in un igloo e deve decidere quale collega merita andare con lei.

Quando l'evidenza rivela che un membro del team NCIS è l'obiettivo finale di un sicario, il team dovrebbe cercare negli archivi di vecchi casi per determinare chi sta cercando vendetta.

Mentre Gibbs assiste al funerale di un amico disperso in mare, scopre che il defunto Capitano della Marina Phillip Brooks si è nascosto in un rifugio antiaereo dopo che la sua nave è stata attaccata e potrebbe nuotare fino a riva.

Sloane insiste sul fatto che un uomo che l'ha tenuta in ostaggio e l'ha torturata anni fa in Afghanistan, e che si credeva fosse morto dopo il suo salvataggio, è vivo e in DC. Inoltre, Vance e Gibbs temono che Sloane sia disposto a rischiare tutto per distruggere quest'uomo.

Un mese dopo il rapimento del direttore Vance, a Gibbs è stato assegnato il ruolo di direttore; in sua assenza la squadra è concentrata alla ricerca del suo leader in tutto il mondo. Riescono a vedere, dal notiziario in TV, che Vance ha aiutato i suoi rapitori a rapinare una banca. Grazie a una riflessione di Torres, Kasie informa Gibbs che ha delle novità: infatti è riuscita a capire che Vance gli ha lasciato un messaggio in codice, sbattendo gli occhi solo a cinque parole. Intanto Kayla, la figlia di Vance, viene attaccata mentre si trova a un bar con il suo agente di scorta, che viene ucciso da uno sparo. Fortunatamente Gibbs riesce ad intervenire in tempo, grazie al messaggio lasciato da Vance (Kayla: le iniziali delle parole trovate da Kasie), mettendo Kayla al sicuro.

Il tenente Davis Mooney viene ritrovato morto ormai decomposto nella vasca d'idromassaggio da due ragazzi. Mentre il direttore Vance si concede un congedo amministrativo con i suoi figli, la squadra capitanata da Gibbs interroga il vicinato, che ha un atteggiamento strano. Da un interrogatorio scoprono che la famiglia Reynold era stata derubata due settimane prima del ritrovamento, ma il tentativo non è andato a buon fine perché è stato sventato dal vicino Gary. La squadra chiama dal Porto Rico l'ex moglie del tenente, di ritorno per l'avvenuto, la quale racconta che Davis scriveva libri e che ultimamente si era dedicato ad una ricerca su una vecchia indagine dove erano morte 9 persone ed ad ogni persona gli era stato staccato un dente e nell'indagine era coinvolta sua cugina.

Due fidanzati stanno compiendo dei furti di pacchi consegnati dal postino, la ragazza curiosa di cosa ci fosse dentro a quei pacchi decide di aprire quello appena rubato, che era davanti alla casa del Primo Ufficiale Todd entrato nella marina appena da due mesi. Appena lo apre esplode uccidendo sia lei che il suo ragazzo. La mattina alla squadra viene detto che per dei ordini della Corte Suprema non è più possibile localizzare dei cellulari dei sospettati a meno che non ci sia un mandato. La squadra si reca sulla scena dell'omicidio ed interroga il signore Todd che gli dice che non saprebbe chi fosse stato a inviare il pacco, però ha un sospetto riguardo a sua moglie Sheba, perché lui le aveva richiesto il divorzio e lei non lo accettava. Sheba è un personaggio famoso, perché fa parte del cast del programma Real Wives of War.

Due rangers della North Carolina stanno inseguendo una persona alla guida di una Mustang blu che ha rubato 350.000$, uno la insegue da nord, mentre l'altro da sud. L'auto andando a 60 chilometri orari più veloce, semina i due poliziotti, che però notano che era andata fuori dalla strada in campagna. Procedendo verso le impronte della macchina la individuano, però all'interno non c'era nessuno. Mentre ispezionano l'auto, vedono partire un aereo e leggendo il cartello vedono che era entrato in un aeroporto della marina e in quell'aereo c'era proprio il rapinatore. I due decidono di chiamare l'NCIS. L'aereo era diretto alla Base di Andrews, dove fra 20 minuti sarebbe atterrato. Nel frattempo Gibbs è in vacanza nella sua baita, dove c'è Phil Brooks, che gli ha dato una mano a costruire la barca e dopo viene l'ex agente Tobias, perché non hanno posto dove dormire.

Due ragazzi stanno abbattendo una parete per creare il loro ristorante vegetariano, ma quando spostano l'armadio trovano una lettera inviata nel 1970. I due ragazzi vanno dalla vecchia proprietaria di quel negozio e a cui era indirizzata la lettera, che rimane commossa. Nel frattempo Kasie ottiene un contratto a tempo indeterminato. La signora va dall'agente Gibbs e gli chiede se può riaprire un'indagine sulla morte di suo marito il primo tenente Daniel Hall durante la Guerra in Vietnam. Colui che l'ha ucciso sembrerebbe essere stato Ray Jennings, che sconta l'ergastolo per aver commesso Fragging. In quella tragedie vi è anche un testimone oculare l'ex colonnello Thomas Fletcher. La moglie porta a Gibbs varie cassette di registrazione, perché lui non scriveva lettere ma registrava il messaggio in delle cassette e gliele spediva.

Due cadaveri vengono trovati nel bagno di una stazione di benzina. La prima vittima viene identificato nel sottufficiale Tim Buckley, grazie al suo portafoglio e la sua carta d'identità, mentre la seconda vittima rimane sconosciuta. Dal DNA si scopre che risulta essere Anderson Kohl. Kohl e Torres avevano frequentato l'accademia insieme. Era un cadetto modello, ma era stato espulso perché aveva avuto un problema con l'autorità. Torres perse i contatti con Kohl dopo l'espulsione. Intanto, Bishop scopre che Kohl aveva uno stile di vita elevato ma dalle sue tasse non si capisce come poteva permettersi quella vita. Bishop e Torres trovano l'appartamento di Kohl in un lussuoso condominio pieno di oggetti e auto costose. Gli agenti credono che alcune macchine appartenessero ad altri inquilini, invece si scopre che erano tutte di Kohl.

Dopo il furto di un'opera d'arte di un'artista di strada, le indagini dell'NCIS portano a una cospirazione che coinvolge una compagnia militare privata e la sicurezza dei mammiferi marini.

McGee e Bishop si recano in Afghanista dopo che un caso di omicidio negli States viene collegato a un gruppo di soldati uccisi oltreoceano da "fuoco amico". Kasie lascia il laboratorio e accompagna Torres nelle indagini sul campo.

Quando il principale sospettato di un caso di rapina irrisolto e di alto profilo viene rilasciato dal carcere, il team NCIS riprende le sue indagini con un picchettamento sotto copertura.

I piani per le vacanze della squadra vengono sospesi quando le indagini sull'omicidio di un veterano della Marina includono la scoperta di un neonato che non ha identità e non ha legami apparenti con una famiglia.

Il segretario alla Difesa degli Stati Uniti, Wynn Crawford, chiude le indagini sull'omicidio di Gibbs e chiede che gli agenti speciali McGee e Torres vengano arrestati per le loro azioni nel caso.

Un vecchio amico di famiglia, il caporale dell'esercito John Sydney, supplica Gibbs di unirsi a lui in un viaggio per cercare un documento di identità militare scomparso. braccialetto. Inoltre, un tenente della Marina nella custodia protettiva dell'NCIS viene avvelenato da un famigerato spacciatore.

Dopo che un bambino di 9 anni malnutrito e confuso viene trovato nascosto in un magazzino, l'NCIS riapre un vecchio caso di persone scomparse quando si ritiene che la ragazza sia la figlia di una recluta della Marina che è scomparsa 10 anni fa. Inoltre, Bishop scopre che l'agente speciale Ziva David ha continuato a occuparsi del caso molto tempo dopo che l'NCIS ha smesso ufficialmente di indagare.

McGee visita a malincuore il suo liceo dopo che l'esclusiva password del computer che ha usato da adolescente è legata all'omicidio di un appaltatore del dipartimento della difesa. Il caso si intensifica quando un intruso irrompe nella casa di McGee nel tentativo di rubare il suo arcaico computer del liceo.

Il team dell'NCIS indaga su un uomo in mare che ha subito un incidente mortale da un cacciatorpediniere della Marina. Inoltre, Torres è frustrato per l'incarico di Vance di guidare tre studenti delle scuole superiori.

Jimmy è diviso tra famiglia e lavoro dopo che suo suocero, Ed, gli chiede di manomettere le prove delle attuali indagini sull'omicidio dell'NCIS. Inoltre, il compagno di poker di Ed, Anthony DiNozzo, Sr., si offre di aiutare con il caso.

Il Pentagono informa il Direttore Vance Gibbs e Bishop sono a bordo di un sottomarino per condurre un'indagine per omicidio, e che il sottomarino nucleare è entrato in modalità sileziosa.

Torres si affida alle capacità investigative della sua squadra dopo essersi svegliato su un peschereccio fatiscente, coperto di sangue e incapace di ricordare le ultime 12 ore.

A seguito di un fermo sparatutto attivo in un ospedale navale, la squadra dell'NCIS cerca un sospetto fuggito dalla scena. Inoltre, qualcuno del passato di Sloane era all'interno dell'ospedale ed è un testimone chiave nel caso.

In un cantiere vengono trovati i resti di un marine. La squadra scopre che quel corpo apparteneva al maggiore Ellen Wallace, ritenuto una vittima del disastro dell'11 settembre al Pentagono.

Viene riaperto dall'N.C.I.S. un vecchio caso irrisolto risalente al 1989. Alcuni bambini furono avvelenati da dei gelati e uno di loro morì.

Dopo aver trovato un account governativo segreto per finanziare una rete giudiziaria nazionale al di fuori della legge, la squadra deve determinare chi è il giudice e chi è la giuria.

Il team indaga sull'omicidio di un sergente, eroe di guerra per aver catturato un famoso terrorista. Gibbs si rivolge alla dottoressa Grace Confalone dopo aver agito contro le sue regole e per aver abbandonato la sua squadra durante l'indagine

L'ex agente dell'FBI Tobias Fornell chiede a Gibbs di trovare gli spacciatori e i fornitori di droga nell'area del campus universitario dopo che sua figlia, Emily Fornell, si ritrova in ospedale per overdose. La ragazza è diventata tossicodipendente. Gibbs è ossessionato dall'omicidio che ha commesso trent'anni fa, diventando una sorta di giustiziere.

Quando Ziva ritorna, avvertendo Gibbs che la sua vita è in pericolo, i due sono costretti a fuggire per localizzare Sahar, la mente responsabile. Nel frattempo, il team indaga, con la rivelazione della sopravvivenza di Ziva lasciando tra loro grosse fratture.

L'inchiesta sulla minaccia di Gibbs e Ziva prende una svolta quando vengono fatti degli attacchi ai membri del Congresso. Dopo essere stato messo all'angolo da NCIS e Ziva, Sahar mette in atto il 'piano C', che si traduce in lei e nei suoi scagnozzi che vengono uccisi. Durante questi eventi, Gibbs e Ziva fanno pace dopo che quest'ultima rivela di essersi sentita abbandonata da Gibbs non cercandola quando è stata segnalata la sua morte, e Ziva dice a Gibbs che ha un'altra cosa che deve fare da sola prima di ricongiungersi con la sua famiglia.

Dopo il ritrovamento del cadavere del Tenente della Marina Elijah Buck sotto un autoarticolato, la squadra ricostruisce il percorso fatto dal mezzo negli ultimi giorni per trovare la scena del crimine, che si rivela essere un parcheggio di roulotte gestito dalla vittima e dal fratello. Inizialmente i sospetti si concentrano sui proprietari delle case mobili, poi si scopre un legame con un'azienda che avrebbe inquinato lo stesso terreno con prodotti tossici. Sloane viene incaricata da Vance di valutare il morale della squadra a seguito dell'arrivo e della successiva partenza di Ziva David, ma l'unico con cui riesce, sorprendentemente, a parlare è Gibbs.

I cadaveri di due veterani che da tempo facevano parte della comunità dei senzatetto, vengono rinvenuti in un accampamento, mutilati uno delle mani e l'altro dei piedi...

Dell'omicidio di Jo Cortez, un bizzarro ammaestratore di corvi, è accusata il caporale Alimote, poiché nel suo frigorifero viene rinvenuta la pistola con cui è stato commesso il delitto...

Il figlio di un sottufficiale della Marina viene trovato morto proprio il giorno in cui tutto era pronto per festeggiare la sua uscita di prigione. Indagando, l'N.C.I.S. risale a Dante Brown, il migliore amico di Kasie...

Il corpo senza vita del marine Aaron Show viene rinvenuto nel porcile di una fattoria. Sulla scena del delitto, Torres trova la chiave della stanza di un Motel.

Il team N.C.I.S. indaga sull'omicidio di un musicista dell'Orchestra d'Elite della Marina, che si esibisce in eventi diplomatici in tutto il mondo...

La squadra dell'N.C.I.S. indaga sull'omicidio in diretta streaming di un sottufficiale della Marina, Ian Rojas, giocatore online popolare ed accanito...

Ziva non ha ancora chiuso i conti con il passato: prima di riunirsi alla sua famiglia, deve ritrovare Adam Eshel, un amico che l'ha sostenuta ed aiutata negli anni in cui tutti la credevano morta.....

Dopo aver ricevuto la notizia della morte della madre, Phineas scappa di casa. Gibbs, soffocato dai sensi di colpa, coinvolge tutti, compresa Ziva, nelle ricerche...

Il tenente Rebecca Weeks sembra essersi schiantata nell'Oceano in seguito ad una crisi di ipossia sopravvenuta mentre era al comando del suo aereo. Poco dopo, il sottufficiale Patrick Fisher, con cui la donna aveva una relazione segreta, viene trovato morto proprio nella sua cuccetta.

Durante un'esercitazione di collaudo d'armi, eseguita dal Laboratorio Bellico della Marina, viene rinvenuto il cadavere dell'artigliere Danny Backer. Durante le indagini, l'improvvisa fuga dell'ex fidanzata della vittima, fa pensare che sia coinvolta in qualche modo nell'omicidio...

Torres viene investito da una macchina sportiva in una zona residenziale. Sembra che alla guida dell'auto ci fosse Xavier Zolotov, un teppista russo viziato, prepotente e senza scrupoli...

Phil, un amico di Gibbs, ha una nuova fidanzata, Stacy, conosciuta tramite una app di incontri. La donna, però, sembra essere collegata all'omicidio di altri due uomini entrambi iscritti alla stessa app.

Il sottufficiale in pensione Arturo Amadòr si suicida e lascia una lettera indirizzata all'N.C.I.S. ed una moneta d'argento di enorme valore alla sua amica Marie, direttrice del Museo della Marina.

In una piccola cittadina, Il Sottufficiale Noah O'Donnel viene assassinato con tre colpi di pistola. Si tratta dello stesso modus operandi usato dieci anni prima, per uccidere i suoi genitori.

Il Sottufficiale Jeremy Whistler viene strangolato e gettato in un corso d'acqua. Apparentemente l'uomo conduceva una vita impeccabile e si dedicava anche al volontariato ma, sul suo cellulare, la squadra trova un messaggio in segreteria che contiene un'esplicita minaccia di morte.

Jimmy e Kasie sono tenuti in ostaggio in una tavola calda da tre uomini che hanno appena fatto un colpo in una gioielleria.

Un ladro singolare s'introduce in casa dell'Ammiraglio Caplinger e sottrae la Purple Heart di sua figlia Julia, morta in Afghanistan. Nell'andare via, il ladro lascia un biglietto con l'indirizzo di un motel...

Mentre Gibbs aiuta l'amico Fornell a smantellare l'organizzazione criminale che spaccia gli oppioidi che hanno quasi ucciso sua figlia, scompare misteriosamente un cadavere dalla Sala Autopsie.

Gibbs è alle prese con uno strano caso di omicidio. La famiglia Zucado, a distanza di quarant'anni, torna prepotentemente nella sua vita e in quella di Ducky ...

Il corpo di un uomo viene ritrovato sventrato, con una mappa nello stomaco. Per risolvere questo caso di omicidio, Gibbs e la sua squadra devono investigare sulla vita di un certo Angus DeMint.

Gibbs e la sua squadra indagano sulla morte di Norman Mason, ex programmatore informatico del Dipartimento della Difesa, un tempo coinvolto nel progetto governativo di un drone sottomarino...

Continua la caccia a Merriweather, il boss che spaccia la droga contraffatta che ha quasi ucciso la figlia di Fornell. Tobias non dà più sue notizie da tre mesi, ma Gibbs non si arrende.

Bishop riceve una segnalazione su un grosso carico di esplosivi. Raggiunto il posto, dopo uno scontro a fuoco con i due fratelli trafficanti, Bishop e Torres rimangono intrappolati nei sotterranei.

A seguito dell'omicidio di un volontario di un centro di accoglienza per ex detenuti appena usciti di prigione, Gibbs e l a sua squadra si trovano ad indagare su un traffico di cosiddette "armi fantasma"...

In Afghanistan, uno scuolabus con quattro bambine a bordo viene sequestrato dai Talebani. L'accompagnatrice delle bambine era Darya, la donna che aveva aiutato Sloane durante la prigionia di Masahun...